#METABOLOMICS WORKBENCH segundocasaro_20230411_044624 DATATRACK_ID:3855 STUDY_ID:ST002556 ANALYSIS_ID:AN004211
VERSION                          	1
CREATED_ON                       	04-11-2023
#PROJECT
PR:PROJECT_TITLE                 	Blood metabolomics and impacted cellular mechanisms during transition into
PR:PROJECT_TITLE                 	lactation in dairy cows that develop metritis
PR:PROJECT_TYPE                  	Case-Control Study
PR:PROJECT_SUMMARY               	The objective of this study was to identify metabolites associated with metritis
PR:PROJECT_SUMMARY               	and use them for identification of cellular mechanisms affected during
PR:PROJECT_SUMMARY               	transition into lactation. Holstein cows (n = 104) had blood collected in the
PR:PROJECT_SUMMARY               	prepartum period (d-14 ± 6), at calving (d0), and at the day of metritis
PR:PROJECT_SUMMARY               	diagnosis (d7 ± 2). Cows with reddish or brownish, watery, and fetid discharge
PR:PROJECT_SUMMARY               	were diagnosed with metritis (n = 52). Cows with metritis were paired with
PR:PROJECT_SUMMARY               	herdmates without metritis (n = 52) based on DIM. The metabolome of plasma
PR:PROJECT_SUMMARY               	samples was evaluated using untargeted gas chromatography time-of-flight mass
PR:PROJECT_SUMMARY               	spectrometry. Univariate analyses included t-tests and fold change analyses.
PR:PROJECT_SUMMARY               	Metabolites with false discovery rate (FDR) adjusted P ≤ 0.10 on t-tests were
PR:PROJECT_SUMMARY               	used for partial least squares – discriminant analysis PLS-DA coupled with
PR:PROJECT_SUMMARY               	permutational analysis using 2,000 permutations. Metabolites with FDR adjusted P
PR:PROJECT_SUMMARY               	≤ 0.10 on t-tests were also used for enriched pathway analyses and
PR:PROJECT_SUMMARY               	identification of cellular processes. Cows that developed metritis had affected
PR:PROJECT_SUMMARY               	cellular processes associated with lower amino acid metabolism in the prepartum
PR:PROJECT_SUMMARY               	period, greater lipolysis, cell death, and oxidative stress at calving and at
PR:PROJECT_SUMMARY               	metritis diagnosis, and greater leukocyte activation at calving, but lower
PR:PROJECT_SUMMARY               	immune cell activation at metritis diagnosis. In summary, cows that developed
PR:PROJECT_SUMMARY               	metritis had plasma metabolomic changes associated with greater lipolysis,
PR:PROJECT_SUMMARY               	oxidative stress, and a dysregulated immune response which may predispose cows
PR:PROJECT_SUMMARY               	to metritis development.
PR:INSTITUTE                     	University of Florida
PR:DEPARTMENT                    	College of Veterinary Medicine
PR:LABORATORY                    	Large Animal Clinical Sciences
PR:LAST_NAME                     	Casaro
PR:FIRST_NAME                    	Segundo
PR:ADDRESS                       	117 Deriso Hall, 2015 SW 16th Ave.
PR:EMAIL                         	segundocasaro@ufl.edu
PR:PHONE                         	3522844016
PR:FUNDING_SOURCE                	USDA NIFA AFRI
PR:DOI                           	http://dx.doi.org/10.21228/M8PF0K
#STUDY
ST:STUDY_TITLE                   	Blood metabolomics and impacted cellular mechanisms during transition into
ST:STUDY_TITLE                   	lactation in dairy cows that develop metritis
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ST:STUDY_SUMMARY                 	and use them for identification of cellular mechanisms affected during
ST:STUDY_SUMMARY                 	transition into lactation. Holstein cows (n = 104) had blood collected in the
ST:STUDY_SUMMARY                 	prepartum period (d-14 ± 6), at calving (d0), and at the day of metritis
ST:STUDY_SUMMARY                 	diagnosis (d7 ± 2). Cows with reddish or brownish, watery, and fetid discharge
ST:STUDY_SUMMARY                 	were diagnosed with metritis (n = 52). Cows with metritis were paired with
ST:STUDY_SUMMARY                 	herdmates without metritis (n = 52) based on DIM. The metabolome of plasma
ST:STUDY_SUMMARY                 	samples was evaluated using untargeted gas chromatography time-of-flight mass
ST:STUDY_SUMMARY                 	spectrometry. Univariate analyses included t-tests and fold change analyses.
ST:STUDY_SUMMARY                 	Metabolites with false discovery rate (FDR) adjusted P ≤ 0.10 on t-tests were
ST:STUDY_SUMMARY                 	used for partial least squares – discriminant analysis PLS-DA coupled with
ST:STUDY_SUMMARY                 	permutational analysis using 2,000 permutations. Metabolites with FDR adjusted P
ST:STUDY_SUMMARY                 	≤ 0.10 on t-tests were also used for enriched pathway analyses and
ST:STUDY_SUMMARY                 	identification of cellular processes. Cows that developed metritis had affected
ST:STUDY_SUMMARY                 	cellular processes associated with lower amino acid metabolism in the prepartum
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ST:STUDY_SUMMARY                 	metritis diagnosis, and greater leukocyte activation at calving, but lower
ST:STUDY_SUMMARY                 	immune cell activation at metritis diagnosis. In summary, cows that developed
ST:STUDY_SUMMARY                 	metritis had plasma metabolomic changes associated with greater lipolysis,
ST:STUDY_SUMMARY                 	oxidative stress, and a dysregulated immune response which may predispose cows
ST:STUDY_SUMMARY                 	to metritis development.
ST:INSTITUTE                     	University of Florida
ST:DEPARTMENT                    	College of Veterinary Medicine
ST:LABORATORY                    	Large Animal Clinical Sciences
ST:LAST_NAME                     	segundocasaro
ST:FIRST_NAME                    	Segundo
ST:ADDRESS                       	117 Deriso Hall, 2015 SW 16th Ave.
ST:EMAIL                         	segundocasaro@ufl.edu
ST:PHONE                         	3522844016
ST:SUBMIT_DATE                   	2023-04-11
#SUBJECT
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	9910	9910_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Mult	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	9977	9977_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Mult	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	9980	9980_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Mult	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10156	10156_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10158	10158_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10175	10175_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10193	10193_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10198	10198_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10206	10206_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10207	10207_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10208	10208_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10213	10213_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10215	10215_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10219	10219_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10222	10222_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10223	10223_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10230	10230_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10231	10231_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10239	10239_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10249	10249_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10251	10251_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10253	10253_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10256	10256_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10257	10257_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10258	10258_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10259	10259_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10260	10260_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10263	10263_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10267	10267_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10278	10278_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10293	10293_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10294	10294_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10298	10298_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10304	10304_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10308	10308_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	10318	10318_Prepartum_Met	Group:Met | Time:Prepartum | Parity:Prim	
#COLLECTION
CO:COLLECTION_SUMMARY            	All cows had blood collected in the prepartum period (-14 DRP), calving (first
CO:COLLECTION_SUMMARY            	24h after calving), and at diagnosis (day of metritis diagnosis). Blood was
CO:COLLECTION_SUMMARY            	sampled from the jugular vein using a 20-gauge x 2.54-cm needle and 10-mL
CO:COLLECTION_SUMMARY            	evacuated tube containing lithium heparin (Vacutainer, Becton, Dickinson and
CO:COLLECTION_SUMMARY            	Company, Franklin Lakes, NJ, USA). After collection, the blood tubes were placed
CO:COLLECTION_SUMMARY            	on ice and transported to the laboratory within 2 hours. Once in the laboratory,
CO:COLLECTION_SUMMARY            	the blood tubes were centrifuged at 4000 g, 4 °C, for 10 min, and the
CO:COLLECTION_SUMMARY            	plasma was stored at -80 oC for further characterization of the plasma
CO:COLLECTION_SUMMARY            	metabolome. The frozen plasma was submitted to the University of California’s
CO:COLLECTION_SUMMARY            	West Coast Metabolomics Center in Davis, CA for metabolome analysis. Samples
CO:COLLECTION_SUMMARY            	were analyzed by blinded technicians using untargeted gas chromatography with
CO:COLLECTION_SUMMARY            	time-of-flight mass spectrometry (GC-TOF-MS) in a single batch.
CO:SAMPLE_TYPE                   	Blood (plasma)
#TREATMENT
TR:TREATMENT_SUMMARY             	This was a case-control study, hence, there were not treatments applied. Cows
TR:TREATMENT_SUMMARY             	were self assigned to the groups. Cows that developed metritis were paired with
TR:TREATMENT_SUMMARY             	healthy cows by days in milk.
#SAMPLEPREP
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	After collection, the blood tubes were placed on ice and transported to the
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	laboratory within 2 hours. Once in the laboratory, the blood tubes were
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	centrifuged at 4000 g, 4 °C, for 10 min, and the plasma was stored at -80
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	oC for further characterization of the plasma metabolome. The frozen plasma was
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	submitted to the University of California’s West Coast Metabolomics Center in
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	Davis, CA for metabolome analysis
#CHROMATOGRAPHY
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	Data are acquired using the following chromatographic parameters, with more
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	details to be found in Fiehn O. et al. Plant J. 53 (2008) 691–704. Column:
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	Restek corporation Rtx-5Sil MS (30 m length x 0.25 mm internal diameter with
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	0.25 μm film made of 95% dimethyl/5%diphenylpolysiloxane) Mobile phase: Helium
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	Column temperature: 50-330°C Flow- rate: 1 mL min-1 Injection volume: 0.5 μL
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	Injection: 25 splitless time into a multi-baffled glass liner Injection
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	temperature: 50°C ramped to 250°C by 12°C s-1 Oven temperature program: 50°C
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	for 1 min, then ramped at 20°C min-1 to 330°C, held constant for 5 min. The
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	analytical GC column is protected by a 10 m long empty guard column which is cut
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	by 20 cm intervals whenever the reference mixture QC samples indicate problems
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	caused by column contaminations. We have validated that at this sequence of
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	column cuts, no detrimental effects are detected with respect to peak shapes,
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	absolute or relative metabolite retention times or reproducibility of
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	quantifications. This chromatography method yields excellent retention and
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	separation of primary metabolite classes (amino acids, hydroxyl acids,
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	carbohydrates, sugar acids, sterols, aromatics, nucleosides, amines and
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	miscellaneous compounds) with narrow peak widths of 2–3 s and very good
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	within-series retention time reproducibility of better than 0.2 s absolute
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	deviation of retention times. We use automatic liner exchanges after each set of
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	10 injections which we could show to reduce sample carryover for highly
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	lipophilic compounds such as free fatty acids. Mass spectrometry parameters are
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	used as follows: a Leco Pegasus IV mass spectrometer is used with unit mass
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	resolution at 17 spectra s-1 from 80-500 Da at - 70 eV ionization energy and
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	1800 V detector voltage with a 230°C transfer line and a 250°C ion source.
CH:INSTRUMENT_NAME               	Leco Pegasus IV GC
CH:COLUMN_NAME                   	Restek Rtx-5Sil MS (30m x 0.25mm, 0.25um)
CH:COLUMN_TEMPERATURE            	50-330
CH:FLOW_GRADIENT                 	.
CH:FLOW_RATE                     	1 mL min-1
CH:SOLVENT_A                     	.
CH:SOLVENT_B                     	.
CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE           	GC
#ANALYSIS
AN:ANALYSIS_TYPE                 	MS
AN:ANALYSIS_PROTOCOL_FILE        	Methods_SC.pdf
#MS
MS:INSTRUMENT_NAME               	Leco Pegasus IV TOF
MS:INSTRUMENT_TYPE               	GC-TOF
MS:MS_TYPE                       	Other
MS:MS_COMMENTS                   	See data acquisition, processing, and reporting in "Methods.pdf" file
MS:ION_MODE                      	POSITIVE
#MS_METABOLITE_DATA
MS_METABOLITE_DATA:UNITS         	peak heights
MS_METABOLITE_DATA_START
Samples	10001_Calving_Con	10038_Calving_Con	9268_Calving_Con	9280_Calving_Con	9509_Calving_Con	9536_Calving_Con	9778_Calving_Con	9794_Calving_Con	9802_Calving_Con	9804_Calving_Con	9823_Calving_Con	9872_Calving_Con	9875_Calving_Con	9876_Calving_Con	9904_Calving_Con	9907_Calving_Con	9917_Calving_Con	9918_Calving_Con	9924_Calving_Con	9925_Calving_Con	9927_Calving_Con	9942_Calving_Con	9944_Calving_Con	9945_Calving_Con	9950_Calving_Con	9954_Calving_Con	9956_Calving_Con	9957_Calving_Con	9966_Calving_Con	9971_Calving_Con	9979_Calving_Con	9985_Calving_Con	9987_Calving_Con	9992_Calving_Con	10165_Calving_Con	10171_Calving_Con	10189_Calving_Con	10194_Calving_Con	10199_Calving_Con	10212_Calving_Con	10229_Calving_Con	10245_Calving_Con	10246_Calving_Con	10254_Calving_Con	10261_Calving_Con	10262_Calving_Con	10264_Calving_Con	10268_Calving_Con	10274_Calving_Con	10290_Calving_Con	10303_Calving_Con	10311_Calving_Con	10001_Diagnosis_Con	10038_Diagnosis_Con	9268_Diagnosis_Con	9280_Diagnosis_Con	9509_Diagnosis_Con	9536_Diagnosis_Con	9778_Diagnosis_Con	9794_Diagnosis_Con	9802_Diagnosis_Con	9804_Diagnosis_Con	9823_Diagnosis_Con	9872_Diagnosis_Con	9875_Diagnosis_Con	9876_Diagnosis_Con	9904_Diagnosis_Con	9907_Diagnosis_Con	9917_Diagnosis_Con	9918_Diagnosis_Con	9924_Diagnosis_Con	9925_Diagnosis_Con	9927_Diagnosis_Con	9942_Diagnosis_Con	9944_Diagnosis_Con	9945_Diagnosis_Con	9950_Diagnosis_Con	9954_Diagnosis_Con	9956_Diagnosis_Con	9957_Diagnosis_Con	9966_Diagnosis_Con	9971_Diagnosis_Con	9979_Diagnosis_Con	9985_Diagnosis_Con	9987_Diagnosis_Con	9992_Diagnosis_Con	10165_Diagnosis_Con	10171_Diagnosis_Con	10189_Diagnosis_Con	10194_Diagnosis_Con	10199_Diagnosis_Con	10212_Diagnosis_Con	10229_Diagnosis_Con	10245_Diagnosis_Con	10246_Diagnosis_Con	10254_Diagnosis_Con	10261_Diagnosis_Con	10262_Diagnosis_Con	10264_Diagnosis_Con	10268_Diagnosis_Con	10274_Diagnosis_Con	10290_Diagnosis_Con	10303_Diagnosis_Con	10311_Diagnosis_Con	10001_Prepartum_Con	10038_Prepartum_Con	9268_Prepartum_Con	9280_Prepartum_Con	9509_Prepartum_Con	9536_Prepartum_Con	9778_Prepartum_Con	9794_Prepartum_Con	9802_Prepartum_Con	9804_Prepartum_Con	9823_Prepartum_Con	9872_Prepartum_Con	9875_Prepartum_Con	9876_Prepartum_Con	9904_Prepartum_Con	9907_Prepartum_Con	9917_Prepartum_Con	9918_Prepartum_Con	9924_Prepartum_Con	9925_Prepartum_Con	9927_Prepartum_Con	9942_Prepartum_Con	9944_Prepartum_Con	9945_Prepartum_Con	9950_Prepartum_Con	9954_Prepartum_Con	9956_Prepartum_Con	9957_Prepartum_Con	9966_Prepartum_Con	9971_Prepartum_Con	9979_Prepartum_Con	9985_Prepartum_Con	9987_Prepartum_Con	9992_Prepartum_Con	10165_Prepartum_Con	10171_Prepartum_Con	10189_Prepartum_Con	10194_Prepartum_Con	10199_Prepartum_Con	10212_Prepartum_Con	10229_Prepartum_Con	10245_Prepartum_Con	10246_Prepartum_Con	10254_Prepartum_Con	10261_Prepartum_Con	10262_Prepartum_Con	10264_Prepartum_Con	10268_Prepartum_Con	10274_Prepartum_Con	10290_Prepartum_Con	10303_Prepartum_Con	10311_Prepartum_Con	10004_Calving_Met	8790_Calving_Met	9193_Calving_Met	9206_Calving_Met	9221_Calving_Met	9232_Calving_Met	9292_Calving_Met	9481_Calving_Met	9490_Calving_Met	9505_Calving_Met	9669_Calving_Met	9796_Calving_Met	9810_Calving_Met	9832_Calving_Met	9848_Calving_Met	9908_Calving_Met	9910_Calving_Met	9977_Calving_Met	9980_Calving_Met	10156_Calving_Met	10158_Calving_Met	10175_Calving_Met	10193_Calving_Met	10198_Calving_Met	10206_Calving_Met	10207_Calving_Met	10208_Calving_Met	10213_Calving_Met	10215_Calving_Met	10219_Calving_Met	10222_Calving_Met	10223_Calving_Met	10230_Calving_Met	10231_Calving_Met	10239_Calving_Met	10249_Calving_Met	10251_Calving_Met	10253_Calving_Met	10256_Calving_Met	10257_Calving_Met	10258_Calving_Met	10259_Calving_Met	10260_Calving_Met	10263_Calving_Met	10267_Calving_Met	10278_Calving_Met	10293_Calving_Met	10294_Calving_Met	10298_Calving_Met	10304_Calving_Met	10308_Calving_Met	10318_Calving_Met	10004_Diagnosis_Met	8790_Diagnosis_Met	9193_Diagnosis_Met	9206_Diagnosis_Met	9221_Diagnosis_Met	9232_Diagnosis_Met	9292_Diagnosis_Met	9481_Diagnosis_Met	9490_Diagnosis_Met	9505_Diagnosis_Met	9669_Diagnosis_Met	9796_Diagnosis_Met	9810_Diagnosis_Met	9832_Diagnosis_Met	9848_Diagnosis_Met	9908_Diagnosis_Met	9910_Diagnosis_Met	9977_Diagnosis_Met	9980_Diagnosis_Met	10156_Diagnosis_Met	10158_Diagnosis_Met	10175_Diagnosis_Met	10193_Diagnosis_Met	10198_Diagnosis_Met	10206_Diagnosis_Met	10207_Diagnosis_Met	10208_Diagnosis_Met	10213_Diagnosis_Met	10215_Diagnosis_Met	10219_Diagnosis_Met	10222_Diagnosis_Met	10223_Diagnosis_Met	10230_Diagnosis_Met	10231_Diagnosis_Met	10239_Diagnosis_Met	10249_Diagnosis_Met	10251_Diagnosis_Met	10253_Diagnosis_Met	10256_Diagnosis_Met	10257_Diagnosis_Met	10258_Diagnosis_Met	10259_Diagnosis_Met	10260_Diagnosis_Met	10263_Diagnosis_Met	10267_Diagnosis_Met	10278_Diagnosis_Met	10293_Diagnosis_Met	10294_Diagnosis_Met	10298_Diagnosis_Met	10304_Diagnosis_Met	10308_Diagnosis_Met	10318_Diagnosis_Met	10004_Prepartum_Met	8790_Prepartum_Met	9193_Prepartum_Met	9206_Prepartum_Met	9221_Prepartum_Met	9232_Prepartum_Met	9292_Prepartum_Met	9481_Prepartum_Met	9490_Prepartum_Met	9505_Prepartum_Met	9669_Prepartum_Met	9796_Prepartum_Met	9810_Prepartum_Met	9832_Prepartum_Met	9848_Prepartum_Met	9908_Prepartum_Met	9910_Prepartum_Met	9977_Prepartum_Met	9980_Prepartum_Met	10156_Prepartum_Met	10158_Prepartum_Met	10175_Prepartum_Met	10193_Prepartum_Met	10198_Prepartum_Met	10206_Prepartum_Met	10207_Prepartum_Met	10208_Prepartum_Met	10213_Prepartum_Met	10215_Prepartum_Met	10219_Prepartum_Met	10222_Prepartum_Met	10223_Prepartum_Met	10230_Prepartum_Met	10231_Prepartum_Met	10239_Prepartum_Met	10249_Prepartum_Met	10251_Prepartum_Met	10253_Prepartum_Met	10256_Prepartum_Met	10257_Prepartum_Met	10258_Prepartum_Met	10259_Prepartum_Met	10260_Prepartum_Met	10263_Prepartum_Met	10267_Prepartum_Met	10278_Prepartum_Met	10293_Prepartum_Met	10294_Prepartum_Met	10298_Prepartum_Met	10304_Prepartum_Met	10308_Prepartum_Met	10318_Prepartum_Met
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Time:Calving | Parity:Mult	Group:Con | Time:Calving | Parity:Mult	Group:Con | Time:Calving | Parity:Mult	Group:Con | Time:Calving | Parity:Mult	Group:Con | Time:Calving | Parity:Mult	Group:Con | Time:Calving | Parity:Mult	Group:Con | Time:Calving | Parity:Mult	Group:Con | Time:Calving | Parity:Mult	Group:Con | Time:Calving | Parity:Mult	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | Parity:Prim	Group:Con | Time:Calving | 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#METABOLITES
METABOLITES_START
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1,5-anhydroglucitol	64960		C07326			632918		217	
1-hexadecanol	2682		C00823			679596		299	
1-monoolein	5283468		.			952623		129	
1-monopalmitin	14900		C01885			901749		371	
1-monostearin	24699		D01947			959214		203	
2,5-dihydroxypyrazine	23368901		.			397526		241	
2,6-diaminopimelic acid	865		.			686035		200	
2,8-dihydroxyquinoline	97250		C06342			626989		290	
2-aminobutyric acid	6657		C02721			285825		130	
2'-deoxyguanosine	187790		C00330			959764		280	
2-deoxypentitol	249377		.			521785		231	
2-deoxytetronic acid	150929		.			433456		189	
2-hydroxy-2-methylbutanoic acid	95433		.			264833		145	
2-hydroxybutanoic acid	440864		C05984			258161		131	
2-hydroxyglutaric acid	43		C02630			506306		247	
2-hydroxyhexanoic acid	99824		.			323093		159	
2-hydroxyvaleric acid	98009		.			309587		131	
2-ketoadipic acid	71		C00322			324048		89	
2-ketobutyric acid	58		C00109			243116		89	
2-ketoglucose dimethylacetal	159630		.			456913		234	
2-ketoisocaproic acid	70		C00233			310761		89	
2-ketoisovaleric acid	49		C00141			263177		89	
2-methylglyceric acid	560781		.			377962		219	
2-monoolein	5319879		.			941794		129	
2-monopalmitin	123409		.			890356		129	
2-picolinic acid	1018		C10164			381532		180	
3-(4-hydroxyphenyl)propionic acid	10394		C01744			598147		179	
3-aminoisobutyric acid	64956		C05145			452655		248	
3-hydroxy-3-methylglutaric acid	1662		C03761			521554		247	
3-hydroxybutyric acid	92135		C01089			278829		191	
3-hydroxypalmitic acid	15569776		.			774930		233	
3-hydroxypropionic acid	68152		C01013			269265		177	
3-phenyllactic acid	3848		.			516011		193	
3-phosphoglycerate	724		C00597			610734		227	
3-ureidopropionate	111		C02642			554966		161	
4-aminobutyric acid	119		C00334			488730		304	
4-hydroxybutyric acid	10413		C00989			325027		233	
4-hydroxycinnamic acid	637542		C00811			674616		219	
4-hydroxyphenylacetic acid	127		C00642			542795		179	
5,6-dihydrouracil			.			470116		243	
5-aminovaleric acid	138		C00431			555805		174	
5-hydroxynorvaline	95562		.			494077		142	
5-methoxytryptamine	1833		C05659			857675		174	
9-myristoleate			.			630100		117	
aconitic acid	643757		C00417			586815		229	
adenine	190		C00147			646701		264	
adenosine	60961		C00212			918039		236	
adenosine-5-monophosphate	6083		C00020			1038688		169	
adipic acid	196		C06104			474435		111	
alanine	5950		C00041			243971		116	
alanine-alanine	5484352		C00993			522546		116	
allantoic acid	203		C00499			726050		259	
alpha-aminoadipic acid	92136		C00956			573295		260	
alpha-ketoglutarate	51		C00026			507392		198	
aminomalonate	100714		C00872			455754		218	
arachidic acid	10467		C06425			856421		117	
arachidonic acid	444899		C00219			834339		91	
asparagine	6267		C00152			553743		231	
aspartic acid	5960		C00049			480387		232	
behenic acid	8215		C08281			920648		117	
benzoic acid	243		C00180			339067		179	
beta-alanine	239		C00099			435564		248	
beta-gentiobiose	441422		C08240			974676		204	
beta-glutamic acid	73064		C05574			525547		232	
beta-glycerolphosphate	2526		C02979			574470		243	
beta-sitosterol	222284		C01753			1128225		129	
butyrolactam	12025		.			277199		142	
catechol	289		C00090			376695		254	
cellobiose	6255		C01971			932179		204	
cerotinic acid	10469		.			1033286		145	
cholesterol	5997		C00187			1078536		129	
cholesterone	91477		C00599			1095940		456	
cholic acid	221493		C05463			1109517		253	
ciliatine	339		C03557			588335		398	
cis-gondoic acid	5282768		C16526			847372		367	
citramalic acid	1081		C00815			456203		247	
citric acid	311		C00158			617342		273	
citrulline	9750		C00327			621404		157	
conduritol-beta-epoxide	9989541		.			675635		318	
creatinine	588		C00791			502599		115	
cysteine	5862		C00097			500158		220	
cysteine-glycine	439498		C01419			715335		220	
cystine	595		C01420			804619		218	
cytidine			.			934269		223	
cytosin	597		C00380			486724		254	
dehydroabietic acid	94391		C12078			849349		239	
deoxycholic acid	222528		C04483			1106875		255	
D-erythro-sphingosine	5280335		C00319			859500		204	
dihydroxyacetone	670		C00184			332120		89	
docosahexaenoic acid	445580		C06429			902819		91	
elaidic acid	637517		C01712			784781		129	
epsilon-caprolactam	7768		C06593			353069		170	
erythritol	222285		C00503			471922		217	
erythrose	439574		C01796			443306		205	
ethanolamine	700		C00189			344719		174	
ethanol phosphate	74190		.			317291		211	
fructose	439709		C02336			639442		307	
fructose-1-phosphate	439394		C01094			803180		387	
fructose-6-phosphate	440641		C05345			804750		315	
fucose	439650		C02095			578299		160	
fumaric acid	444972		C00122			390775		245	
galactinol	11727586		C01235			1017580		204	
galactose-6-phosphate	439404		C01113			828102		387	
gluconic acid	6857417		C00800			693148		333	
glucose	64689		C00221			659798		319	
glucose-1-phosphate	65533		C00103			594647		217	
glucose-6-phosphate	5958		C00092			818275		387	
glutamic acid	33032		C00025			529100		246	
glutamine	5961		C00064			600315		156	
glutaric acid	743		C00489			421596		261	
glyceric acid	439194		C00258			377495		189	
glycerol	753		C00116			344466		205	
glycerol-3-galactoside	16048618		C05401			800205		204	
glycerol-alpha-phosphate	754		C03189			590747		357	
glycine	750		C00037			368707		248	
glycocyamine	763		C00581			511016		171	
glycolic acid	757		C00160			227636		177	
glycyl-proline	3013625		.			691662		174	
glycyl tyrosine	92829		.			922071		174	
guanine	764		C00242			744307		352	
guanosine	6802		C00387			957445		324	
heptadecanoic acid	10465		.			751309		117	
hippuric acid	464		C01586			637236		206	
histidine	6274		C00135			663102		154	
homoserine	12647		C00263			443878		218	
hydrocinnamic acid	107		C05629			434422		104	
hydroxycarbamate	16639161		.			325318		278	
hypoxanthine	790		C00262			619128		265	
ile-ile			.			677904		158	
indole-3-acetate	802		C00954			684929		202	
indole-3-lactate			.			764079		202	
indole-3-propionic acid	3744		.			732249		202	
indoxyl sulfate	10258		.			577333		277	
inosine	6021		C00294			897434		230	
inositol-4-monophosphate	440043		C03546			845976		315	
isocitric acid	5318532		C00451			617338		245	
isoheptadecanoic acid	164860		.			737927		117	
isoleucine	6306		C00407			359251		158	
isolinoleic acid	5312483		.			794629		156	
isopentadecanoic acid	151014		.			663518		117	
isoribose	10975657		.			558730		217	
isothreonic acid	151152		C00639			489385		292	
itaconic acid	811		C00490			386511		147	
kynurenine	25245862		C01718			769709		218	
lactamide	94220		.			265698		232	
lactic acid	612		C01432			217657		191	
lactitol	157355		C13542			959541		361	
lactobionic acid	7314		C04247			972139		204	
lactose	6134		C01970			936998		204	
lanosterol	246983		C01724			1129573		393	
lauric acid	3893		C02679			547906		117	
leucine	6106		C00123			345845		158	
lignoceric acid	11197		C08320			978597		132	
linoleic acid	5280450		C01595			777414		150	
lithocholic acid	9903		C03990			1104161		215	
lysine	5962		C00047			663483		317	
lyxitol	439255		C00532			573587		217	
lyxose	439240		C00476			541086		217	
maleimide	10935		C07272			245118		154	
malic acid	525		C00711			463180		233	
malonic acid	867		C00383			305372		233	
maltose	439186		C00208			946601		204	
maltotriose	439586		C01835			1176044		361	
mannose	18950		C00159			645856		205	
mannose-6-phosphate	65127		C00275			822643		387	
melibiose	440658		C05402			988497		361	
methanolphosphate	13130		.			289520		241	
methionine	6137		C00073			483560		176	
methionine sulfoxide	158980		C02989			637588		128	
methylmaleic acid	643798		C02226			418804		259	
Mevalonic acid			.			498785		247	
myo-inositol	892		C00137			730022		305	
myristic acid	11005		C06424			634414		285	
N-acetylaspartic acid	65065		C01042			548028		158	
N-acetyl-D-galactosamine	440552		C05021			720730		319	
N-acetylglycine	10972		.			356109		174	
N-acetylmannosamine	439281		C00645			735323		319	
N-acetylornithine	439232		C00437			682693		174	
N-carbamoylaspartate	93072		C00438			611345		257	
n-epsilon-trimethyllysine	440121		.			512366		118	
nicotinamide	936		C00153			471602		179	
nicotinic acid	938		C00253			366992		180	
nonadecanoic acid	12591		C16535			822782		117	
norvaline	65098		C01826			326715		144	
O-acetylserine	99478		C00979			414914		174	
octadecanol	8221		.			755409		327	
octadecylglycerol	3681		C13858			928878		205	
oleamide	5283387		C19670			849710		144	
oleic acid	445639		C00712			781527		339	
O-phosphoserine	57689797		C01005			624355		356	
ornithine	6262		C00077			527113		142	
orotic acid	967		C00295			586317		254	
oxalic acid	971		C00209			260513		190	
oxoproline	7405		C01879			485935		156	
palmitic acid	985		C00249			713809		313	
palmitoleic acid	445638		C08362			706508		311	
pantothenic acid	6613		C12276			690887		291	
parabanic acid	67126		C00802			464991		100	
pentadecanoic acid	13849		C16537			674647		117	
pentitol	827		D00061			563801		307	
phenaceturic acid	68144		C05598			654351		91	
phenylacetic acid	999		C07086			368081		164	
phenylalanine	6140		C00079			537804		192	
phenylethylamine	1001		C05332			510327		174	
phosphate	1004		C00009			348274		314	
phosphoenolpyruvate	58114173		C00074			518184		211	
phosphoethanolamine	1015		C00346			604335		299	
p-hydroxylphenyllactic acid	9378		C03672			654036		308	
phytanic acid	10380830		.			770604		159	
pimelic acid	385		C02656			523205		155	
pipecolinic acid	6931662		.			404121		156	
piperidone	12665		.			275603		156	
proline	145742		C00148			364716		142	
pseudo uridine	15047		C02067			813899		217	
p-tolyl glucuronide	154035		.			847531		180	
putrescine	1045		C00138			588119		174	
pyrophosphate	1023		C00013			327517		110	
pyrrole-2-carboxylic acid	12473		C05942			394886		240	
pyruvic acid	1060		C00022			211668		174	
quinolinic acid	1066		C03722			581638		296	
ribitol	827		C00474			575497		217	
ribonic acid	5460677		C01685			597646		292	
ribose	5779		C00121			553135		217	
ribose-5-phosphate	439167		C00117			731837		315	
ribulose-5-phosphate	439184		C00199			735908		357	
saccharic acid	33037		C00818			699211		333	
sarcosine	7311726		C00213			266344		116	
serine	5951		C00065			395020		204	
serotonin	5202		C00780			863824		174	
shikimic acid	8742		C00493			611100		204	
sophorose	441432		C08250			962064		307	
sorbitol	5780		C00794			667922		217	
spermidine	1102		C00315			792924		144	
squalene	638072		C00751			976237		95	
stearic acid	5281		C01530			787622		117	
succinate semialdehyde	1112		C00232			297024		113	
succinic acid	1110		C00042			370608		247	
sucrose	5988		C00089			915139		271	
tagatose	439312		C00795			631835		307	
taurine	1123		C00245			556690		326	
threitol	169019		C16884			467595		217	
threonic acid	5460407		C01620			497572		292	
threonine	6288		C00188			409568		218	
thymidine	5789		C00214			349402		170	
thymine	1135		C00178			420133		255	
tocopherol alpha-	638015		C00376			1066526		237	
trans-4-hydroxyproline	5810		C01157			484934		140	
trehalose	7427		C01083			948197		191	
tryptophan	6305		C00078			774603		130	
tryptophol			.			657957		202	
tyrosine	6057		C00082			671252		218	
tyrosol	10393		C06044			510842		179	
UDP GlcNAc	445675		C00043			627437		226	
undecanoic acid	8180		C17715			500757		117	
uracil	1174		C00106			385735		241	
urea	1176		C00086			328888		189	
uric acid	1175		C00366			731038		441	
uridine	6029		C00299			861508		217	
urocanic acid	736715		C00785			699866		267	
valine	6287		C00183			313502		144	
xanthine	1188		C00385			701688		353	
xanthosine	64959		C01762			926133		325	
xylitol	6912		C00379			567437		217	
xylose	135191		C00181			544100		103	
xylulose	439205		C00312			553450		173	
METABOLITES_END
#END