#METABOLOMICS WORKBENCH sjleigh_20240319_030509 DATATRACK_ID:4726 STUDY_ID:ST003131 ANALYSIS_ID:AN005135 VERSION 1 CREATED_ON 03-22-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE The microbiota drives diurnal rhythms in tryptophan metabolism in the stressed PR:PROJECT_TITLE gut PR:PROJECT_TYPE Untargeted metabolomics by Metabolon PR:PROJECT_SUMMARY Adult male C57Bl/6 conventional, germ-free and colonized germ-free mice PR:PROJECT_SUMMARY underwent a 15-minute restraint stress exposure. Caecal contents and colonic PR:PROJECT_SUMMARY mucosal scrapings were collected from naïve mice and stressed mice, either PR:PROJECT_SUMMARY immediately or 45 minutes following stress. Caecal contents and colonic mucosal PR:PROJECT_SUMMARY scrapings underwent untargeted metabolomics analysis. PR:INSTITUTE University College Cork PR:DEPARTMENT Psychiatry PR:LABORATORY Microbiota-Gut-Brain Axis Group PR:LAST_NAME Clarke PR:FIRST_NAME Gerard PR:ADDRESS Gaol Walk, Cork PR:EMAIL G.Clarke@ucc.ie PR:PHONE +353-21-4901408 PR:FUNDING_SOURCE The research was conducted in the APC Microbiome Ireland which is funded by PR:FUNDING_SOURCE Science Foundation Ireland (SFI/12/RC/2273). This project in part is a PR:FUNDING_SOURCE collaborative agreement (FA9550-17-1-0016) funded by European Office of PR:FUNDING_SOURCE Aerospace Research and Development, Air Force Office of Scientific Research and PR:FUNDING_SOURCE 711 Human Performance Wing, Air Force Research Laboratory. PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M89M7J #STUDY ST:STUDY_TITLE Untargeted Metabolomics on mouse caecal contents ST:STUDY_TYPE Mouse ST:STUDY_SUMMARY While there is strong evidence for interactions between the microbiota-gut-brain ST:STUDY_SUMMARY axis and host physiology in the context of chronic stress, limited research has ST:STUDY_SUMMARY investigated the role of the microbiome in host response to acute stress. ST:STUDY_SUMMARY Determining the underlying mechanisms by which stress-induced microbiota changes ST:STUDY_SUMMARY may provoke functional changes in the gut and brain is critical for developing ST:STUDY_SUMMARY future therapeutics to alleviate the adverse consequences of traumatic stress. ST:STUDY_SUMMARY Here, we aimed to identify a biological signature of gut metabolites that are ST:STUDY_SUMMARY significantly altered following exposure to acute restraint stress. Adult male ST:STUDY_SUMMARY C57Bl/6 conventional, germ-free and colonized germ-free mice underwent a ST:STUDY_SUMMARY 15-minute restraint stress exposure. Caecal contents were collected from naïve ST:STUDY_SUMMARY mice and stressed mice, either immediately or 45 minutes following stress. ST:STUDY_SUMMARY Caecal contents underwent untargeted metabolomics analysis. ST:INSTITUTE University College Cork ST:DEPARTMENT Psychiatry ST:LABORATORY Microbiota-Gut-Brain Axis Group ST:LAST_NAME Clarke ST:FIRST_NAME Gerard ST:ADDRESS Gaol Walk, Cork ST:EMAIL G.Clarke@ucc.ie ST:PHONE +353-21-4901408 ST:SUBMIT_DATE 2024-03-19 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENOTYPE_STRAIN C57Bl/6J SU:AGE_OR_AGE_RANGE 8-10 weeks SU:WEIGHT_OR_WEIGHT_RANGE 20-29g SU:HEIGHT_OR_HEIGHT_RANGE - SU:GENDER Male SU:ANIMAL_ANIMAL_SUPPLIER Taconic SU:ANIMAL_HOUSING Gnotobiotic isolators/conventional housing SU:ANIMAL_LIGHT_CYCLE 12/12 SU:ANIMAL_FEED RM1A (P) and RM3A (P) from Special Diet Services #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF10 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF11 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF12 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF5 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF6 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF7 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF8 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF16 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF17 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF18 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF19 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF20 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF21 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF9 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF1 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF13 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF14 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF15 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF2 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF3 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF4 Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv13 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv16 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv17 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv18 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv19 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv21 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv22 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv10 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv14 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv15 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv6 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv7 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv8 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv9 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv1 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv12 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv2 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv20 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv3 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv4 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv5 Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF15 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF16 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF17 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF4 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF5 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF6 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF7 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF10 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF11 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF18 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF19 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF20 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF8 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF9 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF1 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF12 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF13 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF14 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF2 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF21 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF3 Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY The acute restraint stress procedure was performed using a clean perforated CO:COLLECTION_SUMMARY polypropylene screw-cap 50 mL conical tubes. Cages were randomly assigned to CO:COLLECTION_SUMMARY either non-stress or stress groups. Each mouse that underwent stress was placed CO:COLLECTION_SUMMARY into the 50 mL tube and restrained for 15 minutes. After 15 minutes of restraint CO:COLLECTION_SUMMARY stress, mice were removed from the restrainer and either transported immediately CO:COLLECTION_SUMMARY to the cull room or returned to their home cage and left undisturbed for 45 CO:COLLECTION_SUMMARY minutes. To control for the variable of transport stress, mice from the CO:COLLECTION_SUMMARY non-stress control group were placed into new cages containing fresh bedding and CO:COLLECTION_SUMMARY transported the same distance before entering the cull room. Upon entering the CO:COLLECTION_SUMMARY cull room, mice were immediately decapitated, trunk blood collected, and tissues CO:COLLECTION_SUMMARY harvested. Caecal contents and intestinal samples were manually dissected and CO:COLLECTION_SUMMARY stored in PCR-grade microfuge tubes at -80°C until analyses. CO:SAMPLE_TYPE Cecum CO:STORAGE_CONDITIONS -80? #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY All animal work carried was approved by the Animal Experimentation Ethics TR:TREATMENT_SUMMARY Committee of University College Cork and Health Products Regulatory Authority TR:TREATMENT_SUMMARY (HPRA) before beginning this study. All experimentation was carried out in TR:TREATMENT_SUMMARY accordance with European Directive 2010/63/EU and was approved by both the TR:TREATMENT_SUMMARY Animal Experimentation Ethics Committee of University College Cork (Project TR:TREATMENT_SUMMARY Authorization AE19130/P160) and United States Air Force Surgeon General's Office TR:TREATMENT_SUMMARY of Research Oversight and Compliance. C57/BL6 mice breeding pairs were acquired TR:TREATMENT_SUMMARY from Taconic Biosciences, and F1-generation male and female offspring were used TR:TREATMENT_SUMMARY in all experiments. Germ-free, ex-germ-free, and conventional mice were housed TR:TREATMENT_SUMMARY 2-4 mice/cage under a 12-hour light/dark cycle and maintained on ad libitum TR:TREATMENT_SUMMARY autoclaved water and autoclaved, pelleted diet (Special Diet Services). Housing TR:TREATMENT_SUMMARY conditions for germ-free, conventional, and colonized germ-free adhered to the TR:TREATMENT_SUMMARY same environmental conditions of temperature (21 ± 1°C) and humidity TR:TREATMENT_SUMMARY (55%-60%). Germ-free mice were housed in gnotobiotic flexible-film isolators. TR:TREATMENT_SUMMARY Colonized germ-free mice were born and maintained as germ-free mice in TR:TREATMENT_SUMMARY gnotobiotic flexible-film isolators until postnatal day 21 when they were TR:TREATMENT_SUMMARY removed from the isolators and, for the remaining duration of this study, TR:TREATMENT_SUMMARY re-located to the standard animal facility and housed in wire-top cages that TR:TREATMENT_SUMMARY contained used-bedding from age- and sex-matched conventional mice. The acute TR:TREATMENT_SUMMARY restraint stress procedure was performed using a clean perforated polypropylene TR:TREATMENT_SUMMARY screw-cap 50 mL conical tubes. Cages were randomly assigned to either non-stress TR:TREATMENT_SUMMARY or stress groups. Each mouse that underwent stress was placed into the 50 mL TR:TREATMENT_SUMMARY tube and restrained for 15 minutes. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Samples were prepared using the automated MicroLab STAR® system from Hamilton SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Company. Several recovery standards were added prior to the first step in the SP:SAMPLEPREP_SUMMARY extraction process for QC purposes. To remove protein, dissociate small SP:SAMPLEPREP_SUMMARY molecules bound to protein or trapped in the precipitated protein matrix, and to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY recover chemically diverse metabolites, proteins were precipitated with methanol SP:SAMPLEPREP_SUMMARY under vigorous shaking for 2 min (Glen Mills GenoGrinder 2000) followed by SP:SAMPLEPREP_SUMMARY centrifugation. The resulting extract was divided into five fractions: two for SP:SAMPLEPREP_SUMMARY analysis by two separate reverse phase (RP)/UPLC-MS/MS methods with positive ion SP:SAMPLEPREP_SUMMARY mode electrospray ionization (ESI), one for analysis by RP/UPLC-MS/MS with SP:SAMPLEPREP_SUMMARY negative ion mode ESI, one for analysis by HILIC/UPLC-MS/MS with negative ion SP:SAMPLEPREP_SUMMARY mode ESI, and one sample was reserved for backup. Samples were placed briefly on SP:SAMPLEPREP_SUMMARY a TurboVap® (Zymark) to remove the organic solvent. The sample extracts were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY stored overnight under nitrogen before preparation for analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Low pH polar (LC/MS Pos early) CH:INSTRUMENT_NAME Waters Acquity CH:COLUMN_NAME Waters Acquity BEH C18 (100 x 2.1mm, 1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 40-50 CH:FLOW_GRADIENT Linear gradient from 5% B to 80% B over 3.35 minutes CH:FLOW_RATE 0.35 mL/min CH:SOLVENT_A 100% water; 0.1% formic acid; 0.05% PFPA, pH ~2.5 CH:SOLVENT_B 100% methanol; 0.1% formic acid; 0.05% PFPA, pH ~2.5 CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE Other MS:MS_COMMENTS Metabolon (LC/MS Pos early) MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Raw Peak Area MS_METABOLITE_DATA_START Samples ColGF10 ColGF11 ColGF12 ColGF5 ColGF6 ColGF7 ColGF8 ColGF16 ColGF17 ColGF18 ColGF19 ColGF20 ColGF21 ColGF9 ColGF1 ColGF13 ColGF14 ColGF15 ColGF2 ColGF3 ColGF4 Conv13 Conv16 Conv17 Conv18 Conv19 Conv21 Conv22 Conv10 Conv14 Conv15 Conv6 Conv7 Conv8 Conv9 Conv1 Conv12 Conv2 Conv20 Conv3 Conv4 Conv5 GF15 GF16 GF17 GF4 GF5 GF6 GF7 GF10 GF11 GF18 GF19 GF20 GF8 GF9 GF1 GF12 GF13 GF14 GF2 GF21 GF3 Factors Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:ColGF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:Conv_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_0min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_45min Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre Sample source:Caecal Contents | Factor:GF_Pre 1-methyl-4-imidazoleacetate 5470902.0000 6950969.0000 9294159.0000 4535722.0000 3610580.0000 5130843.0000 4534879.0000 4037456.0000 5940596.0000 6585298.0000 10914565.0000 23565250.0000 8887407.0000 7290089.0000 4174579.0000 6610465.0000 7655976.0000 4974651.0000 5001147.0000 5810924.0000 5308828.0000 7072324.0000 6904445.0000 12374034.0000 4483405.0000 5262385.0000 6354923.0000 4352757.0000 7646446.0000 6243957.0000 9253313.0000 8443058.0000 6114121.0000 5038699.0000 4743195.0000 7940218.0000 4976929.0000 14746998.0000 3726149.0000 5431077.0000 9196440.0000 6626732.0000 2241679.0000 2203022.0000 2250972.0000 2471516.0000 2574819.0000 2937530.0000 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