#METABOLOMICS WORKBENCH STUDY_ID:ST000054 ANALYSIS_ID:AN000092 PROJECT_ID:PR000051
VERSION             	1
CREATED_ON          	2016-09-17
#PROJECT
PR:PROJECT_TITLE                 	Metabolic Microenvironments in Normal Breast and Breast Cancer
PR:PROJECT_TYPE                  	Broad Spectrum
PR:PROJECT_SUMMARY               	Breast cancers evolve and acquire adaptive changes while in active
PR:PROJECT_SUMMARY               	with the surrounding host normal tissue. It is important to understand the
PR:PROJECT_SUMMARY               	and metabolomic changes in breast microenvironment at various stages of cancer
PR:PROJECT_SUMMARY               	and progression (i.e., normal breast, DCIS, benign disease and invasive
PR:PROJECT_SUMMARY               	Since intrinsic breast cancer subtypes are very distinct from each other in
PR:PROJECT_SUMMARY               	of clinical features as well as the genomic profiling, these subtypes may also
PR:PROJECT_SUMMARY               	distinct metabolic microenvironment signatures.
PR:INSTITUTE                     	University of North Carolina at Chapel Hill
PR:DEPARTMENT                    	Epidemiology
PR:LABORATORY                    	Troester Laboratory
PR:LAST_NAME                     	Troester
PR:FIRST_NAME                    	Melissa
PR:ADDRESS                       	University of North Carolina at Chapel Hill Chapel Hill, NC 27599
PR:EMAIL                         	troester@unc.edu
PR:PHONE                         	919-966-7408
#STUDY
ST:STUDY_TITLE                   	Metabolic Microenvironments in Normal Breast and Breast Cancer (MS analysis)
ST:STUDY_TYPE                    	Metabolomic analysis of normal breast tissue
ST:STUDY_SUMMARY                 	The purpose of this study was to understand the metabolomic changes in a breast
ST:STUDY_SUMMARY                 	microenvironment at various stages of cancer development and progression (i.e.
ST:STUDY_SUMMARY                 	breast, DCIS, and invasive cancer). The goal of this metabolomics pilot and
ST:STUDY_SUMMARY                 	study was to apply a broad spectrum GC-MS metabolomics method to determine
ST:STUDY_SUMMARY                 	changes in normal tissue of women with cancer correlate with progression and or
ST:STUDY_SUMMARY                 	subtype of the disease.
ST:INSTITUTE                     	RTI International
ST:DEPARTMENT                    	Systems and Translational Sciences
ST:LABORATORY                    	NIH Eastern Regional Comprehensive Metabolomics Resource Core (RTI RCMRC)
ST:LAST_NAME                     	Sumner
ST:FIRST_NAME                    	Susan
ST:ADDRESS                       	3040 E. Cornwallis Road, Research Triangle Park, NC 27709, USA
ST:EMAIL                         	ssumner@rti.org
ST:PHONE                         	919-541-7479
ST:NUM_GROUPS                    	8
ST:TOTAL_SUBJECTS                	192
ST:STUDY_COMMENTS                	sample preparation and analysis randomized with data collection over multiple
#SUBJECT
SU:SUBJECT_TYPE                  	Human
SU:SUBJECT_SPECIES               	Homo sapiens
SU:TAXONOMY_ID                   	9606
SU:GENDER                        	female
SU:SPECIES_GROUP                 	Human
#SUBJECT_SAMPLE_FACTORS:         	SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_74	1402110jcsa09_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_12	1402110jcsa11_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_114	1402110jcsa15_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_49	1402110jcsa38_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_44	140214ajcsa09_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_78	140214ajcsa18_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_86	140214ajcsa19_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_103	140214ajcsa26_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_18	140214ajcsa29_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_61	140214ajcsa30_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_117	140217ajcsa32_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_113	140219ajcsa07_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_42	140219ajcsa09_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_75	140219ajcsa11_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_58	140219ajcsa33_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_62	140219ajcsa35_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_118	140219ajcsa39_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_103	140219ajcsa52_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTReduc_18	140219ajcsa53_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:no	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPReduc_1	1402110jcsa31_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPReduc_2	140214ajcsa25_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPReduc_3	140217ajcsa31_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPReduc_4	140219ajcsa15_1	treatment:Reduction  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-4	1402110jcsa06_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-5	1402110jcsa13_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-6	1402110jcsa20_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-1	1402110jcsa27_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-7	1402110jcsa34_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-8	1402110jcsa41_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-9	1402110jcsa48_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-10	140214ajcsa06_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-11	140214ajcsa13_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-12	140214ajcsa20_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-2	140214ajcsa27_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-13	140214ajcsa34_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-14	140214ajcsa41_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-15	140214ajcsa48_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-16	140217ajcsa06_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-17	140217ajcsa13_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-18	140217ajcsa20_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-3	140217ajcsa27_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-19	140217ajcsa34_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-20	140217ajcsa41_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-21	140217ajcsa48_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-22	140219ajcsa06_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-23	140219ajcsa13_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-24	140219ajcsa20_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-25	140219ajcsa27_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-26	140219ajcsa34_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-27	140219ajcsa41_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_1-28	140219ajcsa46_1	treatment:Total Pool1  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-1	1402110jcsa02_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-1	1402110jcsa03_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-1	1402110jcsa04_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-1	1402110jcsa05_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-2	140214ajcsa02_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-2	140214ajcsa03_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-2	140214ajcsa04_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-2	140214ajcsa05_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-3	140217ajcsa02_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-3	140217ajcsa03_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-3	140217ajcsa04_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-3	140217ajcsa05_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-4	140219ajcsa02_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-4	140219ajcsa03_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-4	140219ajcsa04_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BTPALL_2-4	140219ajcsa05_1	treatment:Total Pool2  | pool aliquot:yes	
#COLLECTION
CO:COLLECTION_SUMMARY            	Cancer-adjacent, normal breast tissue was collected
CO:COLLECTION_PROTOCOL_ID        	UNC-CH IRB #09-1436
CO:COLLECTION_PROTOCOL_FILENAME  	Normal_Breast_Study
CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS  	Breast tissue samples were collected from patients in the UNC hospital system
CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS  	the Normal Breast Study (IRB #09-1436). Normal breast tissue from patients with
CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS  	mammoplasty, DCIS and invasive breast cancer were analyzed in this study.
CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS  	samples 2-4 cm away from the tumor were collected and stored at -80°C after
CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS  	Samples were cut on dry ice to yield a metabolomics sample comprising 50-120 mg
CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS  	The tissue was placed in a tissue homogenization tube with ceramic beads and
CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS  	at -80°C. The samples were delivered to the RTI RCMRC and stored at -80°C.
CO:SAMPLE_TYPE                   	tissue
CO:COLLECTION_METHOD             	tissue collected during surgery
CO:COLLECTION_LOCATION           	breast microenvironment
CO:COLLECTION_FREQUENCY          	one time collection
CO:VOLUMEORAMOUNT_COLLECTED      	50 - 120mg
CO:STORAGE_CONDITIONS            	-80 C
CO:TISSUE_CELL_IDENTIFICATION    	breast
CO:TISSUE_CELL_QUANTITY_TAKEN    	50mg
#TREATMENT
TR:TREATMENT_SUMMARY             	Stages of breast cancer progression and different subtypes compared to a
TR:TREATMENT_SUMMARY             	control
TR:TREATMENT_PROTOCOL_COMMENTS   	DCIS, Luminal A, Luminal B, HER2, Basal, Reduction, Total Pool1 (equal mix of
TR:TREATMENT_PROTOCOL_COMMENTS   	HER2, LumA, LumB, Reduction, and Basal pool samples),Total Pool2 (unequal mix
TR:TREATMENT_PROTOCOL_COMMENTS   	DCIS, HER2, LumA, LumB, Reduction, and Basal pool samples)
#SAMPLEPREP
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	Breast tissue samples were homogenized in 3:3:2
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	at a concentration of 100 mg/mL. Samples dried and extracted into 50%
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	Sample dried and aliquot taken for NMR. Sample returned and extract processed
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	GC/MS analysis. Samples were derivatized using 2 step derivatization method
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	with methoxy amine followed by TMS derivatization with MSTFA).
SP:SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME  	RTI_MT_Breast_Tissue_Procedures_GC-TOF-MS.docx
SP:PROCESSING_METHOD             	Homogenization and Solvent Removal with SpeedVac
SP:PROCESSING_STORAGE_CONDITIONS 	4°C
SP:EXTRACTION_METHOD             	3:3:2 (acetonitrile:isopropanol:water) and then 50% Acetonitrile
SP:EXTRACT_STORAGE               	-80°C
SP:SAMPLE_RESUSPENSION           	resuspended in D2O + Chenomix ISTD solution
SP:SAMPLE_DERIVATIZATION         	Methoximation with methoxy amine at 40 mg/ml in pyridine followed by TMS
SP:SAMPLE_DERIVATIZATION         	with MSTFA
SP:SAMPLE_SPIKING                	FAMES (C8-C30) added to MSTFA as retention time markers
#CHROMATOGRAPHY
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	GC/MS analysis is based on Oliver Fiehn methods
CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE           	GC
CH:INSTRUMENT_NAME               	Leco Pegasus 4D GC
CH:COLUMN_NAME                   	Restek Rtx-5Sil MS (30 x 0.25mm, 0.25um)
CH:COLUMN_PRESSURE               	10.4 psi
CH:COLUMN_TEMPERATURE            	50C(0.5 min)-330C(@20C/min)-330C(5 min)
CH:FLOW_GRADIENT                 	constant flow
CH:FLOW_RATE                     	1.0 mL/min
CH:INJECTION_TEMPERATURE         	250C
CH:RETENTION_INDEX               	FAMEs markers (C8-C30)
CH:RETENTION_TIME                	FAMEs markers (C8-C30)
CH:ANALYTICAL_TIME               	20 minutes
CH:OVEN_TEMPERATURE              	50C(0.5 min)-330C(@20C/min)-330C(5 min)
CH:TRANSFERLINE_TEMPERATURE      	280C
CH:SAMPLE_SYRINGE_SIZE           	10 L
#ANALYSIS
AN:ANALYSIS_TYPE                 	MS
AN:LABORATORY_NAME               	Eastern RCMRC (RTI)
AN:ACQUISITION_DATE              	02/11/14-02/19/2014
AN:SOFTWARE_VERSION              	Chromatof 4.50.8.0
AN:OPERATOR_NAME                 	James Carlson
AN:DETECTOR_TYPE                 	TOF (+ ion mode)
AN:DATA_FORMAT                   	netcdf
#MS
MS:MS_COMMENTS                   	-
MS:INSTRUMENT_NAME               	Leco Pegasus 4D GCxGC TOF
MS:INSTRUMENT_TYPE               	GC x GC-TOF
MS:MS_TYPE                       	EI
MS:ION_MODE                      	POSITIVE
MS:CAPILLARY_TEMPERATURE         	280C (transfer line)
MS:HELIUM_FLOW                   	1.0 ml/min
MS:ION_SOURCE_TEMPERATURE        	250C
MS:IONIZATION_ENERGY             	70 eV
MS:SOURCE_TEMPERATURE            	250C
MS:DATAFORMAT                    	netcdf
MS:RESOLUTION_SETTING            	1200
MS:SCAN_RANGE_MOVERZ             	50-800
MS:SCANNING                      	20 spectra/sec
#MS_METABOLITE_DATA
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#METABOLITES
METABOLITES_START
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1-monopalmitin	371	902507	RTI_RI	14900				
1-monostearin	399	960911	RTI_RI	107036				
2-hydroxybutanoic acid	131	259826	RTI_RI	57432307				
alpha-ketoglutarate	198	508594	RTI_RI	51				
alpha tocopherol	237	1066947	RTI_RI	6560141				
aminomalonic acid	218	457163	RTI_RI	100714				
arachidiic acid	117	856790	RTI_RI					
aspartate minor	160	433670	RTI_RI					
behenic acid	117	920744	RTI_RI	11551870				
benzoic acid	179	338781	RTI_RI	243				
beta-hydroxybutyric acid	147	280289	RTI_RI	441				
caprylic acid	201	344270	RTI_RI	379				
chlorogenic acid major	345	1052900	RTI_RI					
cholesterol	129	1077048	RTI_RI					
citric acid	273	619803	RTI_RI					
creatine major dehydrated TMS3	115	503755	RTI_RI					
glutamic acid 2TMS	174	489269	RTI_RI					
glycerol	205	346514	RTI_RI	11126194				
heptadecanoic acid	117	751505	RTI_RI	10465				
isoleucine	158	360577	RTI_RI					
lauric acid	117	548858	RTI_RI	3893				
linoleic acid	337	777348	RTI_RI					
lysine	156	665216	RTI_RI					
maleimide	154	244991	RTI_RI	21271766				
malic acid	233	464809	RTI_RI	222656				
myristic acid	285	634958	RTI_RI					
N-acetyl-L-aspartic acid 1	158	548361	RTI_RI	65065				
octadecanol	327	755925	RTI_RI	8221				
oleic acid	339	779249	RTI_RI	965				
oxalic acid	147	260471	RTI_RI	18676629				
oxoproline	156	486729	RTI_RI	7405				
palmitic acid	117	714386	RTI_RI	5326436				
palmitoleic acid	129	706886	RTI_RI	5282745				
pelargonic acid	215	399814	RTI_RI	10898987				
pentadecanoic acid	299	675295	RTI_RI	13849				
phosphate	299	347293	RTI_RI	45268009				
pinitol	260	626923	RTI_RI	230881				
proline	142	365741	RTI_RI					
ribitol	217	577367	RTI_RI					
salicylic acid	267	481513	RTI_RI	338				
serine	204	396979	RTI_RI					
serine minor	116	339553	RTI_RI					
shikimic acid	204	613725	RTI_RI	8742				
sorbitol	319	667645	RTI_RI	453				
stearic acid	117	788356	RTI_RI					
succinate semialdehyde meox1	89	294288	RTI_RI					
threonine	218	411756	RTI_RI	6288				
threonine minor	117	361462	RTI_RI					
trans-4-hydroxy-L-proline minor1	158	460442	RTI_RI					
urea	100	329250	RTI_RI					
valine	144	315026	RTI_RI					
z dioctylphtalate	149	891860	RTI_RI					
pinitol (put by literature Tree Physiol)		626923					
C30 IST		1113100					
C28 IST		1061700					
C26 IST		1006900					
C24 IST		948820					
C22 IST		886620					
C20 IST		819620					
C18 IST		747420					
C16 IST		668720					
C14 IST		582620					
C12 IST		487220					
C10 IST		381020					
C09 IST		323120					
C08 IST		262320					
METABOLITES_END
#END