#METABOLOMICS WORKBENCH bur27_20211202_100546 DATATRACK_ID:2958 STUDY_ID:ST002007 ANALYSIS_ID:AN003270 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Metabolic profiles of murine stress erythroid progenitors PR:PROJECT_SUMMARY Inflammation alters hematopoiesis, skewing production to generate myeloid PR:PROJECT_SUMMARY effector cells at the expense of steady state erythropoiesis. To compensate, PR:PROJECT_SUMMARY stress erythropoiesis is induced to maintain homeostasis until the inflammation PR:PROJECT_SUMMARY is resolved. Unlike the constant production of steady state erythropoiesis, PR:PROJECT_SUMMARY stress erythropoiesis generates a bolus of new erythrocytes by first producing PR:PROJECT_SUMMARY immature progenitor cells, which then transition to committed erythroid PR:PROJECT_SUMMARY progenitors and differentiate. We hypothesize that the proliferation of early PR:PROJECT_SUMMARY progenitor cells and their transition to differentiation is regulated by changes PR:PROJECT_SUMMARY in metabolism. Metabolomics and isotope tracing analysis was performed to assess PR:PROJECT_SUMMARY the intracellular metabolic profiles in proliferating progenitors isolated from PR:PROJECT_SUMMARY in vitro stress erythropoiesis cultures. We observed an active engagement of PR:PROJECT_SUMMARY glucose metabolism in glycolysis and anabolic biosynthesis, while the levels of PR:PROJECT_SUMMARY TCA intermediates suggested that TCA cycle and mitochondrial respiration were PR:PROJECT_SUMMARY blocked. Concomitantly, inducible nitric oxide synthase (iNOS) was induced in PR:PROJECT_SUMMARY progenitor cells to increase the production of nitric oxide (NO), which was PR:PROJECT_SUMMARY demonstrated to be crucial for proliferating progenitor metabolism. Inhibition PR:PROJECT_SUMMARY or genetic mutation of iNOS decreased NO levels resulting in the suppression of PR:PROJECT_SUMMARY progenitor proliferation in vitro and in vivo. As evaluated by RNA-seq, PR:PROJECT_SUMMARY inhibition of iNOS suppressed cell proliferation-related pathways including cell PR:PROJECT_SUMMARY cycle and nucleotide metabolism, while upregulating erythroid differentiation PR:PROJECT_SUMMARY genes. These data suggest that iNOS-derived NO production establishes a PR:PROJECT_SUMMARY metabolism that promotes the proliferation of progenitor cells while inhibiting PR:PROJECT_SUMMARY their differentiation. In contrast, the transition to differentiation is marked PR:PROJECT_SUMMARY by decreased Nos2 expression and a change in metabolism to support induction of PR:PROJECT_SUMMARY the erythroid gene expression program. These data support a model where PR:PROJECT_SUMMARY increased pro-inflammatory signals inhibit steady state erythropoiesis, while at PR:PROJECT_SUMMARY the same time promoting stress erythropoiesis to maintain homeostasis. PR:INSTITUTE Pennsylvania State University PR:DEPARTMENT Veterinary and Biomedical Sciences PR:LABORATORY Paulson Lab PR:LAST_NAME Ruan PR:FIRST_NAME Baiye PR:ADDRESS 228 AVBS Building, Shortlidge Road, University Park, PA 16802 PR:EMAIL bur27@psu.edu PR:PHONE 814-863-6306 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M89402 #STUDY ST:STUDY_TITLE Isotope tracing analysis of stress erythroid progenitors ST:STUDY_SUMMARY Isotope tracing analysis to study the intracellular metabolic changes of ST:STUDY_SUMMARY progenitors during the expansion stage of stress erythropoiesis and assess the ST:STUDY_SUMMARY effect of 1400w treatment. ST:INSTITUTE Pennsylvania State University ST:DEPARTMENT Veterinary and Biomedical Sciences ST:LABORATORY Paulson Lab ST:LAST_NAME Ruan ST:FIRST_NAME Baiye ST:ADDRESS 228 AVBS Building Shortlidge Road University Park, PA 16802 ST:EMAIL bur27@psu.edu ST:PHONE 814-863-6306 ST:SUBMIT_DATE 2021-12-02 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Cultured cells SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM1-1 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM1-1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM1-2 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM1-2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM1-3 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM1-3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM1-4 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM1-4.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM1-5 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM1-5.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM3-1 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM3-1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM3-2 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM3-2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM3-3 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM3-3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM3-4 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM3-4.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM3-5 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM3-5.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus 1400w-1 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=1400w-1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus 1400w-2 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=1400w-2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus 1400w-3 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=1400w-3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus 1400w-4 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=1400w-4.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus 1400w-5 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=1400w-5.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM5-1 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM5-1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM5-2 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM5-2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM5-3 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM5-3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM5-4 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM5-4.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus EM5-5 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=EM5-5.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus Veh-1 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=Veh-1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus Veh-2 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=Veh-2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus Veh-3 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=Veh-3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus Veh-4 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=Veh-4.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Mus musculus Veh-5 Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) Cell_type=Stress erythroid progenitor cells; RAW_FILE_NAME=Veh-5.mzML #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Unfractionated wild-type bone marrow cells were cultured in regular stress CO:COLLECTION_SUMMARY erythropoiesis expansion medium (SEEM). At indicated time point, stress CO:COLLECTION_SUMMARY erythroid progenitor cells were harvested, washed with PBS, and re-cultured in CO:COLLECTION_SUMMARY SEEM supplemented with 25 mM uniformly labeled [13C]-Glucose (Sigma-Aldrich) for CO:COLLECTION_SUMMARY 24 hrs. Cells were counted, washed with PBS and snap frozen in liquid nitrogen. CO:SAMPLE_TYPE Stem cells #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY To assess the role of iNOS in progenitor metabolism, SEEM cultures were treated TR:TREATMENT_SUMMARY with 10 μM 1400w or vehicle (DMSO) at day 3 for 48 hrs, and then cells were TR:TREATMENT_SUMMARY re-cultured in SEEM with U-[13C]-Glucose for 24 hrs. TR:TREATMENT_COMPOUND 1400w TR:TREATMENT_DOSE 10 μM TR:TREATMENT_VEHICLE DMSO TR:CELL_MEDIA SEEM #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Cell pellets were extracted with 1 ml pre-chilled 50:50 HPLC-grade SP:SAMPLEPREP_SUMMARY water:methanol (v/v) containing 1 µM chlorpropamide as the internal standard. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY The samples were vortexed briefly followed by thorough homogenization. The SP:SAMPLEPREP_SUMMARY samples were then snap frozen with liquid nitrogen and immediately thawed at SP:SAMPLEPREP_SUMMARY room temperature. This step was repeated for three times followed by SP:SAMPLEPREP_SUMMARY centrifuging for 10 min at 12,000 x g and 4 °C. The supernatants were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY transferred into fresh microfuge tubes. The remaining cell pellets were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY re-extracted with 0.5 ml 50% methanol containing 1 µM chlorpropamide, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY homogenized, frozen and thawed three times, spun down, and the supernatants were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY combined with the first extraction. Metabolites-containing supernatants were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY concentrated to dryness at room temperature in a SpeedVac concentrator and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY re-dissolved in 100 µl 97:3 water:methanol (v/v). After centrifuging for 10 min SP:SAMPLEPREP_SUMMARY at 13000 × g and 4°C, 70 µl of supernatants were transferred into autosampler SP:SAMPLEPREP_SUMMARY vials for LC-MS analysis. Two types of control were prepared in triplicates to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY run in concert with the experimental samples: the process blank control, and the SP:SAMPLEPREP_SUMMARY pooled control containing an equal volume from each experimental sample. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY The sample run order was randomized to reduce bias from instrument drift. 10 µl CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY sample was subjected to LC-MS analysis on a Exactive Plus Orbitrap mass CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY spectrometer (Thermo Fisher Scientific) coupled to an Ultimate 3000 UHPLC system CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (Thermo Fisher Scientific). Reversed-phase chromatography mode was used to CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY separate compounds on a Xselect C18 HSS column (Waters) with solvent A (97:3 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY water:methanol (v/v), 10 mM tributylamine, and 15 mM acetic acid ) and solvent B CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (methanol). The flow rate was 200 µl/min, and the total run time was 25 min. CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY The gradient was 0 min, 0% B; 5 min, 20% B; 7.5 min, 55% B; 15 min, 65% B; 17.5 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY min, 95% B; and 21 min, 0% B. The mass spectrometer was operated in a CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY negative-ion mode at a resolution of 140,000 at m/z 200 and with a scan range of CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY 85 to 1000 m/z. CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Dionex Ultimate 3000 CH:COLUMN_NAME Waters XSelect HSS C18 (250 x 4.6mm) CH:FLOW_GRADIENT The gradient was 0 min, 0% B; 5 min, 20% B; 7.5 min, 55% B; 15 min, 65% B; 17.5 CH:FLOW_GRADIENT min, 95% B; and 21 min, 0% B. CH:FLOW_RATE 200 ul/min CH:SOLVENT_A 97% water/3% methanol; 15 mM acetic acid; 10 mM tributylamine CH:SOLVENT_B 100% methanol CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Exactive Plus Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Raw data files were converted to .mzML file format using the ProteoWizard MS:MS_COMMENTS software, and they were analyzed by the MS-DIAL software. Metabolites were MS:MS_COMMENTS identified by comparison to an in-house reference library of pure metabolite MS:MS_COMMENTS standards which included mass-to-charge ratio (m/z) and retention time. For MS:MS_COMMENTS quantification of metabolite abundance, peak areas of identified metabolites MS:MS_COMMENTS were first normalized to the internal standard chlorpropamide, and then MS:MS_COMMENTS normalized to cell numbers from each sample. Data were analyzed using R and MS:MS_COMMENTS Cytoscape software. MS:ION_MODE NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS peak area MS_METABOLITE_DATA_START Samples EM1-1 EM1-2 EM1-3 EM1-4 EM1-5 EM3-1 EM3-2 EM3-3 EM3-4 EM3-5 1400w-1 1400w-2 1400w-3 1400w-4 1400w-5 EM5-1 EM5-2 EM5-3 EM5-4 EM5-5 Veh-1 Veh-2 Veh-3 Veh-4 Veh-5 Factors Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):1 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):3 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:1400w Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:untreated Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) Mouse_strain:wild type C57BL/6 | Culture_stage:Expansion stage | Time_point(days):5 | Treatment:Vehicle (DMSO) 2_3-Diphosphoglyceric acid M+0 1918683.0000 2432921.0000 2212601.0000 2209862.0000 2391053.0000 2291240.0000 2299553.0000 2199695.0000 2252873.0000 2160458.0000 2232943.0000 2589528.0000 1945791.0000 2084067.0000 2618930.0000 1841739.0000 2360733.0000 2182138.0000 2462456.0000 2409329.0000 2559713.0000 2169674.0000 2401614.0000 2438915.0000 2521125.0000 2_3-Diphosphoglyceric acid M+1 8803.0000 19855.0000 489.1072 23787.0000 11065.0000 15110.0000 12054.0000 11871.0000 4891.0000 14117.0000 28013.0000 34218.0000 14403.0000 28024.0000 39118.0000 13535.0000 32123.0000 6227.0000 6495.0000 54751.0000 7132.0000 32183.0000 7588.0000 37233.0000 8020.0000 2-Isopropylmalic acid M+0 3004094.0000 3114777.0000 3032585.0000 3043570.0000 3290150.0000 3211702.0000 3259040.0000 3108093.0000 3169299.0000 3161570.0000 3310892.0000 3168902.0000 3016867.0000 3345989.0000 3234143.0000 3219562.0000 3027286.0000 3074899.0000 3096358.0000 3314308.0000 5243264.0000 2908123.0000 3107191.0000 3077930.0000 2995397.0000 2-Keto-isovalerate M+0 43553644.0000 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M+1 1254221.0000 1300071.0000 1540848.0000 1703792.0000 902502.0000 3076781.0000 3047737.0000 3292530.0000 2733798.0000 2326122.0000 2651108.0000 2553664.0000 2474161.0000 2597074.0000 2644122.0000 2046612.0000 2368058.0000 2903690.0000 2752358.0000 2844056.0000 3244513.0000 3462780.0000 2516081.0000 2579551.0000 3870130.0000 GMP M+2 1106655.0000 1046553.0000 1249697.0000 1413832.0000 771983.0000 3054558.0000 3145574.0000 3302566.0000 2979385.0000 2519302.0000 2980472.0000 2882680.0000 2602010.0000 2876216.0000 3025456.0000 2270778.0000 2701470.0000 3529011.0000 3228245.0000 3363894.0000 3913984.0000 3845682.0000 3045326.0000 3127495.0000 4203788.0000 GMP M+3 897583.0000 896960.0000 1103484.0000 1267080.0000 670365.0000 3073209.0000 2872319.0000 3173965.0000 2782203.0000 2269988.0000 2756246.0000 2800579.0000 2468360.0000 2698668.0000 3000908.0000 2206494.0000 2976648.0000 3616652.0000 3501890.0000 3577576.0000 4031681.0000 4038220.0000 3167738.0000 3171362.0000 4750437.0000 GMP M+4 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Aspartate M+1 4.11 133.0332 Aspartate M+2 4.11 134.0365 Aspartate M+3 4.11 135.0400 ATP M+0 15.65 505.9888 ATP M+1 15.66 506.9918 ATP M+2 15.66 507.9950 ATP M+3 15.66 508.9984 ATP M+4 15.66 510.0022 ATP M+5 15.67 511.0047 ATP M+6 15.66 512.0088 ATP M+7 15.66 513.0120 CDP-ethanolamine M+0 6.91 445.0525 CDP-ethanolamine M+1 6.91 446.0561 CDP-ethanolamine M+2 6.91 447.0595 CDP-ethanolamine M+3 6.92 448.0623 CDP-ethanolamine M+4 6.91 449.0659 CDP-ethanolamine M+5 6.91 450.0697 CDP M+0 13.73 402.0103 CDP M+1 13.74 403.0138 CDP M+2 13.73 404.0174 CDP M+3 13.73 405.0208 CDP M+4 13.73 406.0240 CDP M+5 13.73 407.0270 Chlorpropamide M+0 17.66 275.0261 Cholic acid M+0 16.93 407.2818 Cholic acid M+1 16.94 408.2836 Citraconic acid M+0 13.11 129.0191 Citraconic acid M+1 13.11 130.0224 Citraconic acid M+3 13.10 132.0291 Citrate/isocitrate M+0 14.13 191.0195 Citrate/isocitrate M+1 14.14 192.0227 Citrate/isocitrate M+2 14.14 193.0260 Citrate/isocitrate M+3 14.13 194.0294 CMP M+0 9.14 322.0440 CMP M+1 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12.56 321.0490 dTMP M+1 12.54 322.052 dTMP M+2 12.54 323.0560 dTMP M+3 12.54 324.0592 dTMP M+5 12.53 326.0655 Fructose-6-phosphate M+0 7.57 259.0217 Fructose-6-phosphate M+1 7.57 260.0253 Fructose-6-phosphate M+2 7.57 261.0285 Fructose-6-phosphate M+3 7.57 262.0320 Fructose-6-phosphate M+4 7.57 263.0353 Fructose-6-phosphate M+5 7.57 264.0388 Fructose-6-phosphate M+6 7.57 265.0422 Fumarate M+0 13.23 115.0034 Fumarate M+1 13.22 116.0068 GDP M+0 14.02 442.0165 GDP M+1 14.02 443.0204 GDP M+2 14.02 444.0233 GDP M+3 14.02 445.0267 GDP M+4 14.02 446.0300 GDP M+5 14.02 447.0336 GDP M+6 14.02 448.0370 Glucose-1/6-phosphate M+0 7.27 259.0221 Glucose-1/6-phosphate M+1 7.27 260.0255 Glucose-1/6-phosphate M+2 7.27 261.0288 Glucose-1/6-phosphate M+3 7.27 262.0318 Glucose-1/6-phosphate M+4 7.27 263.0351 Glucose-1/6-phosphate M+5 7.27 264.0386 Glucose-1/6-phosphate M+6 7.27 265.0421 Glucose M+0 1.28 179.0557 Glucose M+1 1.29 180.0591 Glucose M+5 1.29 184.0725 Glutamate M+0 3.62 146.0456 Glutamate M+1 3.62 147.0488 Glutamate M+2 3.62 148.0520 Glutamate M+3 3.61 149.0553 Glutamate M+4 3.61 150.0587 Glutamine M+0 1.25 145.0614 Glutamine M+1 1.25 146.0648 Glutathione disulfide M+0 13.20 611.1435 Glutathione disulfide M+1 13.20 612.1464 Glutathione disulfide M+2 13.20 613.1501 Glutathione disulfide M+3 13.20 614.1541 Glutathione disulfide M+4 13.20 615.1568 Glutathione M+0 8.34 306.0764 Glutathione M+1 8.34 307.0796 Glutathione M+2 8.34 308.0826 Glutathione M+3 8.34 309.0860 Glutathione M+4 8.33 310.0899 Glutathione M+5 8.33 311.0925 Glycerate M+0 7.20 105.0191 Glycerate M+5 7.18 110.0358 Glycine M+0 1.22 74.0242 Glycine M+2 1.22 76.0310 GMP M+0 11.22 362.0503 GMP M+1 11.21 363.0538 GMP M+2 11.22 364.0567 GMP M+3 11.22 365.0600 GMP M+4 11.22 366.0636 GMP M+5 11.22 367.0665 GMP M+6 11.22 368.0701 GMP M+7 11.21 369.0735 GMP M+8 11.21 370.0772 GTP M+0 15.50 521.9833 GTP M+1 15.50 522.9862 GTP M+2 15.50 523.9898 GTP M+3 15.50 524.9934 GTP M+4 15.51 525.9956 GTP M+5 15.50 527.0000 Histidine M+0 1.12 154.0619 Hydroxyisocaproic acid M+0 15.05 131.0711 Hydroxyisocaproic acid M+1 15.06 132.0745 Hydroxyphenylpyruvate M+0 14.81 179.0343 Hydroxyphenylpyruvate M+1 14.81 180.0378 IMP M+0 11.21 347.0395 IMP M+1 11.21 348.0431 IMP M+2 11.20 349.0461 IMP M+3 11.20 350.0497 IMP M+4 11.21 351.0529 IMP M+5 11.21 352.0557 IMP M+6 11.21 353.0597 IMP M+7 11.20 354.0625 IMP M+8 11.19 355.0660 Isoleucine M+0 2.42 130.0870 Isoleucine M+1 2.42 131.0903 Ketoleucine M+0 14.93 129.0556 Lactate M+0 7.59 89.0242 Lactate M+1 7.59 90.0275 Lactate M+2 7.59 91.0308 Lactate M+3 7.59 92.0341 Leucine M+0 2.62 130.0870 Leucine M+1 2.62 131.0903 Lysine M+0 1.04 145.0978 Malate M+0 13.23 133.0140 Malate M+1 13.22 134.0172 Malate M+2 13.22 135.0205 Malate M+3 13.22 136.0238 Malate M+4 13.22 137.0273 Maleic acid M+0 12.52 115.0034 Methionine M+0 1.94 148.0433 N-Acetyl-glucosamine-1/6-phosphate M+0 7.99 300.0487 N-Acetyl-glucosamine-1/6-phosphate M+6 8.00 306.0685 N-Acetyl-glutamine M+0 7.63 187.0722 N-Acetyl-glutamine M+7 7.34 194.0948 N-Acetyl-L-alanine M+0 8.72 130.0507 N-Acetyl-L-alanine M+1 8.70 131.0541 N-Acetyl-L-alanine M+2 8.71 132.0574 N-Acetyl-L-alanine M+3 8.71 133.0608 O-Acetyl-serine M+0 1.63 146.0455 p-Aminobenzoate M+0 7.62 136.0412 Pantothenate M+0 11.82 218.1030 Phenylalanine M+0 5.86 164.0713 Phenylalanine M+1 5.86 165.0746 Phenylalanine M+2 5.86 166.0778 Phenylpyruvate M+0 14.56 163.0397 Phenylpyruvate M+1 14.56 164.0431 Phosphoenolpyruvate M+0 14.28 166.9747 Phosphoenolpyruvate M+1 14.28 167.9781 Phosphoenolpyruvate M+3 14.28 169.9849 Proline M+0 1.37 114.0558 Proline M+1 1.37 115.0592 Proline M+2 1.37 116.0625 Pyroglutamic acid M+0 7.69 128.0351 Pyroglutamic acid M+1 7.69 129.0384 Pyroglutamic acid M+2 7.68 130.0416 Pyruvate M+0 9.29 87.0085 Pyruvate M+1 9.30 88.0118 Pyruvate M+3 9.29 90.0185 Quinolinate M+0 14.06 166.0143 Ribose M+0 1.94 149.0466 Ribulose-5-phosphate M+0 7.54 229.0115 Ribulose-5-phosphate M+1 7.54 230.0146 Ribulose-5-phosphate M+2 7.54 231.0181 Ribulose-5-phosphate M+3 7.54 232.0215 Ribulose-5-phosphate M+4 7.55 233.0250 Ribulose-5-phosphate M+5 7.54 234.0280 Serine M+0 1.22 104.0351 Serine M+2 1.22 106.0419 Serine M+3 1.22 107.0452 sn-Glycerol-3-phosphate M+0 7.72 171.0061 sn-Glycerol-3-phosphate M+1 7.72 172.0094 sn-Glycerol-3-phosphate M+2 7.72 173.0127 sn-Glycerol-3-phosphate M+3 7.72 174.0160 Succinate M+0 12.23 117.0192 Succinate M+1 12.23 118.0224 Succinate M+2 12.21 119.0257 Succinate M+3 12.21 120.0291 Taurine M+0 1.25 124.0071 Taurine M+1 1.25 125.0104 Threonine M+0 1.27 118.0508 Threonine M+1 1.27 119.0542 Tryptophan M+0 8.27 203.0823 Tryptophan M+1 8.27 204.0854 Tyrosine M+0 2.70 180.0662 Tyrosine M+1 2.70 181.0695 UDP-D-glucose M+0 13.66 565.0472 UDP-D-glucose M+1 13.67 566.0503 UDP-D-glucose M+10 13.66 575.0808 UDP-D-glucose M+11 13.68 576.0845 UDP-D-glucose M+2 13.67 567.0546 UDP-D-glucose M+3 13.67 568.0566 UDP-D-glucose M+4 13.67 569.0603 UDP-D-glucose M+5 13.67 570.0640 UDP-D-glucose M+6 13.68 571.0675 UDP-D-glucose M+7 13.67 572.0706 UDP-D-glucose M+8 13.66 573.0745 UDP-D-glucose M+9 13.66 574.0763 UDP-D-glucuronate M+0 15.39 579.0270 UDP-D-glucuronate M+1 15.38 580.0295 UDP-D-glucuronate M+10 15.38 589.0603 UDP-D-glucuronate M+11 15.37 590.0638 UDP-D-glucuronate M+2 15.37 581.0330 UDP-D-glucuronate M+3 15.37 582.0369 UDP-D-glucuronate M+4 15.37 583.0398 UDP-D-glucuronate M+5 15.36 584.0424 UDP-D-glucuronate M+6 15.37 585.0460 UDP-D-glucuronate M+7 15.37 586.0493 UDP-D-glucuronate M+8 15.37 587.0530 UDP-D-glucuronate M+9 15.37 588.0560 UDP M+0 14.01 402.9946 UDP M+1 14.01 403.998 UDP M+2 14.01 405.0013 UDP M+3 14.01 406.0044 UDP M+4 14.01 407.0075 UDP M+5 14.01 408.0111 UDP M+6 14.01 409.0147 UDP-N-acetyl-glucosamine M+0 13.70 606.0731 UDP-N-acetyl-glucosamine M+1 13.72 607.0775 UDP-N-acetyl-glucosamine M+10 13.69 616.1060 UDP-N-acetyl-glucosamine M+11 13.70 617.1092 UDP-N-acetyl-glucosamine M+12 13.70 618.1127 UDP-N-acetyl-glucosamine M+13 13.70 619.1159 UDP-N-acetyl-glucosamine M+2 13.71 608.0809 UDP-N-acetyl-glucosamine M+3 13.70 609.0833 UDP-N-acetyl-glucosamine M+4 13.70 610.0858 UDP-N-acetyl-glucosamine M+5 13.70 611.0894 UDP-N-acetyl-glucosamine M+6 13.71 612.0938 UDP-N-acetyl-glucosamine M+7 13.72 613.0970 UDP-N-acetyl-glucosamine M+8 13.70 614.0992 UDP-N-acetyl-glucosamine M+9 13.71 615.1036 UMP M+0 10.83 323.0284 UMP M+1 10.83 324.0317 UMP M+2 10.83 325.0349 UMP M+3 10.84 326.0384 UMP M+4 10.84 327.0415 UMP M+5 10.84 328.0449 UMP M+6 10.83 329.0484 UMP M+7 10.83 330.0518 Uracil M+0 2.03 111.0198 Uracil M+1 2.03 112.0232 Uracil M+2 2.02 113.0265 Uric acid M+0 6.02 167.0207 Uric acid M+1 6.01 168.0238 Uric acid M+2 6.00 169.0273 Uric acid M+3 6.00 170.0308 UTP M+0 15.53 482.9608 UTP M+1 15.54 483.9642 UTP M+2 15.54 484.9681 UTP M+3 15.54 485.9715 UTP M+4 15.53 486.9743 UTP M+5 15.54 487.9783 Val-Asp (VD) M+0 7.23 231.0981 Valine M+0 1.57 116.0715 Valine M+1 1.57 117.0748 Xanthine M+0 3.23 151.0257 Xanthine M+1 3.23 152.0291 Xanthine M+2 3.23 153.0326 Xanthine M+3 3.24 154.0360 Xanthosine-5-phosphate M+0 13.17 363.0342 Xanthosine-5-phosphate M+1 13.17 364.0379 Xanthosine-5-phosphate M+2 13.17 365.0409 Xanthosine-5-phosphate M+3 13.17 366.0445 Xanthosine-5-phosphate M+4 13.17 367.0481 Xanthosine-5-phosphate M+5 13.17 368.0507 Xanthosine-5-phosphate M+6 13.16 369.0548 METABOLITES_END #END