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"METABOLOMICS WORKBENCH":{"STUDY_ID":"ST002134","ANALYSIS_ID":"AN003492","VERSION":"1","CREATED_ON":"April 13, 2022, 1:11 pm"},

"PROJECT":{"PROJECT_TITLE":"Influence of prenatal exposures to metals, BPA, and phthalates on mother and child metabolite and lipid profiles","PROJECT_SUMMARY":"The goal of the project is to examine relationships between prenatal exposures (to metals, BPA, and phthalates) and metabolite and lipid profiles using untargeted approaches in mother-infant pairs from the Michigan Mother Infant Pairs (MMIP) cohort. We are interested in differences/correlations between family samples over time, and the extent to which maternal exposures impact the lipidomes and metabolomes of both family members. Three plasma samples were analyzed from each family: two maternal samples (from first trimester and time of admission for labor and delivery) and one child sample (from cord blood). Placentas were also collected. Mothers provided detailed demographic information and clinical phenotypes were obtained, including mid-gestation fetal ultrasound.","INSTITUTE":"University of Michigan","DEPARTMENT":"Biomedical Research Core Facilities","LABORATORY":"Metabolomics core","LAST_NAME":"Kachman","FIRST_NAME":"Maureen","ADDRESS":"2900 Huron Parkway, Ann Arbor, MI, 48105, USA","EMAIL":"mkachman@med.umich.edu","PHONE":"734-232-0842"},

"STUDY":{"STUDY_TITLE":"Alignment and Analysis of a Disparately Acquired Multi-Batch Metabolomics Study of Maternal Pregnancy Samples (Part 1).","STUDY_SUMMARY":"This is an untargeted RPLC-MS metabolomics study of mother-infant pairs from the State of Michigan. Maternal plasma was collected in the first and third trimesters of gestation, as well as umbilical cord blood, with the aim of studying metabolic changes throughout pregnancy and influences on the infant's metabolome. The data is split into two experiment subsets, assayed with different H2O-methanol gradients and mass spectrometers 2-3 years apart, inducing major chromatographic and signal measurement shifts. Analysis steps consisted of disparate LC-MS alignment and data normalization, followed by differential timepoint comparisons and partial correlation network construction.","INSTITUTE":"University of Michigan","DEPARTMENT":"Computational Medicine and Bioinformatics","LAST_NAME":"Habra","FIRST_NAME":"Hani","ADDRESS":"100 Washtenaw Ave., Palmer Commons Bldg. Ann Arbor, MI 48109-2218","EMAIL":"hhani@umich.edu","PHONE":"734-615-9314"},

"SUBJECT":{"SUBJECT_TYPE":"Human","SUBJECT_SPECIES":"Homo sapiens","TAXONOMY_ID":"9606"},
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"COLLECTION":{"COLLECTION_SUMMARY":"Standard blood plasma collection protocol","SAMPLE_TYPE":"Blood (plasma)"},

"TREATMENT":{"TREATMENT_SUMMARY":"This is observational study"},

"SAMPLEPREP":{"SAMPLEPREP_SUMMARY":"Standard MRC2 untargeted metabolomics and lipidomics sample preparation protocols","SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME":"araskind_20210615_101412_PR_SP_A004_Shotgun_Lipidomics.PDF; araskind_20210611_105341_PR_SP_Untargeted_metabolomics_analysis.DOC"},

"CHROMATOGRAPHY":{"CHROMATOGRAPHY_SUMMARY":"Lipidomics reverse phase LCMS, positivemode","CHROMATOGRAPHY_TYPE":"Reversed phase","INSTRUMENT_NAME":"Shimadzu Prominence UFLC","COLUMN_NAME":"Waters Acquity BEH HSS T3 (100 x 2.1mm, 1.8um)"},

"ANALYSIS":{"ANALYSIS_TYPE":"MS"},

"MS":{"INSTRUMENT_NAME":"ABI Sciex 5600+ TripleTOF","INSTRUMENT_TYPE":"Triple TOF","MS_TYPE":"ESI","ION_MODE":"POSITIVE","MS_COMMENTS":"Acquisition method LIP_15min_MSMS_Jenny_new_20min_Positive.dam, Processing in Sciex proprietary software followed by in-house scripts"},

"MS_METABOLITE_DATA":{
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