#METABOLOMICS WORKBENCH tkind_20140611_9581211_mwtab.txt DATATRACK_ID:109 STUDY_ID:ST000057 ANALYSIS_ID:AN000095 PROJECT_ID:PR000054 VERSION 1 CREATED_ON 2016-09-17 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Combined Metabolomics and Lipidomics of Type 1 Diabetes PR:PROJECT_TYPE MS study PR:PROJECT_SUMMARY This West Coast Metabolomics Center pilot and feasibility project granted to PR:PROJECT_SUMMARY Bell (University of Chicago) and collaborator Manami Hara uses a multi-omics PR:PROJECT_SUMMARY to investigate the metabolome (primary metabolites), lipidome (complex lipids) PR:PROJECT_SUMMARY signaling lipids (oxylipins) in the plasma of Non-obese Diabetic (NOD) mice PR:PROJECT_SUMMARY progressed to Type 1 Diabetes Mellitus (T1D) and those that did not. NOD Mice PR:PROJECT_SUMMARY were assessed as diabetic or non-diabetic based on their fasting (4hr) blood PR:PROJECT_SUMMARY levels at sacrifice, which defined 30 hyperglycemic (glucose = 250 mg/dL) and PR:PROJECT_SUMMARY normoglycemic animals. The primary objective of this study was to identify PR:PROJECT_SUMMARY biomarkers associated with beta-cell destruction/survival and T1D progression. PR:INSTITUTE University of California, Davis PR:DEPARTMENT Genome and Biomedical Sciences Facility PR:LABORATORY WCMC Metabolomics Core PR:LAST_NAME Fiehn PR:FIRST_NAME Oliver PR:ADDRESS 1315 Genome and Biomedical Sciences Facility,451 Health Sciences Drive, Davis, PR:ADDRESS 95616 PR:EMAIL ofiehn@ucdavis.edu PR:PHONE (530) 754-8258 PR:FUNDING_SOURCE NIH U24DK097154 #STUDY ST:STUDY_TITLE Combined Metabolomics and Lipidomics of Type 1 Diabetes (GCMS) ST:STUDY_TYPE biomarker study ST:STUDY_SUMMARY This West Coast Metabolomics Center pilot and feasibility project granted to ST:STUDY_SUMMARY Bell (University of Chicago) and collaborator Manami Hara uses a multi-omics ST:STUDY_SUMMARY to investigate the metabolome (primary metabolites), lipidome (complex lipids) ST:STUDY_SUMMARY signaling lipids (oxylipins) in the plasma of Non-obese Diabetic (NOD) mice ST:STUDY_SUMMARY progressed to Type 1 Diabetes Mellitus (T1D) and those that did not. NOD Mice ST:STUDY_SUMMARY were assessed as diabetic or non-diabetic based on their fasting (4hr) blood ST:STUDY_SUMMARY levels at sacrifice, which defined 30 hyperglycemic (glucose = 250 mg/dL) and ST:STUDY_SUMMARY normoglycemic animals. The primary objective of this study was to identify ST:STUDY_SUMMARY biomarkers associated with beta-cell destruction/survival and T1D progression. ST:INSTITUTE University of California, Davis ST:DEPARTMENT Genome and Biomedical Sciences Facility ST:LABORATORY WCMC Metabolomics Core ST:LAST_NAME Fiehn ST:FIRST_NAME Oliver ST:ADDRESS 1315 Genome and Biomedical Sciences Facility451 Health Sciences DriveDavis, CA ST:EMAIL ofiehn@ucdavis.edu ST:PHONE (530) 754-8258 ST:NUM_GROUPS 8 ST:TOTAL_SUBJECTS 75 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE plasma SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:SPECIES_GROUP Mammal #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 3 131124dlvsa24_1 Diagnosis:Non-diabetic Group=1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 16 131124dlvsa25_1 Diagnosis:Non-diabetic Group=1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 8 131124dlvsa26_1 Diagnosis:Non-diabetic Group=1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 5 131124dlvsa37_1 Diagnosis:Non-diabetic Group=1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 2 131124dlvsa42_1 Diagnosis:Non-diabetic Group=1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS 21 131124dlvsa43_1 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acid 457.0000 521.0000 739.0000 553.0000 411.0000 1297.0000 100.0000 252.0000 122.0000 339.0000 466.0000 120.0000 491.0000 593.0000 1085.0000 508.0000 235.0000 791.0000 116.0000 143.0000 410.0000 136.0000 200.0000 287.0000 636.0000 222.0000 533.0000 195.0000 411.0000 519.0000 124.0000 276.0000 215.0000 220.0000 154.0000 483.0000 259.0000 240.0000 233.0000 174.0000 156.0000 196.0000 450.0000 241.0000 366.0000 186.0000 121.0000 215.0000 305.0000 176.0000 155.0000 391.0000 176.0000 279.0000 194.0000 112.0000 355.0000 178.0000 445.0000 230.0000 140.0000 271.0000 179.0000 177.0000 167.0000 494.0000 513.0000 576.0000 235.0000 261.0000 113.0000 tagatose 843.0000 948.0000 366.0000 526.0000 762.0000 1547.0000 597.0000 807.0000 709.0000 656.0000 1114.0000 681.0000 1811.0000 1713.0000 3312.0000 1419.0000 883.0000 1079.0000 279.0000 752.0000 1535.0000 734.0000 1423.0000 560.0000 998.0000 1160.0000 1324.0000 909.0000 793.0000 1077.0000 322.0000 1066.0000 450.0000 1013.0000 1041.0000 568.0000 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putrescine 174 587728 Fiehn 9532 C00134 206261 BinBase pyrazine 2,5-dihydroxy NIST 241 396061 Fiehn 15532987 203238 BinBase pyrophosphate 451 548254 Fiehn 1023 C00013 213203 BinBase pyruvic acid 174 212241 Fiehn 1060 C00022 241869 BinBase raffinose 361 1122736 Fiehn 439242 C00492 226181 BinBase ribitol 319 575953 Fiehn C00474 322007 BinBase ribonic acid 292 598019 Fiehn 5460677 C01685 199341 BinBase ribose 307 553606 Fiehn 5779 C00121 205473 BinBase saccharic acid 333 699250 Fiehn 607 C00818 202830 BinBase serine 204 391397 Fiehn 5951 C00065 227962 BinBase shikimic acid 204 609587 Fiehn 8742 273447 BinBase (s)-(+)-mandelic acid 179 459578 Fiehn 11914 C01983 231101 BinBase sophorose 319 953453 Fiehn 88719 C08250 213152 BinBase sorbitol 319 669361 Fiehn 5780 C00794 437279 BinBase stearic acid 117 787358 Fiehn 5281 C01530 199195 BinBase stigmasterol 159 1110434 Fiehn 222284 C05442 199227 BinBase succinic acid 247 370724 Fiehn 8036 293854 BinBase sucrose 271 916949 Fiehn 5988 C00089 203674 BinBase sulfuric acid 227 283162 Fiehn 5152822 C00059 236676 BinBase tagatose 307 628019 Fiehn 1101 236890 BinBase talose 160 655071 Fiehn 99459 C06467 203596 BinBase taurine 326 556913 Fiehn 1123 C00245 203213 BinBase threitol 217 467314 Fiehn 8998 C16884 202661 BinBase threonic acid 292 497167 Fiehn 5460407 199262 BinBase threonine 117 405642 Fiehn 6288 C00188 227959 BinBase thymine 255 420134 Fiehn 1135 C00178 236696 BinBase tocopherol 237 1067178 Fiehn 14985 C02477 199211 BinBase trans-4-hydroxyproline 158 460567 Fiehn 5810 C01157 199804 BinBase trehalose 191 947837 Fiehn 7427 C01083 199289 BinBase trihydroxypyrazine 344 505411 Fiehn 20221599 n/a 339458 BinBase tryptophan 202 779148 Fiehn 1148 809206 BinBase tyrosine 218 670802 Fiehn 6057 C00082 381469 BinBase uracil 99 385903 Fiehn 1174 C00106 199600 BinBase urea 171 337230 Fiehn 224322 BinBase uric acid 441 730534 Fiehn 1175 C00366 304993 BinBase uridine 258 856953 Fiehn 6029 C00299 213127 BinBase valine 144 313224 Fiehn 6287 C00183 199605 BinBase xanthine 353 702391 Fiehn 1188 C00385 203224 BinBase xanthosine 325 926947 Fiehn 64959 C01762 280731 BinBase xylitol 217 566893 Fiehn 6912 C00379 291067 BinBase xylose 103 543056 Fiehn 644160 512073 BinBase METABOLITES_END #END