#METABOLOMICS WORKBENCH nsouthwell_20240306_145021 DATATRACK_ID:4690 STUDY_ID:ST003127 ANALYSIS_ID:AN005126 VERSION 1 CREATED_ON 03-22-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE High fat diet ameliorates mitochondrial cardiomyopathy in CHCHD10 mutant mice PR:PROJECT_SUMMARY Mutations in CHCHD10, a mitochondrial protein with undefined functions, are PR:PROJECT_SUMMARY associated with autosomal dominant mitochondrial diseases. Chchd10 knock-in mice PR:PROJECT_SUMMARY harboring a heterozygous S55L mutation (equivalent to human pathogenic S59L) PR:PROJECT_SUMMARY develop a fatal mitochondrial cardiomyopathy caused by CHCHD10 aggregation and PR:PROJECT_SUMMARY proteotoxic mitochondrial integrated stress response (mtISR). In mutant hearts, PR:PROJECT_SUMMARY mtISR is accompanied by a metabolic rewiring characterized by increased reliance PR:PROJECT_SUMMARY on glycolysis rather than fatty acid oxidation. To counteract this metabolic PR:PROJECT_SUMMARY rewiring, heterozygous S55L mice were subjected to chronic high fat diet (HFD) PR:PROJECT_SUMMARY to decrease insulin sensitivity and glucose uptake and enhance fatty acid PR:PROJECT_SUMMARY utilization in the heart. HFD ameliorated the ventricular dysfunction of mutant PR:PROJECT_SUMMARY hearts and significantly extended the survival of mutant female mice affected by PR:PROJECT_SUMMARY severe pregnancy-induced cardiomyopathy. Gene expression profiles confirmed that PR:PROJECT_SUMMARY HFD increased fatty acid utilization and ameliorated cardiomyopathy markers. PR:PROJECT_SUMMARY Importantly, HFD also decreased accumulation of aggregated CHCHD10 in the S55L PR:PROJECT_SUMMARY heart, suggesting activation of quality control mechanisms. Overall, our PR:PROJECT_SUMMARY findings indicate that metabolic therapy can be effective in mitochondrial PR:PROJECT_SUMMARY cardiomyopathies associated with proteotoxic stress. PR:INSTITUTE Weill Cornell Medicine PR:LAST_NAME Southwell PR:FIRST_NAME Nneka PR:ADDRESS 407 E 61st St PR:EMAIL nns4001@med.cornell.edu PR:PHONE 646-962-8172 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8FD9G #STUDY ST:STUDY_TITLE Effect of high fat diet on heart lipidome in CHCHD10 mutant mice ST:STUDY_SUMMARY Mutations in CHCHD10, a mitochondrial protein with undefined functions, are ST:STUDY_SUMMARY associated with autosomal dominant mitochondrial diseases. Chchd10 knock-in mice ST:STUDY_SUMMARY harboring a heterozygous S55L mutation (equivalent to human pathogenic S59L) ST:STUDY_SUMMARY develop a fatal mitochondrial cardiomyopathy caused by CHCHD10 aggregation and ST:STUDY_SUMMARY proteotoxic mitochondrial integrated stress response (mtISR). In mutant hearts, ST:STUDY_SUMMARY mtISR is accompanied by a metabolic rewiring characterized by increased reliance ST:STUDY_SUMMARY on glycolysis rather than fatty acid oxidation. To counteract this metabolic ST:STUDY_SUMMARY rewiring, heterozygous S55L mice were subjected to chronic high fat diet (HFD) ST:STUDY_SUMMARY to decrease insulin sensitivity and glucose uptake and enhance fatty acid ST:STUDY_SUMMARY utilization in the heart. HFD ameliorated the ventricular dysfunction of mutant ST:STUDY_SUMMARY hearts and significantly extended the survival of mutant female mice affected by ST:STUDY_SUMMARY severe pregnancy-induced cardiomyopathy. Gene expression profiles confirmed that ST:STUDY_SUMMARY HFD increased fatty acid utilization and ameliorated cardiomyopathy markers. ST:STUDY_SUMMARY Importantly, HFD also decreased accumulation of aggregated CHCHD10 in the S55L ST:STUDY_SUMMARY heart, suggesting activation of quality control mechanisms. Overall, our ST:STUDY_SUMMARY findings indicate that metabolic therapy can be effective in mitochondrial ST:STUDY_SUMMARY cardiomyopathies associated with proteotoxic stress. ST:INSTITUTE Weill Cornell Medicine ST:LAST_NAME Southwell ST:FIRST_NAME Nneka ST:ADDRESS 407 E 61st St ST:EMAIL nns4001@med.cornell.edu ST:PHONE 646-962-8172 ST:SUBMIT_DATE 2024-03-06 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - HL_HetCD_1 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:F | Age:75 RAW_FILE_NAME(Named Raw File_Heart Lipidomics)=HL_HetCD_1.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - HL_HetCD_2 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:F | Age:75 RAW_FILE_NAME(Named Raw File_Heart Lipidomics)=HL_HetCD_2.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - HL_HetCD_3 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:F | Age:75 RAW_FILE_NAME(Named Raw File_Heart Lipidomics)=HL_HetCD_3.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - HL_HetCD_5 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:F | Age:75 RAW_FILE_NAME(Named Raw File_Heart Lipidomics)=HL_HetCD_5.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 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CO:SAMPLE_TYPE Heart #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY CHCHD10 WT and CHCHD10 S55L heterozygous mice were treated with either a control TR:TREATMENT_SUMMARY diet (70% Carbohydrate, 20% Protein, 10% Fat) or High Fat Diet (60% Fat, 20% TR:TREATMENT_SUMMARY Protein, 20% Carbohydrate) in utero until 75 days of age. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY In brief, 1 ml of 90% isopropanol was added to 15 mg of homogenized heart SP:SAMPLEPREP_SUMMARY tissue. Samples were vortexed for 2 min, sonicated for 1 min using a probe SP:SAMPLEPREP_SUMMARY sonicator and centrifuged at 15,000 g for 10 min. The supernatant was collected SP:SAMPLEPREP_SUMMARY and dried down using a SpeedVac. The dried samples were reconstituted using SP:SAMPLEPREP_SUMMARY acetonitrile/isopropanol/water 65:30:5 containing stable isotope labeled SP:SAMPLEPREP_SUMMARY internal lipid standards (Splash Lipidomix, Avanti Polar Lipids) prior to LC-MS SP:SAMPLEPREP_SUMMARY analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:METHODS_FILENAME Method_Lipidomics.pdf CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Vanquish CH:COLUMN_NAME Imtakt Cadenza CD-C18 (150 x 2.1mm, 3um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 35 CH:FLOW_GRADIENT 0–1.5 min, 32% B; 1.5-4 min, 32-45% B; 4-5 min, 45-52% B; 5-8 min, 52-58% B; CH:FLOW_GRADIENT 8-11 min, 58-66% B; 11-14 min, 66-70% B; 14-18 min, 70-75% B; 21-25 min, CH:FLOW_GRADIENT isocratic 97% B, 25-25.1 min 97-32% B CH:FLOW_RATE 200 µl/min CH:SOLVENT_A 60% acetonitrile/40% water; 10 mM ammonium formate; 0.1% formic acid CH:SOLVENT_B 90% isopropanol/10% acetonitrile; 10 mM ammonium formate; 0.1% formic acid CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:ANALYSIS_PROTOCOL_FILE Method_Lipidomics.pdf #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS A data-dependent mass spectrometric acquisition method was used for lipid MS:MS_COMMENTS identification. In this method, each MS survey scan was followed by up to 10 MS:MS_COMMENTS MS/MS scans performed on the most abundant ions. Data was acquired in positive MS:MS_COMMENTS and negative mode in separate runs. The following electrospray parameters were MS:MS_COMMENTS used: spray voltage 3.0 kV, heated capillary temperature 350 °C, HESI probe MS:MS_COMMENTS temperature 350 °C, sheath gas, 35 units; auxiliary gas 10 units. For MS MS:MS_COMMENTS scans: resolution, 70,000 (at m/z 200); automatic gain control target, 3e6; MS:MS_COMMENTS maximum injection time, 200 ms; scan range, 250-1800 m/z. For MS/MS scans: MS:MS_COMMENTS resolution, 17,500 (at 200 m/z); automatic gain control target, 1e5 ions; MS:MS_COMMENTS maximum injection time, 75 ms; isolation window, 1 m/z; NCE, stepped 20,30 and MS:MS_COMMENTS 40. The LC-MS results were processed using MS-DIAL software (version 4.9) for MS:MS_COMMENTS lipid identification and relative quantitation. MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak Intensity MS_METABOLITE_DATA_START Samples HL_HetCD_1 HL_HetCD_2 HL_HetCD_3 HL_HetCD_5 HL_HetCD_10 HL_HetCD_6 HL_HetCD_7 HL_HetCD_8 HL_HetHFD_2 HL_HetHFD_3 HL_HetHFD_4 HL_HetHFD_5 HL_HetHFD_10 HL_HetHFD_6 HL_HetHFD_7 HL_HetHFD_9 HL_WTCD_1 HL_WTCD_2 HL_WTCD_3 HL_WTCD_4 HL_WTCD_10 HL_WTCD_6 HL_WTCD_8 HL_WTCD_9 HL_WTHFD_1 HL_WTHFD_3 HL_WTHFD_4 HL_WTHFD_5 HL_WTHFD_10 HL_WTHFD_6 HL_WTHFD_7 HL_WTHFD_8 Factors Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:F | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:F | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:F | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:F | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:M | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:M | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:M | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:Control Diet | Sex:M | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:High Fat Diet | Sex:F | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:High Fat Diet | Sex:F | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:High Fat Diet | Sex:F | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:High Fat Diet | Sex:F | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:High Fat Diet | Sex:M | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:High Fat Diet | Sex:M | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:High Fat Diet | Sex:M | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:CHCHD10 S55L Het | Treatment:High Fat Diet | Sex:M | Age:75 Sample source:Heart | Genotype:WT | Treatment:Control Diet | Sex:F | Age:75 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