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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST003429","ANALYSIS_ID":"AN005631","VERSION":"1","CREATED_ON":"08-26-2024"},
"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"The shutdown of NADH oxidation via Respiratory Complex I mimics fatty acid biosynthesis inhibition","PROJECT_TYPE":"LC-MS Quantitative Analysis","PROJECT_SUMMARY":"Proliferating cancer cells actively utilize anabolic processes for biomass production, including de novo biosynthesis of amino acids, nucleotides, and fatty acids. The key enzyme of the fatty acid biosynthesis pathway, fatty acid synthase (FASN), is widely recognized as a promising therapeutic target in cancer and other health conditions. Here, we establish a metabolic signature of FASN inhibition using a panel of pharmacological inhibitors (GSK2194069, TVB-2640, TVB-3166, C75, cerulenin, and Fasnall). We find that the activity of some commonly used FASN inhibitors is inconsistent with the metabolic signature of FASN inhibition (accumulation of malonate, succinate, malonyl coenzyme A, succinyl coenzyme A, and other metabolic perturbations). Moreover, we show that one of these putative FASN inhibitors, Fasnall, is a respiratory Complex I inhibitor that mimics FASN inhibition through NADH accumulation and consequent depletion of the tricarboxylic acid cycle metabolites. We demonstrate that Fasnall impairs tumor growth in several oxidative phosphorylation-dependent cancer models, including combination therapy-resistant melanoma patient-derived xenografts. Fasnall administration does not reproduce neurological side effects in mice reported for other Complex I inhibitors. Our results have significant implications for understanding the FASN role in human health and disease and provide evidence of therapeutic potential for Complex I inhibitors with fast systemic clearance. Our findings also highlight the continuing need for validation of small molecule inhibitors to distinguish high-quality chemical probes and to expand the understanding of their application.","INSTITUTE":"Wistar Institute","DEPARTMENT":"Molecular and Cellular Oncogenesis Program, Ellen and Ronald Caplan Cancer Center","LABORATORY":"Schug's Lab","LAST_NAME":"Mukha","FIRST_NAME":"Dzmitry","ADDRESS":"3601 Spruce St., Philadelphia, Pennsylvania 19104, USA","EMAIL":"dmukha@wistar.org","PHONE":"+12154956903","FUNDING_SOURCE":"This work was supported by grants from the National Institutes of Health (NIH) National Cancer Institute (NCI) DP2 CA249950-01 (Z.T.S.), NIH NCI P01 CA114046 (Z.T.S.), Melanoma Research Foundation 717173 (Z.T.S.), and Susan G. Komen CCR19608782 (Z.T.S.).","PUBLICATIONS":"Submission Pending","DOI":"http://dx.doi.org/10.21228/M8TM76","CONTRIBUTORS":"Dzmitry Mukha, Jena Dessain, Seamus OâConnor, Katherine Pniewski, Fabrizio Bertolazzi, Jeet Patel, Mary Mullins, Zachary T. Schug"},
"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Intracellular and medium metabolomics of BT-474 cells treated with Fasnall that was manufactured by Enamine","STUDY_SUMMARY":"BT-474 human breast cancer cells were treated with various concentrations of Fasnall for 24 h. The drug was manufactured by Enamine (1-benzyl-N-{5,6-dimethylthieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl}pyrrolidin-3-amine, EN300-14327544).","INSTITUTE":"Wistar Institute","DEPARTMENT":"Molecular and Cellular Oncogenesis Program, Ellen and Ronald Caplan Cancer Center","LABORATORY":"Schug's Lab","LAST_NAME":"Mukha","FIRST_NAME":"Dzmitry","ADDRESS":"3601 Spruce St, Philadelphia, PA 19104, USA","EMAIL":"dmukha@wistar.org","PHONE":"+12154956903","SUBMIT_DATE":"2024-08-21"},
"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"Cultured cells","SUBJECT_SPECIES":"Homo sapiens","TAXONOMY_ID":"9606","AGE_OR_AGE_RANGE":"60","GENDER":"Female","CELL_STRAIN_DETAILS":"BT-474, breast cancer cell line"},
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"Sample ID":"48 DMEM/F12 no adds",
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"Additional sample data":{"RAW_FILE_NAME(Raw File Name)":"20230303 Dima BT-474 Fasnall.wiff","RAW_FILE_NAME(Raw File Name 1)":"20230303 Dima BT-474 Fasnall-DMEM_F12 no adds (2).mzML"}
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"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"For intracellular metabolite samples, the medium was aspirated, and cells were washed with PBS volume matching the volume of the medium. Metabolites were extracted with ice-cold 80% methanol. The volume of the solvent was 500 µl per 6-cm Petri dish (scaled according to the ratio of surface areas for other cell containers). After adding the methanol solution, cells were scraped from the plates, and all the content was transferred to Eppendorf tubes.","COLLECTION_PROTOCOL_FILENAME":"DM_metabolomics_samples.txt","SAMPLE_TYPE":"Breast cancer cells","COLLECTION_METHOD":"80% methanol extraction","STORAGE_CONDITIONS":"-80â","COLLECTION_VIALS":"1.5 ml plastic centrifuge tubes","STORAGE_VIALS":"1.5 ml plastic centrifuge tubes"},
"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"Cells were grown in RPMI-1640 supplemented with 10% dialyzed FBS and treated with various concentrations of rotenone for 24 h.","TREATMENT_COMPOUND":"Fasnall (1-benzyl-N-{5,6-dimethylthieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl}pyrrolidin-3-amine, Enamine EN300-14327544)","TREATMENT_VEHICLE":"DMSO","CELL_GROWTH_CONTAINER":"6-cm Petri dishes","CELL_MEDIA":"RPMI-1640","CELL_ENVIR_COND":"37C, 5% CO2","CELL_PCT_CONFLUENCE":"~70%","CELL_MEDIA_LASTCHANGED":"24 h before collection"},
"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Intracellular metabolites were extracted with ice-cold 80% methanol, and medium samples were extracted with 100% methanol. The samples were centrifuged at 18,000 g 4C for 20 min. After transferring the supernatant to new tubes, centrifugation was repeated with the same parameters.","SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME":"DM_metabolomics_samples.txt","PROCESSING_STORAGE_CONDITIONS":"4â","EXTRACTION_METHOD":"80% methanol","EXTRACT_ENRICHMENT":"None","EXTRACT_CLEANUP":"None","EXTRACT_STORAGE":"-80â","SAMPLE_RESUSPENSION":"None","SAMPLE_DERIVATIZATION":"None","SAMPLE_SPIKING":"None","SUBCELLULAR_LOCATION":"Intracellular metabolites and medium metabolites"},
"CHROMATOGRAPHY":{"INSTRUMENT_NAME":"Shimadzu 20AD","COLUMN_NAME":"Merck SeQuant ZIC-HILIC (150 x 2.1mm,5um)","COLUMN_PRESSURE":"900-3000 psi","COLUMN_TEMPERATURE":"40","FLOW_GRADIENT":"0-12.5 min, 80-30% B; 12.5-15 min, 30% B; 15-15.2 min, 30-80% B; 15.2-22.5 min, 80% B","FLOW_RATE":"0-20 min, 0.2 ml/min; 20-21 min 0.2-0.3 ml/min; 21-22 min, 0.3 ml/min; 22-22.1 min, 0.2 ml/min; 22.1-22.5 min, 0.2 ml/min","INJECTION_TEMPERATURE":"4","SAMPLE_INJECTION":"1-5 ul","SOLVENT_A":"100% Water; 0.01% ammonium hydroxide; 20 mM ammonium bicarbonate","SOLVENT_B":"100% Acetonitrile","CHROMATOGRAPHY_TYPE":"HILIC"},
"ANALYSIS":{"LABORATORY_NAME":"Schug's Lab","ANALYSIS_TYPE":"MS","ACQUISITION_DATE":"03/03/2023","SOFTWARE_VERSION":"SCIEX Analyst 1.7.3","OPERATOR_NAME":"Dzmitry Mukha, Ph.D.","DETECTOR_TYPE":"High Energy Dynode (HED) and High-Capacity CEM (Continuous Electron Multiplier)","DATA_FORMAT":".WIFF"},
"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"ABI Sciex 5500 QTrap","INSTRUMENT_TYPE":"QTRAP","MS_TYPE":"ESI","MS_COMMENTS":"Data were analyzed with SCIEX Multiquant 3.0.3.","ION_MODE":"NEGATIVE","CAPILLARY_TEMPERATURE":"500 °C","CAPILLARY_VOLTAGE":"-4500","DRY_GAS_FLOW":"70","DRY_GAS_TEMP":"500 °C","ION_SOURCE_TEMPERATURE":"500 °C","ION_SPRAY_VOLTAGE":"-4500","MASS_ACCURACY":"UNIT","SOURCE_TEMPERATURE":"500 °C","SPRAY_VOLTAGE":"-4500","DESOLVATION_GAS_FLOW":"70","DESOLVATION_TEMPERATURE":"500 °C"},
"MS_METABOLITE_DATA":{
"Units":"Counts per second (cps)",
"Data":[{"Metabolite":"aCD 101","04 BT-474 Fasnall 0.1 uM cells":"","11 BT-474 Fasnall 0.1 uM cells":"","18 BT-474 Fasnall 0.1 uM cells":"","07 BT-474 Fasnall 10 uM cells":"164.2056","14 BT-474 Fasnall 10 uM cells":"","21 BT-474 Fasnall 10 uM cells":"","05 BT-474 Fasnall 1 uM cells":"","12 BT-474 Fasnall 1 uM cells":"","19 BT-474 Fasnall 1 uM cells":"","08 BT-474 Fasnall 20 uM cells":"","15 BT-474 Fasnall 20 uM cells":"","22 BT-474 Fasnall 20 uM cells":"","09 BT-474 Fasnall 40 uM cells":"162.1410","16 BT-474 Fasnall 40 uM cells":"","23 BT-474 Fasnall 40 uM cells":"","06 BT-474 Fasnall 5 uM cells":"","13 BT-474 Fasnall 5 uM cells":"","20 BT-474 Fasnall 5 uM cells":"175.2224","03 BT-474 Fasnall 0 uM cells":"","10 BT-474 Fasnall 0 uM cells":"","17 BT-474 Fasnall 0 uM cells":"","25 BT-474 Fasnall 0.1 uM med":"","33 BT-474 Fasnall 0.1 uM med":"","41 BT-474 Fasnall 0.1 uM med":"","29 BT-474 Fasnall 10 uM med":"","37 BT-474 Fasnall 10 uM med":"","45 BT-474 Fasnall 10 uM med":"","26 BT-474 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medium":"338.3409","36 Bottle medium":"635.9895","44 Bottle medium":"444.3415","02 DMEM/F12 no adds":"650.1575","48 DMEM/F12 no adds":"312.6880"},{"Metabolite":"Oxaloacetic 87","04 BT-474 Fasnall 0.1 uM cells":"240734.4099","11 BT-474 Fasnall 0.1 uM cells":"151145.4998","18 BT-474 Fasnall 0.1 uM cells":"247177.9998","07 BT-474 Fasnall 10 uM cells":"7793.6767","14 BT-474 Fasnall 10 uM cells":"3766.4763","21 BT-474 Fasnall 10 uM cells":"9128.7969","05 BT-474 Fasnall 1 uM cells":"124971.1991","12 BT-474 Fasnall 1 uM cells":"99250.8886","19 BT-474 Fasnall 1 uM cells":"132502.5419","08 BT-474 Fasnall 20 uM cells":"946.9810","15 BT-474 Fasnall 20 uM cells":"2593.4666","22 BT-474 Fasnall 20 uM cells":"3367.5449","09 BT-474 Fasnall 40 uM cells":"9284.9823","16 BT-474 Fasnall 40 uM cells":"896.3447","23 BT-474 Fasnall 40 uM cells":"4496.0236","06 BT-474 Fasnall 5 uM cells":"25513.3756","13 BT-474 Fasnall 5 uM cells":"17986.1609","20 BT-474 Fasnall 5 uM cells":"40919.4618","03 BT-474 Fasnall 0 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