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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST002754","ANALYSIS_ID":"AN004470","VERSION":"1","CREATED_ON":"02-08-2024"},

"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"Developmental programming of Kupffer cells by maternal obesity causes fatty liver disease in the offspring","PROJECT_SUMMARY":"Kupffer cells (KCs) are tissue-resident macrophages which colonize the developing liver early during embryogenesis. Throughout development and adulthood, KCs have distinct core functions that are essential for liver and organismal homeostasis, such as supporting fetal erythropoiesis as well as postnatal erythrocyte recycling and liver metabolism. KCs acquire their tissue-specific transcriptional signature immediately after colonizing the liver, mature together with the tissue, and adapt to the tissue’s function. However, whether perturbation of macrophage core functions during development may contribute to or cause disease at postnatal stages is poorly understood. Here, we utilize a maternal obesity model to disturb KC functions during gestation. We show that offspring born to obese mothers develop fatty liver disease that is accompanied by a local pro-inflammatory response, a phenotype that is augmented if the offspring is kept on control diet after birth. Further, transcriptional analyses reveal that KCs undergo developmental programming through the maternal high-fat diet, which lasts until adulthood. The offspring’s KC developmental programming is irreversible despite the switch to control diet and leads to increased lipid uptake in hepatocytes mediated via paracrine factors stemming from KCs. The transcriptional programming of KCs and the fatty liver disease phenotype are rescued by genetic depletion of hypoxia-inducible factor alpha (Hif-1alpha) in macrophages during gestation. These results demonstrate that macrophages rely on an undisturbed development to fulfil their core functions and support organ homeostasis during adulthood, and establish developmental programming of KCs as a therapeutic strategy for metabolic disorders, such as fatty liver disease.","INSTITUTE":"University of Bonn","DEPARTMENT":"LIMES","LABORATORY":"Mass Lab","LAST_NAME":"Mass","FIRST_NAME":"Elvira","ADDRESS":"Carl-Troll-Str. 31, 53115 Bonn, Germany","EMAIL":"elvira.mass@uni-bonn.de","PHONE":"+49 0228 / 73 6 28 48","FUNDING_SOURCE":"DFG","PUBLICATIONS":"in preparation","DOI":"http://dx.doi.org/10.21228/M81D9R","CONTRIBUTORS":"Nora Balzer, Iva Splichalova, Hao Huang, Stephan Grein, Lea Seep"},

"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Metabolomics analysis of maternal obesity model","STUDY_SUMMARY":"100μl serum of 11-12 weeks old male mice with a background from various diet groups were processed in Metabolon (https://www.metabolon.com) for metabolics analysis.Diet groups are CDm CDl CD, CDm CDl HFD, CDmHFDl HFD, HFDm CDl CD, HFDm CDl HFD, HFDm HFDl CD and HFDm CDl CD. (m: maternal diet, l: lactation)","INSTITUTE":"University of Bonn","DEPARTMENT":"LIMES","LABORATORY":"Mass Lab","LAST_NAME":"Mass","FIRST_NAME":"Elvira","ADDRESS":"LIMES-Institute, Carl-Troll-Str. 31, 53115 Bonn, Germany","EMAIL":"elvira.mass@uni-bonn.de","PHONE":"+49 02 28 / 73 6 28 48","SUBMIT_DATE":"2023-06-14"},

"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"Mammal","SUBJECT_SPECIES":"Mus musculus","TAXONOMY_ID":"10090","GENOTYPE_STRAIN":"C57BL/6JRcc","AGE_OR_AGE_RANGE":"10-12 weeks","ANIMAL_HOUSING":"specific pathogen-free conditions","ANIMAL_LIGHT_CYCLE":"12-h light/dark cycle"},
"SUBJECT_SAMPLE_FACTORS":[
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"Subject ID":"FS28908039",
"Sample ID":"UHBO-00949",
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"Subject ID":"FS28908041",
"Sample ID":"UHBO-00950",
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"Additional sample data":{"GROUP_ID":"HFD_HFD_HFD","VOL_EXTRACTED":"90","diet_condition":"HFDmaternalHFDlactationHFDsolid food","maternal_diet":"obese mother","RNA_seq_available":"yes","colour_of_serum":"orange","day_of_experiment_DD_MM_YY":"30_07_18"}
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"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"Blood was withdrawn from the mouse and proceeded for serum extraction. The sera were stored at -80°C until shipped to Metabolon. Further preparation was done there.","SAMPLE_TYPE":"Blood (serum)"},

"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"Samples were taken from the developed Maternal Obesity model. This model was generated as described in the Material and Methods section. No additional treatment was done."},

"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Sera were taken and sent to Metabolon. Further sample preparation was done on Metabolon Site. In short, samples were prepared using the automated MicroLab STAR® system from Hamilton Company. Several recovery standards were added prior to the first step in the extraction process for QC purposes. To remove protein, dissociate small molecules bound to protein or trapped in the precipitated protein matrix, and to recover chemically diverse metabolites, proteins were precipitated with methanol under vigorous shaking for 2 min (Glen Mills GenoGrinder 2000) followed by centrifugation. The resulting extract was divided into five fractions: two for analysis by two separate reverse phase (RP)/UPLC-MS/MS methods with positive ion mode electrospray ionization (ESI), one for analysis by RP/UPLC-MS/MS with negative ion mode ESI, one for analysis by HILIC/UPLC-MS/MS with negative ion mode ESI, and one sample was reserved for backup. Samples were placed briefly on a TurboVap® (Zymark) to remove the organic solvent. The sample extracts were stored overnight under nitrogen before preparation for analysis."},

"CHROMATOGRAPHY":{"CHROMATOGRAPHY_SUMMARY":"High pH","INSTRUMENT_NAME":"Waters Acquity","COLUMN_NAME":"Waters ACQUITY UPLC CSH C18 (100 x 2.1mm,1.7um)","COLUMN_TEMPERATURE":"-","FLOW_GRADIENT":"-","FLOW_RATE":"-","SOLVENT_A":"-","SOLVENT_B":"-","CHROMATOGRAPHY_TYPE":"Reversed phase"},

"ANALYSIS":{"LABORATORY_NAME":"Metabolon","ANALYSIS_TYPE":"MS"},

"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"Thermo Q Exactive Orbitrap","INSTRUMENT_TYPE":"Orbitrap","MS_TYPE":"ESI","MS_COMMENTS":"Proprietary analytical software for integration and peak picking","ION_MODE":"NEGATIVE"},

"MS_METABOLITE_DATA":{
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