#METABOLOMICS WORKBENCH zqu_20240515_232456 DATATRACK_ID:4844 STUDY_ID:ST003211 ANALYSIS_ID:AN005266 PROJECT_ID:PR002002 VERSION 1 CREATED_ON 05-30-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Fetal growth delay caused by loss of non-canonical PR:PROJECT_TITLE imprinting is resolved late in pregnancy and culminates in offspring PR:PROJECT_TITLE overgrowth PR:PROJECT_TYPE Targeted metabolomics PR:PROJECT_SUMMARY Germline epigenetic programming, including genomic imprinting, substantially PR:PROJECT_SUMMARY influences offspring development. Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) plays an PR:PROJECT_SUMMARY important role in Histone 3 Lysine 27 trimethylation (H3K27me3)-dependent PR:PROJECT_SUMMARY imprinting, loss of which leads to growth and developmental changes in mouse PR:PROJECT_SUMMARY offspring. In this study, we show that offspring from mouse oocytes lacking the PR:PROJECT_SUMMARY PRC2 protein Embryonic Ectoderm Development (EED) were initially developmentally PR:PROJECT_SUMMARY delayed, characterised by low blastocyst cell counts and substantial growth PR:PROJECT_SUMMARY delay in mid-gestation embryos. This initial developmental delay was resolved as PR:PROJECT_SUMMARY offspring underwent accelerated fetal development and growth in late gestation PR:PROJECT_SUMMARY resulting in offspring that were similar stage and weight to controls at birth. PR:PROJECT_SUMMARY The accelerated development and growth in offspring from Eed-null oocytes was PR:PROJECT_SUMMARY associated with remodelling of the placenta, which involved an increase in fetal PR:PROJECT_SUMMARY and maternal tissue size, conspicuous expansion of the glycogen enriched cell PR:PROJECT_SUMMARY population and delayed parturition. Despite placental remodelling and PR:PROJECT_SUMMARY accelerated offspring fetal growth and development, placental efficiency and PR:PROJECT_SUMMARY fetal blood glucose levels were low, and the fetal blood metabolome was PR:PROJECT_SUMMARY unchanged. Moreover, while expression of the H3K27me3-imprinted gene and amino PR:PROJECT_SUMMARY acid transporter Slc38a4 was increased, fetal blood levels of individual amino PR:PROJECT_SUMMARY acids were similar to controls, indicating that placental amino acid transport PR:PROJECT_SUMMARY was not enhanced. Genome-wide analyses identified extensive transcriptional PR:PROJECT_SUMMARY dysregulation and DNA methylation changes in affected placentas, including a PR:PROJECT_SUMMARY range of imprinted and non-imprinted genes. Together, while deletion of Eed in PR:PROJECT_SUMMARY growing oocytes resulted in fetal growth and developmental delay and placental PR:PROJECT_SUMMARY hyperplasia, our data indicate a remarkable capacity for offspring fetal growth PR:PROJECT_SUMMARY to be normalised despite inefficient placental function and the loss of PR:PROJECT_SUMMARY H3K27me3-dependent genomic imprinting. PR:INSTITUTE Hudson Institute of Medical Research PR:DEPARTMENT Centre for Reproductive Health PR:LAST_NAME Western PR:FIRST_NAME Patrick PR:ADDRESS 27–31 Wright Street Clayton VIC 3168 PR:EMAIL patrick.western@hudson.org.au PR:PHONE +61 3 8572 2700 PR:PUBLICATIONS Ruby Oberin, Sigrid Petautschnig, Ellen G Jarred, Zhipeng Qu, Tesha Tsai, Neil A PR:PUBLICATIONS Youngson, Gabrielle Pulsoni, Thi T Truong, Dilini Fernando, Heidi Bildsoe, PR:PUBLICATIONS Rheannon O Blücher, Maarten van den Buuse, David K Gardner, Natalie A Sims, PR:PUBLICATIONS David L Adelson, Patrick S Western (2024) Fetal growth delay caused by loss of PR:PUBLICATIONS non-canonical imprinting is resolved late in pregnancy and culminates in PR:PUBLICATIONS offspring overgrowth eLife 13:e81875; https://doi.org/10.7554/eLife.81875 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8TR5T #STUDY ST:STUDY_TITLE Fetal growth delay caused by loss of non-canonical ST:STUDY_TITLE imprinting is resolved late in pregnancy and culminates in offspring ST:STUDY_TITLE overgrowth ST:STUDY_SUMMARY Germline epigenetic programming, including genomic imprinting, substantially ST:STUDY_SUMMARY influences offspring development. Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) plays an ST:STUDY_SUMMARY important role in Histone 3 Lysine 27 trimethylation (H3K27me3)-dependent ST:STUDY_SUMMARY imprinting, loss of which leads to growth and developmental changes in mouse ST:STUDY_SUMMARY offspring. In this study, we show that offspring from mouse oocytes lacking the ST:STUDY_SUMMARY PRC2 protein Embryonic Ectoderm Development (EED) were initially developmentally ST:STUDY_SUMMARY delayed, characterised by low blastocyst cell counts and substantial growth ST:STUDY_SUMMARY delay in mid-gestation embryos. This initial developmental delay was resolved as ST:STUDY_SUMMARY offspring underwent accelerated fetal development and growth in late gestation ST:STUDY_SUMMARY resulting in offspring that were similar stage and weight to controls at birth. ST:STUDY_SUMMARY The accelerated development and growth in offspring from Eed-null oocytes was ST:STUDY_SUMMARY associated with remodelling of the placenta, which involved an increase in fetal ST:STUDY_SUMMARY and maternal tissue size, conspicuous expansion of the glycogen enriched cell ST:STUDY_SUMMARY population and delayed parturition. Despite placental remodelling and ST:STUDY_SUMMARY accelerated offspring fetal growth and development, placental efficiency and ST:STUDY_SUMMARY fetal blood glucose levels were low, and the fetal blood metabolome was ST:STUDY_SUMMARY unchanged. Moreover, while expression of the H3K27me3-imprinted gene and amino ST:STUDY_SUMMARY acid transporter Slc38a4 was increased, fetal blood levels of individual amino ST:STUDY_SUMMARY acids were similar to controls, indicating that placental amino acid transport ST:STUDY_SUMMARY was not enhanced. Genome-wide analyses identified extensive transcriptional ST:STUDY_SUMMARY dysregulation and DNA methylation changes in affected placentas, including a ST:STUDY_SUMMARY range of imprinted and non-imprinted genes. Together, while deletion of Eed in ST:STUDY_SUMMARY growing oocytes resulted in fetal growth and developmental delay and placental ST:STUDY_SUMMARY hyperplasia, our data indicate a remarkable capacity for offspring fetal growth ST:STUDY_SUMMARY to be normalised despite inefficient placental function and the loss of ST:STUDY_SUMMARY H3K27me3-dependent genomic imprinting. ST:INSTITUTE Hudson Institute of Medical Research ST:DEPARTMENT Centre for Reproductive Health ST:LAST_NAME Western ST:FIRST_NAME Patrick ST:ADDRESS 27–31 Wright Street Clayton VIC 3168 ST:EMAIL patrick.western@hudson.org.au ST:PHONE +61 3 8572 2700 ST:SUBMIT_DATE 2024-05-15 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 2645 Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Group=Mothers; RAW_FILE_NAME=EJ_040.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 2665 Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Group=Mothers; RAW_FILE_NAME=EJ_037.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 2703 Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Group=Mothers; RAW_FILE_NAME=EJ_039.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 2714 Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Group=Mothers; RAW_FILE_NAME=EJ_038.mzXML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 2730 Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Group=Mothers; 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Cardiac blood and CO:COLLECTION_SUMMARY serum samples were also collected from the mothers of each litter using the same CO:COLLECTION_SUMMARY approach. CO:SAMPLE_TYPE fetus blood or cardiac blood #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY N/A #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY A monophasic extraction protocol was used to extract the metabolites from the SP:SAMPLEPREP_SUMMARY serum. To 20 µL of serum, 140 µL of chilled 6:1 MeOH/Milli-Q water containing SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 0.8 nmol of 13C515N valine and 0.8 nmol of 13C6 sorbitol was added. Each sample SP:SAMPLEPREP_SUMMARY was vortexed and then incubated at 4°C for 10 min with continuous agitation SP:SAMPLEPREP_SUMMARY (950 rpm) using an Eppendorf Thermomixer C. The samples were centrifuged at 4°C SP:SAMPLEPREP_SUMMARY for 10 min at 12700 rpm using an Eppendorf centrifuge 5430 R. The supernatant SP:SAMPLEPREP_SUMMARY was transferred into a fresh 1.5 mL Eppendorf tube and the cell debris was SP:SAMPLEPREP_SUMMARY discarded. A 16 µL aliquot of each sample was pooled to create the pooled SP:SAMPLEPREP_SUMMARY biological quality control (PBQC). Sixteen µL of each study sample and the PBQC SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were transferred into HPLC inserts and evaporated at 30 °C to complete dryness, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY using a CHRIST RVC 2-33 CD plus speed vacuum. To limit the amount of moisture SP:SAMPLEPREP_SUMMARY present in the insert, 20 µL 100% methanol (LCMS grade) was added to each SP:SAMPLEPREP_SUMMARY insert and evaporated using a speed vacuum. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY The GC-MS system used comprised of an AOC6000 autosampler, a 2030 Shimadzu gas CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY chromatograph and a TQ8050NX triple quadrupole mass spectrometer (Shimadzu, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Japan)with an electron ionisation source(-70eV). The mass spectrometer was tuned CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY according to the manufacturer’s recommendations using CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY tris-(perfluorobutyl)-amine (CF43). GC-MS was performed on a 30m Agilent DB-5 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY column with 0.25mm internal diameter column and 1µm film thickness. The CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY injection temperature (inlet) was set at 280°C, the MS transfer line at 280°C CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY and the ion source adjusted to 200°C. Helium was used as the carrier gas at a CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY flow rate of 1 mL/min and argon gas was used in the collision cell to generate CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY the MRM product ion. The analysis of the derivatised samples was performed under CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY the following oven temperature program; 100°C start temperature, hold for 4 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY minutes, followed by a 10°C/min oven temperature ramp to 320°C with a CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY following final hold for 11 minutes. CH:INSTRUMENT_NAME Shimadzu GC-2030 CH:COLUMN_NAME Agilent DB5-MS (30m x 0.25mm, 0.25um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 100 - 320 CH:FLOW_GRADIENT N/A CH:FLOW_RATE 1 mL/min CH:SOLVENT_A N/A CH:SOLVENT_B N/A CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE GC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Shimadzu TQ8050NX MS:INSTRUMENT_TYPE Triple quadrupole MS:MS_TYPE EI MS:MS_COMMENTS The GC-MS system used comprised of an AOC6000 autosampler, a 2030 Shimadzu gas MS:MS_COMMENTS chromatograph and a TQ8050NX triple quadrupole mass spectrometer (Shimadzu, MS:MS_COMMENTS Japan)with an electron ionisation source(-70eV). The mass spectrometer was tuned MS:MS_COMMENTS according to the manufacturer’s recommendations using MS:MS_COMMENTS tris-(perfluorobutyl)-amine (CF43). GC-MS was performed on a 30m Agilent DB-5 MS:MS_COMMENTS column with 0.25mm internal diameter column and 1µm film thickness. The MS:MS_COMMENTS injection temperature (inlet) was set at 280°C, the MS transfer line at 280°C MS:MS_COMMENTS and the ion source adjusted to 200°C. Helium was used as the carrier gas at a MS:MS_COMMENTS flow rate of 1 mL/min and argon gas was used in the collision cell to generate MS:MS_COMMENTS the MRM product ion. The analysis of the derivatised samples was performed under MS:MS_COMMENTS the following oven temperature program; 100°C start temperature, hold for 4 MS:MS_COMMENTS minutes, followed by a 10°C/min oven temperature ramp to 320°C with a MS:MS_COMMENTS following final hold for 11 minutes. MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Relative abundance MS_METABOLITE_DATA_START Samples 2645 2665 2703 2714 2730 2757 2785 2789 2795 2716 2721 2729 2740 2748 2763 2775 2684 2717 2732 2738 2760 2665-6 2665-9 2703-1 2703-6 2703-7 2714-3 2714-4 2721-3 2730-6 2757-11 2757-7 2757-8 2785-5 2785-9 2789-1 2789-6 2795-1 2795-2 2795-3 2795-7 2716-1 2721-2 2721-4 2729-1 2729-3 2729-4 2729-5 2729-6 2740-1 2740-2 2740-3 2748-1 2748-2 2763-1 2775-1 2775-2 2775-3 2775-4 2775-5 2684-1 2684-2 2684-3 2684-4 2684-5 2684-7 2684-8 2684-9 2730-2 2732-3 2732-5 2732-6 2732-7 2732-9 2738-1 2738-3 2738-5 2738-6 2738-7 2760-1 2760-2 2760-3 2760-4 2760-5 2760-6 Factors Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Sample source:cardiac blood | Genotype:HET Sample 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Fucose Fumaric acid Gamma-Aminobutyric acid Glucaric acid Gluconic acid Glucose Glucose 6-phosphate Glucuronic acid Glutamic acid Glutamine Glutaric acid Glutathione Glyceric acid Glycerol Glycerol 3-phosphate Glycine Glycolic acid Glycyl-glycine Glyoxylic acid Guanine Heptadecanoic acid Homoserine Hydroxylamine Hypotaurine Hypoxanthine Isocitric acid Isoleucine Lactic acid Leucine Linoleic acid Lysine Maleic acid Malic acid Malonic acid Mannitol Methionine Methylmalonic acid MG(18:0e/0:0/0:0) myo-Inositol Myristic acid N-Acetylglutamine N-Acetyl-L-alanine N-Acetyl-L-aspartic acid N-Acetyl-L-glutamic acid N-Acetylserine N-Formyl-L-Methionine Niacinamide Nicotinic acid Norepinephrine Octadecanol Oleic acid O-Phosphoethanolamine Ornithine Oxalic acid Oxoglutaric acid Palmitic acid Palmitoleic acid Pantothenic acid Pelargonic acid Phenylalanine Phenyllactic acid Phosphoenolpyruvic acid Phosphoric acid Pipecolic acid Proline Putrescine Pyroglutamic acid Pyruvic acid Ribitol Ribose (S)-3-Hydroxyisobutyric acid Sedoheptulose Sedoheptulose 7-phosphate Serine Serotonin Sorbitol Sorbose Stearic acid Stigmasterol Succinic acid Sucrose Tagatose Taurine Threitol Threonic acid Threonine Thymidine Thymine Trehalose Triethanolamine Tryptamine Tryptophan Tyramine Tyrosine Uracil Urea Ureidopropionic acid Uridine Valine Xanthine Xylitol Xylose Xylulose METABOLITES_END #END