#METABOLOMICS WORKBENCH cnoecker_20230321_174312 DATATRACK_ID:3802 STUDY_ID:ST002513 ANALYSIS_ID:AN004138 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Systems biology illuminates the alternative metabolic niche of the human gut PR:PROJECT_TITLE bacterium Eggerthella lenta PR:PROJECT_TYPE Untargeted LC-MS PR:PROJECT_SUMMARY Human gut bacteria perform diverse metabolic functions with consequences for PR:PROJECT_SUMMARY host health. The prevalent and disease-linked Actinobacterium Eggerthella lenta PR:PROJECT_SUMMARY performs several unusual chemical transformations, but it does not metabolize PR:PROJECT_SUMMARY sugars and its core growth strategy remains unclear. To obtain a comprehensive PR:PROJECT_SUMMARY view of the metabolic network of E. lenta, we generated several complementary PR:PROJECT_SUMMARY resources: defined culture media, metabolomics profiles of strain isolates, and PR:PROJECT_SUMMARY a curated genome-scale metabolic reconstruction. Stable isotope-resolved PR:PROJECT_SUMMARY metabolomics revealed that E. lenta uses acetate as a key carbon source while PR:PROJECT_SUMMARY catabolizing arginine to generate ATP, traits which could be recapitulated in PR:PROJECT_SUMMARY silico by our updated metabolic model. We compared these in vitro findings with PR:PROJECT_SUMMARY metabolite shifts observed in E. lenta-colonized gnotobiotic mice, identifying PR:PROJECT_SUMMARY shared signatures across environments and highlighting catabolism of the host PR:PROJECT_SUMMARY signaling metabolite agmatine as an alternative energy pathway. Together, our PR:PROJECT_SUMMARY results elucidate a distinctive metabolic niche filled by E. lenta in the gut PR:PROJECT_SUMMARY ecosystem. PR:INSTITUTE University of California, San Francisco PR:DEPARTMENT Microbiology and Immunology PR:LABORATORY Peter Turnbaugh PR:LAST_NAME Noecker PR:FIRST_NAME Cecilia PR:ADDRESS 513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143 PR:EMAIL cecilia.noecker@ucsf.edu PR:PHONE 415-502-3264 PR:FUNDING_SOURCE This work was supported by the National Institutes of Health (2R01HL122593; PR:FUNDING_SOURCE 1R01AT011117; 1R01DK114034 to P.J.T., F32GM140808 to C.N.). P.J.T. is a Chan PR:FUNDING_SOURCE Zuckerberg Biohub Investigator and held an Investigators in the Pathogenesis of PR:FUNDING_SOURCE Infectious Disease Award from the Burroughs Wellcome Fund. PR:PUBLICATIONS https://doi.org/10.1101/2022.09.19.508335 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M89B04 #STUDY ST:STUDY_TITLE Gnotobiotic mice: Metabolites in serum of germ-free mice colonized with strains ST:STUDY_TITLE of gut bacterium Eggerthella lenta ST:STUDY_TYPE Untargeted LC-MS ST:STUDY_SUMMARY This dataset contains untargeted metabolomics analysis of serum of gnotobiotic ST:STUDY_SUMMARY mice either colonized with different strains of Eggerthella lenta for 2 weeks, ST:STUDY_SUMMARY or germ-free controls. ST:INSTITUTE University of California, San Francisco ST:LAST_NAME Noecker ST:FIRST_NAME Cecilia ST:ADDRESS 513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143 ST:EMAIL cecilia.noecker@ucsf.edu ST:PHONE 415-502-3264 ST:SUBMIT_DATE 2023-03-21 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENOTYPE_STRAIN C57BL/6J SU:AGE_OR_AGE_RANGE 6-10 weeks SU:GENDER Male SU:ANIMAL_ANIMAL_SUPPLIER University of California, San Francisco Gnotobiotics core facility #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Serum_El15644_6 SampleType:- | Group:- Replicate=-; Cage=-; RAW_FILE_NAME=Neg_Serum_El15644_6.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Serum_El15644_6.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Serum_El15644_6.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Serum_El15644_6.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 14 Serum_El15644_14 SampleType:Serum | Group:El15644 Replicate=14; Cage=7; RAW_FILE_NAME=Neg_Serum_El15644_14.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Serum_El15644_14.raw; 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Briefly, C57BL/6J mice (males, ages 4-8 CO:COLLECTION_SUMMARY weeks) were obtained from the University of California, San Francisco CO:COLLECTION_SUMMARY Gnotobiotics core facility (gnotobiotics.ucsf.edu) and housed in Iso positive CO:COLLECTION_SUMMARY cages (Tecniplast). Mice were colonized via oral gavage with E. lenta CO:COLLECTION_SUMMARY monocultures (109 CFU/mL, 200 μl gavage, n=6 E. lenta DSM 2243, n=5 E. lenta CO:COLLECTION_SUMMARY DSM 15644, n=4 E. lenta AB12n2) or control media (n=5 GF). Colonization was CO:COLLECTION_SUMMARY confirmed via anaerobic culturing and/or qPCR for an E. lenta specific marker CO:COLLECTION_SUMMARY (elnmrk1) [10,26]. Mice were colonized for 2 weeks prior to sacrifice and sample CO:COLLECTION_SUMMARY collection. Serum samples were collected. CO:SAMPLE_TYPE Blood (serum) CO:COLLECTION_FREQUENCY single time point (2 weeks after colonization) CO:STORAGE_CONDITIONS -80℃ #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Mice were colonized via oral gavage with E. lenta monocultures (109 CFU/mL, 200 TR:TREATMENT_SUMMARY μl gavage, n=6 E. lenta DSM 2243, n=5 E. lenta DSM 15644, n=4 E. lenta AB12n2) TR:TREATMENT_SUMMARY or control media (n=5 GF). Colonization was confirmed via anaerobic culturing TR:TREATMENT_SUMMARY and/or qPCR for an E. lenta specific marker (elnmrk1). Mice were colonized for 2 TR:TREATMENT_SUMMARY weeks prior to sacrifice and sample collection. Samples were collected of ileal, TR:TREATMENT_SUMMARY cecal, and colonic contents, as well as serum. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Serum samples were first thawed on wet ice. 20 μL of serum was extracted with 4 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY volumes of methanol, containing stable isotope labeled internal standards. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Samples were homogenized by vortexing for 20 seconds and placed in a -20oC for 1 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY hour to maximize protein precipitation. After freezer incubation, samples were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY centrifuged at 4oC at 18,407 rcf for 5 minutes. Supernatant was removed and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY dried under vacuum via centrivap (Labconco Corp.). Dried samples were then SP:SAMPLEPREP_SUMMARY resuspended in 30 μL of 80% acetonitrile in water containing exogenous standard SP:SAMPLEPREP_SUMMARY CUDA at 60 ng/mL. Samples were maintained at 4oC prior to prompt analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Samples, pools, and blanks were promptly added to a Thermo Vanquish Autosampler CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY at 4°C in a Vanquish UHPLC (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA). CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Chromatographic separation was performed using an ACQUITY Bridged Ethylene CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Hybrid (BEH) Amide column 2.1 x 150 mm, 1.7-micron particle size, (Waters Corp. CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Milford, MA), using chromatographic conditions published elsewhere (HILIC method CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY described in the Supplementary Methods of doi.org/10.1038/s41586-021-03707-9). CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Vanquish CH:COLUMN_NAME Waters ACQUITY UPLC BEH Amide (150 x 2.1mm,1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 40 CH:FLOW_GRADIENT The gradient profile was held at 100% B for 2 minutes, from 100% B to 70% B in 5 CH:FLOW_GRADIENT minutes, holding at 70% B for 0.7 minute, from 70% B to 40% B for 1.3 minutes, CH:FLOW_GRADIENT holding at 40% B for 0.5 minutes, from 40% B to 30% B for 0.75 minutes, before CH:FLOW_GRADIENT returning to 100% B for 2.5 minutes and holding at 100% B for 4 minutes. CH:FLOW_RATE 400 μL per minute CH:SOLVENT_A 100% water; 0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate, pH 3 CH:SOLVENT_B 95% acetonitrile/5% water; 0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive HF hybrid Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Full MS-ddMS2 data was collected, an inclusion list was used to prioritize MS2 MS:MS_COMMENTS selection of metabolites from our in-house ‘local’ library, when additional MS:MS_COMMENTS scan bandwidth was available MS2 was collected in a data-dependent manner. Mass MS:MS_COMMENTS range was 60-900 mz, resolution was 60k (MS1) and 15k (MS2), centroid data was MS:MS_COMMENTS collected, loop count was 4, isolation window was 1.5 Da. Metabolomics data was MS:MS_COMMENTS processed using MS-DIAL v4.60. Features were excluded from analysis if peak MS:MS_COMMENTS height was not at least 5-fold greater in one or more samples compared to the MS:MS_COMMENTS procedural blank average. MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS relative ion counts MS_METABOLITE_DATA_START Samples Serum_El15644_14 Serum_El15644_21 Serum_El15644_22 Serum_El15644_23 Serum_El15644_7 Serum_El2243_12 Serum_El2243_13 Serum_El2243_24 Serum_El2243_25 Serum_El2243_4 Serum_El2243_5 Serum_ElAB12n2_18 Serum_ElAB12n2_28 Serum_ElAB12n2_29 Serum_ElAB12n2_30 Serum_GF_1 Serum_GF_2 Serum_GF_26 Serum_GF_27 Serum_GF_3 Factors SampleType:Serum | Group:El15644 SampleType:Serum | Group:El15644 SampleType:Serum | Group:El15644 SampleType:Serum | Group:El15644 SampleType:Serum | Group:El15644 SampleType:Serum | Group:El2243 SampleType:Serum | Group:El2243 SampleType:Serum | Group:El2243 SampleType:Serum | Group:El2243 SampleType:Serum | Group:El2243 SampleType:Serum | Group:El2243 SampleType:Serum | Group:ElAB12n2 SampleType:Serum | Group:ElAB12n2 SampleType:Serum | Group:ElAB12n2 SampleType:Serum | Group:ElAB12n2 SampleType:Serum | Group:GF SampleType:Serum | Group:GF SampleType:Serum | Group:GF SampleType:Serum | Group:GF SampleType:Serum | Group:GF 1_2-Diarachidonoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 5923433.0000 6129376.0000 5751416.0000 6134962.0000 7695956.0000 6820438.0000 7504407.0000 5807232.0000 7294854.0000 7231502.0000 6621682.0000 6520669.0000 6631388.0000 6166904.0000 6637537.0000 5866870.0000 5480104.0000 5268574.0000 3756362.0000 6621830.0000 1_2-Dilinoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 112099568.0000 120300104.0000 114388816.0000 116377456.0000 125179352.0000 110235632.0000 125522240.0000 122123944.0000 101435440.0000 133570000.0000 126210224.0000 116224984.0000 96272280.0000 99822208.0000 111161432.0000 104085936.0000 104115048.0000 114359160.0000 102696984.0000 106811736.0000 15-Hydroperoxy-5Z_8Z_11Z_13E-eicosatetraenoic acid 1334414.0000 1526773.0000 2081775.0000 1551840.0000 4008668.0000 2057843.0000 2559904.0000 2191848.0000 1823213.0000 2694553.0000 2474488.0000 3195966.0000 2101678.0000 1813998.0000 1024974.0000 1848297.0000 2812420.0000 1423560.0000 1427846.0000 2414734.0000 1-Arachidoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phosphocholine 39690232.0000 33625524.0000 36405896.0000 45536748.0000 35554448.0000 40820440.0000 35797480.0000 37997936.0000 51038864.0000 34336640.0000 38886568.0000 39874480.0000 40211836.0000 43384144.0000 42343408.0000 36580008.0000 30068180.0000 35881272.0000 19894168.0000 35789560.0000 1-Behenoyl-2-hydroxy-sn-glycero-3-phosphocholine 5759244.0000 5477862.0000 5356655.0000 6586538.0000 5339585.0000 5799892.0000 4907166.0000 5724600.0000 7044276.0000 5868406.0000 6829738.0000 5138181.0000 5532481.0000 6232811.0000 5808834.0000 5576114.0000 4982138.0000 5227167.0000 4411891.0000 5050552.0000 1-Heptadecanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 32177116.0000 32833776.0000 34845780.0000 35283320.0000 34725068.0000 34771544.0000 31968672.0000 36402280.0000 44775292.0000 31928074.0000 35992928.0000 35294768.0000 33404886.0000 35462764.0000 35069200.0000 34332836.0000 31666998.0000 32769340.0000 27205820.0000 31619696.0000 1-Hexadecyl-2-(5Z_8Z_11Z_14Z-eicosatetraenoyl)-sn-glycero-3-phosphocholine 5505140.0000 5376648.0000 4416882.0000 5344704.0000 6332486.0000 4982320.0000 5126102.0000 4397800.0000 4702084.0000 5949516.0000 5930566.0000 4862836.0000 3522218.0000 3704661.0000 3855666.0000 5268858.0000 5330618.0000 4390850.0000 4495258.0000 4554280.0000 1-Hexadecyl-2-(8Z_11Z_14Z-eicosatrienoyl)-sn-glycero-3-phosphocholine 1367668.0000 1204405.0000 1179252.0000 1359043.0000 1511440.0000 1271160.0000 1183027.0000 1175730.0000 1305179.0000 1400911.0000 1462541.0000 1348782.0000 1137352.0000 1330289.0000 1168841.0000 1424762.0000 1581092.0000 1027565.0000 1320787.0000 1274395.0000 1H-Indole-3-acetamide 157624.0000 139128.0000 158556.0000 130627.0000 218918.0000 138021.0000 144027.0000 146631.0000 85431.0000 153511.0000 133360.0000 160275.0000 225185.0000 117518.0000 160607.0000 181713.0000 145220.0000 129766.0000 89181.0000 201754.0000 1H-Indole-3-carboxaldehyde 1243287.0000 1473138.0000 1752100.0000 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5-Methylcytosine 126.06593 5'-Methylthioadenosine 298.09595 7,8-Dihydrobiopterin 240.10715 Acetylcholine 146.11708 Adenosine 268.10345 Alanine 90.05508 alpha-Asp-Lys 262.13925 alpha-Ionone 193.15817 Aminoadipic acid 162.07574 AMP 348.06973 Anserine 241.12898 Arginine 175.1183 Arginine, methyl ester 189.13425 Argininosuccinic acid 291.12601 Asparagine 133.0686 Asp-Arg 290.14502 Aspartic acid 134.04456 Asp-His 271.10309 Betaine 118.08592 Betaine aldehyde cation 120.10168 Biliverdin 583.25507 CAR 10:0 316.24744 CAR 12:0 344.27847 CAR 14:0 372.30948 CAR 16:0 400.34106 CAR 16:0;OH 416.33557 CAR 18:1 426.35635 CAR 18:2 424.34091 CAR 2:0 204.12238 CAR 20:4 448.34033 CAR 3:0 218.13783 CAR 4:0 232.15338 CAR 4:0;3Me 246.1693 CAR 4:0;3OH 248.14865 CAR 4:0;OH,Me 262.1647 CAR 6:0 260.18494 CAR 8:0 288.21552 CAR DC3:0 248.1124 Carnitine 162.11186 Carnosine 227.11345 Choline 104.10686 Choline phosphate 184.07291 cis-4-Hydroxyproline 132.06543 Citrulline 176.10234 Creatine 132.07631 Creatinine 114.06605 Cystathionine 223.07437 Cysteine-glutathione disulfide 427.09412 Cysteine-S-sulfate 201.98338 Cystine 241.03058 Cytidine 244.09198 Cytosine 112.05044 delta(5)-Hydroxylysine 163.10757 Deoxycytidine 228.09743 D-erythro-N-stearoylsphingosine 300.28873 Dimethylarginine 203.14966 Ectoine 143.08118 Epigallocatechin 307.08267 Ergothioneine 230.09517 Ethanolamine 62.0604 gamma-Glu-epsilon-Lys 276.15472 gamma-Glutamyltyrosine 311.12292 Glu-Arg 304.16068 Glucose 6-phosphate 261.03659 Glutamic acid 148.05998 Glutamine 147.07593 Glutathione 613.1582 Glu-Thr 249.10757 Gly-Val 175.10718 GMP 364.06476 Guanidinosuccinic acid 176.06619 Guanidoacetic acid 118.06104 Guanine 152.05655 Hemin cation 616.17499 Hexanoylglycine 174.11208 H-gamma-glutamyl-glutamine 276.11826 Histamine 112.08691 Histidine 156.07637 Homoarginine 189.13457 Homocitrulline 190.11824 Hypoxanthine 137.04536 Imidazoleacetic acid 127.04993 Inosine 269.08759 Isoleucine 132.10162 Kynurenic acid 190.04932 Kynurenine 209.09122 Leucine, methyl ester 146.1172 L-Metanephrine 180.10147 LPA 16:0/0:0 496.33826 LPC 16:1 494.32321 LPC 16:2 492.30704 LPC 18:0/0:0 524.36896 LPC 18:1/0:0 522.35297 LPC 18:2 520.33813 LPC 18:3 518.32239 LPC 19:0 538.38446 LPC 20:1 550.38483 LPC 20:4 544.33813 LPC 20:5 542.32214 LPC 22:1 578.41638 LPC 22:6 568.33801 LPC 24:1 606.44739 LPC O-16:0 482.36572 LPC P-16:0 or LPC O-16:1 480.34384 LPC P-18:0 or LPC O-18:1 508.37433 LPE 16:0/0:0 454.29193 LPE 18:1/0:0 480.30716 LPE 18:2 478.29175 Lysine 147.1123 Methacholine 160.1326 Methionine 150.05798 Methionine sulfoxide 166.05283 Methylguanidine 74.07163 N(2)-Acetyllysine 189.12294 N5-(1-Iminoethyl)-ornithine 174.12332 N6-(1-Iminoethyl)-lysine 188.13889 N6-Acetyllysine 189.12277 N6-Methyladenosine 282.1189 N(6)-Methyllysine 161.12808 N(6)-Methyllysine1 161.1281 N(6),N(6)-Dimethyl-lysine 175.14359 N-6-Trimethyllysine 189.15921 N8-Acetylspermidine 188.17531 N-Acetylcarnosine 269.12534 N-Acetylglutamine 154.09697 N-Acetylhistidine 198.08684 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Pro-hydroxyPro 229.11775 Proline 116.07052 Putrescine 89.10747 Pyridoxamine 169.09613 Riboflavin 377.14459 Ribothymidine 259.09216 S-Adenosylhomocysteine 385.12769 S-Adenosylmethionine 399.14395 Sarcosine 90.05511 Serine 106.0498 Serotonin 177.10173 SM 18:1;O2/16:0 703.57294 SM 18:1;O2/18:0 731.60297 SM 18:1;O2/22:0 787.6662 sn-Glycero-3-phosphocholine 258.10913 Spermidine 146.16481 Sphinganine 302.30484 Sphinganine 1-phosphate 382.27048 Sphingosine 1-phosphate 380.25528 Sucrose 365.10406 Taurine 126.02178 Taurocholic acid 516.29755 Thiamine 265.11136 Thiazolidine-4-carboxylic acid 134.02666 Threonine 120.06536 Thr-Glu 249.10779 Thymine 127.05001 Triethanolamine 150.11208 Tryptophan 205.09659 Tyrosine 182.08081 UMP 325.04251 Uracil 113.03446 Urea 61.03995 Ureidopropionic acid 133.06046 Uridine 245.07776 Urocanic acid 139.04982 Valine 118.08612 Xanthine 153.04047 Xanthosine 285.082 Xanthurenic acid 206.04439 METABOLITES_END #END