#METABOLOMICS WORKBENCH jravilap_20220802_112810 DATATRACK_ID:3380 STUDY_ID:ST002246 ANALYSIS_ID:AN003668 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Longitudinal fecal metabolomic profiles from mothers and their infants in the PR:PROJECT_TITLE EDIA study PR:PROJECT_TYPE Metabolomic profiling of human fecal samples PR:PROJECT_SUMMARY In a cohort consisting of 32 mother-infant dyads, we profiled the fecal PR:PROJECT_SUMMARY metabolome at birth and at 3 and 6 months of infant age. Metagenomes from the PR:PROJECT_SUMMARY same samples were also generated. PR:INSTITUTE Broad Institute of MIT and Harvard PR:LAST_NAME Xavier PR:FIRST_NAME Ramnik PR:ADDRESS 415 Main Street PR:EMAIL rxavier@broadinstitute.org PR:PHONE 6177147080 PR:FUNDING_SOURCE National Institutes of Health (P30 DK043351), Juvenile Diabetes Research PR:FUNDING_SOURCE Foundation (grant 2-SRA-2016-492 247-S-B) PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8C70Q PR:CONTRIBUTORS Tommi Vatanen, Karolina S. Jabbar, Terhi Ruohtula, Jarno Honkanen, Julian PR:CONTRIBUTORS Avila-Pacheco, Heli Siljander, Martin Stražar, Sami Oikarinen, Heikki Hyöty, PR:CONTRIBUTORS Jorma Ilonen, Caroline M. Mitchell, Moran Yassour, Suvi M. Virtanen, Clary B. PR:CONTRIBUTORS Clish, Damian R. Plichta, Hera Vlamakis, Mikael Knip, Ramnik J. Xavier #STUDY ST:STUDY_TITLE Longitudinal fecal metabolomic profiles from mothers and their infants in the ST:STUDY_TITLE EDIA study ST:STUDY_SUMMARY In a cohort consisting of 32 mother-infant dyads, we profiled the fecal ST:STUDY_SUMMARY metabolome at birth and at 3 and 6 months of infant age. Metagenomes from the ST:STUDY_SUMMARY same samples were also generated. ST:INSTITUTE Broad Institute of MIT and Harvard ST:LAST_NAME Xavier ST:FIRST_NAME Ramnik ST:ADDRESS 415 Main Street ST:EMAIL rxavier@broadinstitute.org ST:PHONE 617717084 ST:SUBMIT_DATE 2022-08-02 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Human SU:SUBJECT_SPECIES Homo sapiens SU:TAXONOMY_ID 9606 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS M0018 300081 mother.child:Child RAW_FILE_NAME=0178_XAV_EDIA_HP-300081.raw; RAW_FILE_NAME=0178re_XAV_EDIA_CP-300081.raw; RAW_FILE_NAME=0178_XAV_EDIA_CN-300081.raw; RAW_FILE_NAME=0178_XAV_EDIA_HN_300081.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS M0018 300082 mother.child:Child RAW_FILE_NAME=0179_XAV_EDIA_HP-300082.raw; RAW_FILE_NAME=0179re_XAV_EDIA_CP-300082.raw; RAW_FILE_NAME=0179_XAV_EDIA_CN-300082.raw; RAW_FILE_NAME=0179_XAV_EDIA_HN_300082.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS M0018 300085 mother.child:Child RAW_FILE_NAME=0177_XAV_EDIA_HP-300085.raw; RAW_FILE_NAME=0177re_XAV_EDIA_CP-300085.raw; 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Infant stool samples were collected by the mothers at home and stored CO:COLLECTION_SUMMARY in the household freezer (−20°C) until the next visit to the study center. CO:COLLECTION_SUMMARY The samples were then shipped on dry ice to the EDIA Core Laboratory in CO:COLLECTION_SUMMARY Helsinki, where the samples were stored at −80°C. CO:SAMPLE_TYPE Feces #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY NA #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Stool samples were homogenized in 10 μL of water per milligram stool sample SP:SAMPLEPREP_SUMMARY weight using a bead mill (TissueLyser II; Qiagen) and the aqueous homogenates SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were aliquoted for metabolite profiling analyses. LC-MS samples were prepared SP:SAMPLEPREP_SUMMARY for four profiling methods as follows: HILIC-pos: Metabolites were extracted by SP:SAMPLEPREP_SUMMARY adding 90 μL of 74.9:24.9:0.2 v/v/v acetonitrile/methanol/formic acid SP:SAMPLEPREP_SUMMARY containing stable isotope-labeled internal standards (valine-d8, Isotec; and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY phenylalanine-d8, Cambridge Isotope Laboratories; Andover, MA) to a 10 μL SP:SAMPLEPREP_SUMMARY aliquot of stool homogenate or plasma. Samples were vortexed and then SP:SAMPLEPREP_SUMMARY centrifuged (10 min, 9,000 x g, 4°C) to pellet protein precipitates. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Supernatants were transferred to glass autosampler vials containing inserts for SP:SAMPLEPREP_SUMMARY LC-MS analysis. C8-pos: Lipids were extracted by adding 190 μL of isopropanol SP:SAMPLEPREP_SUMMARY containing 1-dodecanoyl-2-tridecanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine as an internal SP:SAMPLEPREP_SUMMARY standard (Avanti Polar Lipids; Alabaster, AL) to a 10 μL aliquot of stool SP:SAMPLEPREP_SUMMARY homogenate or plasma. Samples were vortexed and then centrifuged (10 min, 9,000 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY x g, ambient temperature) to pellet protein precipitates. Supernatants were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY transferred to glass autosampler vials containing inserts for LC-MS analysis. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY HILIC-neg: Metabolites were extracted by adding 120 μL of 80% methanol SP:SAMPLEPREP_SUMMARY containing inosine-15N4, thymine-d4 and glycocholate-d4 internal standards SP:SAMPLEPREP_SUMMARY (Cambridge Isotope Laboratories; Andover, MA) to a 30 μL aliquot of stool SP:SAMPLEPREP_SUMMARY homogenate or plasma. Samples were vortexed and then centrifuged (10 min, 9,000 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY x g, 4°C) to pellet protein precipitates. Supernatants were transferred to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY glass autosampler vials containing inserts for LC-MS analysis. C18-neg: SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Metabolites were extracted by adding 90 μL of methanol containing PGE2-d4 as an SP:SAMPLEPREP_SUMMARY internal standard (Cayman Chemical Co.; Ann Arbor, MI) to a 30 μL aliquot of SP:SAMPLEPREP_SUMMARY stool homogenate or plasma. Samples were vortexed and then centrifuged (10 min, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 9,000 x g, 4°C) to pellet protein precipitates. Supernatants were transferred SP:SAMPLEPREP_SUMMARY to glass autosampler vials containing inserts for LC-MS analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:INSTRUMENT_NAME Shimadzu Nexera X2 CH:COLUMN_NAME Phenomenex Luna NH2 (150 x 2.1mm,3um) CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Plus Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Raw data were processed using TraceFinder 3.3 software (Thermo Fisher MS:MS_COMMENTS Scientific; Waltham, MA) and Progenesis QI (Nonlinear Dynamics; Newcastle upon MS:MS_COMMENTS Tyne, UK). Metabolite identities were confirmed using authentic reference MS:MS_COMMENTS standards or reference samples. MS:ION_MODE NEGATIVE MS:MS_RESULTS_FILE ST002246_AN003668_Results.txt UNITS:Unitless Abundances Has m/z:Yes Has RT:Yes RT units:Minutes #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Unitless Abundances MS_METABOLITE_DATA_START Samples 300081 300082 300085 300096 300097 300099 300110 300111 300112 300122 300123 300125 300147 300148 300151 300171 300186 300199 300200 300202 300211 300220 300234 300278 300279 300281 300299 300349 300350 300352 300378 300379 300382 300383 300386 300419 300473 300474 300476 300505 300508 300509 300511 301002 301003 301005 301021 301022 301024 301032 301033 301035 301048 301049 301051 301053 301054 301056 301065 301071 301082 301083 301085 301088 301089 301091 301098 301099 301101 301123 301124 301126 301132 301151 301175 301176 301178 301181 301236 301239 301250 301253 301261 301262 301264 301271 301275 301276 301278 301330 301340 301400 301401 301403 301484 301485 301487 301489 301490 301492 301534 301535 301540 301541 301545 301562 301565 301566 301568 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