#METABOLOMICS WORKBENCH ofiehn_20130520_9736281_mwtab.txt DATATRACK_ID:46 STUDY_ID:ST000013 ANALYSIS_ID:AN000030 PROJECT_ID:PR000012 VERSION 1 CREATED_ON 2016-09-17 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Seeds Mutant Experiment PR:PROJECT_TYPE Genotype PR:PROJECT_SUMMARY The effect of individual mutations on the metabolome of Arabidopsis PR:INSTITUTE University of California, Davis PR:DEPARTMENT Davis Genome Center PR:LABORATORY Fiehn PR:LAST_NAME Fiehn PR:FIRST_NAME Oliver PR:ADDRESS 451 E. Health Sci. Drive, Davis, California 95616, USA PR:EMAIL ofiehn@ucdavis.edu PR:PHONE - #STUDY ST:STUDY_TITLE Mutation Study ST:STUDY_TYPE Genotype ST:STUDY_SUMMARY This experiment tests the effect of individual mutations on the metabolome of ST:STUDY_SUMMARY The standardized growth conditions are as follows: 1. Seeds (between 14 and 16) ST:STUDY_SUMMARY sown on media in 100 x 100 x 15mm square Falcon Petri Dishes (Fisher ST:STUDY_SUMMARY catalogue #08-757-11A). Seeds were arranged on the plates in a single ST:STUDY_SUMMARY line at the 1-cm mark from the top of the plate. 2. Each plate contains between ST:STUDY_SUMMARY and 25-ml of sterile MS media containing 0.1% (w/v) sucrose. 3. Prior to ST:STUDY_SUMMARY seeds were sterilized by treating for 1-minute at room temperature with a 300-l ST:STUDY_SUMMARY of 50% (v/v) ethanol, this solution was removed and replaced with a 300-l ST:STUDY_SUMMARY consisting of 1% (v/v) Tween 20 (Fischer BioReagents, catalogue #BP33750), and ST:STUDY_SUMMARY (v/v) bleach solution (Clorox), and incubated at room temperature for ST:STUDY_SUMMARY The seeds were then washed with three changes of 0.3-ml of sterile water. 4. ST:STUDY_SUMMARY sowing with seeds, the plates were wrapped with Micropore tape (3M Health Care, ST:STUDY_SUMMARY #1530-0), and then stored horizontally for 4-days at 4 °C, with ST:STUDY_SUMMARY of 1 mol/m2. 5. On the 5th day, plates were moved to the growth room, and held ST:STUDY_SUMMARY a vertical position in Plexi-glass holders for 17-days this growth room ST:STUDY_SUMMARY is labeled in Table I. 6. On 18th day Petri plates were opened and the aerial ST:STUDY_SUMMARY of these plants were harvested immediately upon plate opening. 7. Upon ST:STUDY_SUMMARY plant material was quenched by immersion in liquid nitrogen and stored at 70 ST:INSTITUTE University of California, Davis ST:DEPARTMENT Davis Genome Center ST:LABORATORY Fiehn ST:LAST_NAME Kind ST:FIRST_NAME Tobias ST:ADDRESS 451 E. Health Sci. Drive, Davis, California 95616, USA ST:EMAIL tkind@ucdavis.edu ST:PHONE - ST:NUM_GROUPS 15 ST:TOTAL_SUBJECTS 90 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Plant SU:SUBJECT_SPECIES Arabidopsis thaliana SU:TAXONOMY_ID 3702 SU:GENOTYPE_STRAIN Wild type Col0; 1 | Wild type Col0; 2 | SAIL_6_G_02 | SALK_024747 | SALK_135268 SU:GENOTYPE_STRAIN SALK_077749 | SALK_114456 | SALK_021832 | SALK_125505 | SALK_022584 | SU:GENOTYPE_STRAIN | SALK_148208 | SALK_016312 | CS24090 | SALK_083600 SU:SPECIES_GROUP Plant #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343938 genotype:CS24090 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343942 genotype:CS24090 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343946 genotype:CS24090 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343950 genotype:CS24090 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343954 genotype:CS24090 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343958 genotype:CS24090 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343655 genotype:SAIL_6_G_02 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343659 genotype:SAIL_6_G_02 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343663 genotype:SAIL_6_G_02 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343667 genotype:SAIL_6_G_02 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343671 genotype:SAIL_6_G_02 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343675 genotype:SAIL_6_G_02 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343913 genotype:SALK_016312 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343917 genotype:SALK_016312 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343921 genotype:SALK_016312 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343925 genotype:SALK_016312 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343929 genotype:SALK_016312 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343933 genotype:SALK_016312 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343780 genotype:SALK_021832 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343784 genotype:SALK_021832 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343788 genotype:SALK_021832 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343792 genotype:SALK_021832 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343796 genotype:SALK_021832 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343800 genotype:SALK_021832 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343830 genotype:SALK_022584 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343834 genotype:SALK_022584 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343838 genotype:SALK_022584 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343842 genotype:SALK_022584 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343846 genotype:SALK_022584 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343850 genotype:SALK_022584 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343680 genotype:SALK_024747 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343684 genotype:SALK_024747 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343688 genotype:SALK_024747 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343692 genotype:SALK_024747 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343696 genotype:SALK_024747 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343700 genotype:SALK_024747 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343855 genotype:SALK_062847 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343859 genotype:SALK_062847 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343863 genotype:SALK_062847 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343867 genotype:SALK_062847 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343871 genotype:SALK_062847 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343875 genotype:SALK_062847 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343730 genotype:SALK_077749 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343734 genotype:SALK_077749 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343738 genotype:SALK_077749 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343742 genotype:SALK_077749 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343746 genotype:SALK_077749 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343750 genotype:SALK_077749 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343963 genotype:SALK_083600 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343967 genotype:SALK_083600 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343971 genotype:SALK_083600 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343975 genotype:SALK_083600 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343979 genotype:SALK_083600 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343983 genotype:SALK_083600 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343755 genotype:SALK_114456 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343759 genotype:SALK_114456 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343763 genotype:SALK_114456 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343767 genotype:SALK_114456 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343771 genotype:SALK_114456 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343775 genotype:SALK_114456 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343805 genotype:SALK_125505 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343809 genotype:SALK_125505 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343813 genotype:SALK_125505 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343817 genotype:SALK_125505 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343821 genotype:SALK_125505 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343825 genotype:SALK_125505 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343705 genotype:SALK_135268 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343709 genotype:SALK_135268 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343713 genotype:SALK_135268 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343717 genotype:SALK_135268 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343721 genotype:SALK_135268 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343725 genotype:SALK_135268 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343888 genotype:SALK_148208 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343892 genotype:SALK_148208 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343896 genotype:SALK_148208 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343900 genotype:SALK_148208 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343904 genotype:SALK_148208 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343908 genotype:SALK_148208 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343605 genotype:Wild type Col0; 1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343609 genotype:Wild type Col0; 1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343613 genotype:Wild type Col0; 1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343617 genotype:Wild type Col0; 1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343621 genotype:Wild type Col0; 1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343625 genotype:Wild type Col0; 1 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343630 genotype:Wild type Col0; 2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343634 genotype:Wild type Col0; 2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343638 genotype:Wild type Col0; 2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343642 genotype:Wild type Col0; 2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343646 genotype:Wild type Col0; 2 SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 343650 genotype:Wild type Col0; 2 #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY - #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY - TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT Seeds (between 14 and 16) are sown on media in 100 x 100 x 15mm square Falcon TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT Dishes (Fisher Scientific, catalogue #08-757-11A). Seeds were arranged on the TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT in a single horizontal line at the 1-cm mark from the top of the plate. Each TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT contains between 20 and 25-ml of sterile MS media containing 0.1% (w/v) TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT Prior to sowing, seeds were sterilized by treating for 1-minute at room TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT with a 300-l solution of 50% (v/v) ethanol, this solution was removed and TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT with a 300-l solution consisting of 1% (v/v) Tween 20 (Fischer BioReagents, TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT #BP33750), and 50% (v/v) bleach solution (Clorox), and incubated at room TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT for 10-minutes. The seeds were then washed with three changes of 0.3-ml of TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT water. Upon sowing with seeds, the plates were wrapped with Micropore tape (3M TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT Care, catalogue #1530-0), and then stored horizontally for 4-days at 4°C, TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT illumination of 1 mol/m2. On the 5th day, plates were moved to the growth room, TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT held in a vertical position in Plexi-glass holders for 17-days. This growth TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT condition is labeled in Table I. On 18th day Petri plates were opened and the TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT portions of these plants were harvested immediately upon plate opening. Upon TR:PLANT_GROWTH_SUPPORT plant material was quenched by immersion in liquid nitrogen and stored at TR:PLANT_PLOT_DESIGN Seeds (between 14 and 16) are sown on media in 100 x 100 x 15mm square Falcon TR:PLANT_PLOT_DESIGN Dishes (Fisher Scientific, catalogue #08-757-11A). Seeds were arranged on the TR:PLANT_PLOT_DESIGN in a single horizontal line at the 1-cm mark from the top of the plate. TR:PLANT_LIGHT_PERIOD 24h a day at 80 fluence TR:PLANT_HUMIDITY Day 100%, Night 100% TR:PLANT_TEMP Day 24 C, Night 24 C TR:PLANT_NUTRITIONAL_REGIME Each plate contains between 20 and 25-ml of sterile MS media: 0.1% sucrose, 1x TR:PLANT_NUTRITIONAL_REGIME vitamins, 4.3 g MS salt pH 5.7 with 15 g/L Bacto agar TR:PLANT_METAB_QUENCH_METHOD immersion in liquid nitrogen and stored at 70C TR:PLANT_HARVEST_METHOD On 18th day Petri plates were opened and the aerial portions of these plants TR:PLANT_HARVEST_METHOD harvested immediately upon plate opening #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY - #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE GC CH:INSTRUMENT_NAME Agilent 6890N CH:COLUMN_NAME - CH:CHROMATOGRAPHY_COMMENTS Gas Chromatograph (GC) Methods quick-splitless_working #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Leco Pegasus III GC TOF MS:INSTRUMENT_TYPE GC-TOF MS:MS_TYPE EI MS:ION_MODE POSITIVE MS:MS_COMMENTS Mass Spectrometer (MS) Methods quick_1700V #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak height MS_METABOLITE_DATA_START Samples 343938 343942 343946 343950 343954 343958 343655 343659 343663 343667 343671 343675 343913 343917 343921 343925 343929 343933 343780 343784 343788 343792 343796 343800 343830 343834 343838 343842 343846 343850 343680 343684 343688 343692 343696 343700 343855 343859 343863 343867 343871 343875 343730 343734 343738 343742 343746 343750 343963 343967 343971 343975 343979 343983 343755 343759 343763 343767 343771 343775 343805 343809 343813 343817 343821 343825 343705 343709 343713 343717 343721 343725 343888 343892 343896 343900 343904 343908 343605 343609 343613 343617 343621 343625 343630 343634 343638 343642 343646 343650 Factors genotype:CS24090 genotype:CS24090 genotype:CS24090 genotype:CS24090 genotype:CS24090 genotype:CS24090 genotype:SAIL_6_G_02 genotype:SAIL_6_G_02 genotype:SAIL_6_G_02 genotype:SAIL_6_G_02 genotype:SAIL_6_G_02 genotype:SAIL_6_G_02 genotype:SALK_016312 genotype:SALK_016312 genotype:SALK_016312 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5'-deoxy-5'-methylthioadenosine 236 967673 Fiehn 439176 C00170 213373 BinBase 5-hydroxynorvaline NIST 142 494838 Fiehn 95562 200384 BinBase adenosine 236 917818 Fiehn 60961 C00212 211944 BinBase adenosine-5-monophosphate 169 1040943 Fiehn 6083 C00020 213958 BinBase agmatine 157 587051 Fiehn 199 C00179 212007 BinBase alanine 116 243537 Fiehn 602 C00041 199651 BinBase allantoin 331 647887 Fiehn 204 C01551 205697 BinBase arabinose 217 546892 Fiehn 7044039 C00216 202065 BinBase arachidic acid 117 856203 Fiehn 10467 C06425 201822 BinBase arginine + ornithine 142 619420 Fiehn 6322 C00062 199796 BinBase ascorbic acid 332 673155 Fiehn 54670067 C00072 199950 BinBase asparagine 116 553791 Fiehn 439600 C00152 199805 BinBase aspartic acid 232 480543 Fiehn 424 C00049 199612 BinBase beta alanine 174 435138 Fiehn 239 C00099 200544 BinBase cholesterol 129 1077630 Fiehn 5997 C00187 199589 BinBase cis-sinapinic acid 338 718366 Fiehn 1549091 199283 BinBase citric acid 273 617288 Fiehn 311 C00158 199168 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439451 C01235 205664 BinBase isoleucine 158 358756 Fiehn 6306 C00407 199785 BinBase lactobionic acid 204 952195 Fiehn 7314 214401 BinBase lauric acid 117 547810 Fiehn 3893 C02679 201826 BinBase leucine 158 345953 Fiehn 6106 C00123 199607 BinBase levanbiose 217 938676 Fiehn 439555 C01725 200516 BinBase levoglucosan 204 569799 Fiehn 79029 199201 BinBase linoleic acid 337 777102 Fiehn 5280450 C01595 199240 BinBase linolenic acid 108 779785 Fiehn 5280934 C06427 199206 BinBase lysine 156 663088 Fiehn 5962 C00047 199784 BinBase lyxitol 217 575571 Fiehn 94154 C00532 199230 BinBase malate 233 462908 Fiehn 222656 C00149 199166 BinBase maleic acid 147 365286 Fiehn 444266 C01384 199224 BinBase maltose 361 946798 Fiehn 447139 C00208 204171 BinBase mannonic acid NIST 333 689431 Fiehn 3246006 C00514 199322 BinBase methionie sulfoxide 128 605961 Fiehn 158980 C02989 218944 BinBase monopalmitin-1-glyceride 371 901207 Fiehn 14900 202859 BinBase myristic acid 285 634543 Fiehn 11005 C06424 199929 BinBase N-acetyl-D-hexosamine 103 746708 Fiehn 24139 C03136 200594 BinBase N-acetyl-D-mannosamine 205 733793 Fiehn 11096158 C00645 205676 BinBase oleic acid 339 778858 Fiehn 965 C01712 199610 BinBase ornithine 142 527822 Fiehn 6262 C00077 202829 BinBase oxalic acid 147 259625 Fiehn 971 C00209 207563 BinBase oxoproline 156 486399 Fiehn 7405 C01879 199593 BinBase palmitic acid 313 713542 Fiehn 985 C00249 199173 BinBase pelargonic acid 117 399163 Fiehn 8158 C01601 201810 BinBase phenylalanine 218 537760 Fiehn 6140 C00079 199798 BinBase phosphoethanolamine 100 604454 Fiehn 1015 C00346 199628 BinBase phosphoric acid 299 344674 Fiehn 1004 C00009 199165 BinBase phytol 143 761377 Fiehn 145386 C01389 199184 BinBase proline 142 364232 Fiehn 145742 C00148 199611 BinBase putrescine 174 587728 Fiehn 9532 C00134 206261 BinBase raffinose 361 1121372 Fiehn 439242 C00492 199180 BinBase ribitol 217 572822 Fiehn C00474 204361 BinBase ribonic acid 292 598019 Fiehn 5460677 C01685 199341 BinBase serine 204 394656 Fiehn 5951 C00065 199440 BinBase shikimic acid 204 610984 Fiehn 8742 C00493 199162 BinBase sophorose 319 953453 Fiehn 88719 C08250 213152 BinBase stearic acid 117 787358 Fiehn 5281 C01530 199195 BinBase suberyl glycine 188 532293 Fiehn 6453952 200526 BinBase succinic acid 147 370518 Fiehn 1110 C00042 199210 BinBase sucrose 271 915457 Fiehn 5988 C00089 202121 BinBase threitol 217 467314 Fiehn 8998 C16884 202661 BinBase threonic acid 292 497167 Fiehn 5460407 199262 BinBase threonine 117 409403 Fiehn 6288 C00188 199626 BinBase tocopherol 237 1067178 Fiehn 14985 C02477 199211 BinBase trans-sinapinic acid 338 788461 Fiehn 637775 C00482 199228 BinBase trehalose 191 947837 Fiehn 7427 C01083 199289 BinBase tryptophan 202 779834 Fiehn 6305 C00078 199775 BinBase tyrosine 218 671085 Fiehn 6057 C00082 199781 BinBase urea 171 328046 Fiehn 1176 C00086 199594 BinBase valine 144 313224 Fiehn 6287 C00183 199605 BinBase xylitol 217 563718 Fiehn 6912 C00379 199436 BinBase xylonic acid 292 588743 Fiehn 6602431 208695 BinBase xylose 103 542808 Fiehn 135191 C00181 200500 BinBase "1,2-anhydro-myo-inositol (put)" 318 652000 ribitol 217 572822 galactose-6-phosphate 1 387 817783 "3,6-anhydrogalactose" 231 589230 METABOLITES_END #END