#METABOLOMICS WORKBENCH wpathmasiri_20140531_9603121_mwtab.txt DATATRACK_ID:100 STUDY_ID:ST000054 ANALYSIS_ID:AN000092 PROJECT_ID:PR000051 VERSION 1 CREATED_ON 2016-09-17 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Metabolic Microenvironments in Normal Breast and Breast Cancer PR:PROJECT_TYPE Broad Spectrum PR:PROJECT_SUMMARY Breast cancers evolve and acquire adaptive changes while in active PR:PROJECT_SUMMARY with the surrounding host normal tissue. It is important to understand the PR:PROJECT_SUMMARY and metabolomic changes in breast microenvironment at various stages of cancer PR:PROJECT_SUMMARY and progression (i.e., normal breast, DCIS, benign disease and invasive PR:PROJECT_SUMMARY Since intrinsic breast cancer subtypes are very distinct from each other in PR:PROJECT_SUMMARY of clinical features as well as the genomic profiling, these subtypes may also PR:PROJECT_SUMMARY distinct metabolic microenvironment signatures. PR:INSTITUTE University of North Carolina at Chapel Hill PR:DEPARTMENT Epidemiology PR:LABORATORY Troester Laboratory PR:LAST_NAME Troester PR:FIRST_NAME Melissa PR:ADDRESS University of North Carolina at Chapel Hill Chapel Hill, NC 27599 PR:EMAIL troester@unc.edu PR:PHONE 919-966-7408 #STUDY ST:STUDY_TITLE Metabolic Microenvironments in Normal Breast and Breast Cancer (MS analysis) ST:STUDY_TYPE Metabolomic analysis of normal breast tissue ST:STUDY_SUMMARY The purpose of this study was to understand the metabolomic changes in a breast ST:STUDY_SUMMARY microenvironment at various stages of cancer development and progression (i.e. ST:STUDY_SUMMARY breast, DCIS, and invasive cancer). The goal of this metabolomics pilot and ST:STUDY_SUMMARY study was to apply a broad spectrum GC-MS metabolomics method to determine ST:STUDY_SUMMARY changes in normal tissue of women with cancer correlate with progression and or ST:STUDY_SUMMARY subtype of the disease. ST:INSTITUTE RTI International ST:DEPARTMENT Systems and Translational Sciences ST:LABORATORY NIH Eastern Regional Comprehensive Metabolomics Resource Core (RTI RCMRC) ST:LAST_NAME Sumner ST:FIRST_NAME Susan ST:ADDRESS 3040 E. Cornwallis Road, Research Triangle Park, NC 27709, USA ST:EMAIL ssumner@rti.org ST:PHONE 919-541-7479 ST:NUM_GROUPS 8 ST:TOTAL_SUBJECTS 192 ST:STUDY_COMMENTS sample preparation and analysis randomized with data collection over multiple #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Human SU:SUBJECT_SPECIES Homo sapiens SU:TAXONOMY_ID 9606 SU:GENDER female SU:SPECIES_GROUP Human #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS BTBasal_102 1402110jcsa12_1 treatment:Basal | pool aliquot:no SUBJECT_SAMPLE_FACTORS BTBasal_37 1402110jcsa19_1 treatment:Basal | pool aliquot:no SUBJECT_SAMPLE_FACTORS BTBasal_21 1402110jcsa35_1 treatment:Basal | pool aliquot:no SUBJECT_SAMPLE_FACTORS BTBasal_40 1402110jcsa37_1 treatment:Basal | pool aliquot:no SUBJECT_SAMPLE_FACTORS BTBasal_23 1402110jcsa42_1 treatment:Basal | pool aliquot:no SUBJECT_SAMPLE_FACTORS BTBasal_39 140214ajcsa08_1 treatment:Basal | pool aliquot:no 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140219ajcsa05_1 treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Cancer-adjacent, normal breast tissue was collected CO:COLLECTION_PROTOCOL_ID UNC-CH IRB #09-1436 CO:COLLECTION_PROTOCOL_FILENAME Normal_Breast_Study CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS Breast tissue samples were collected from patients in the UNC hospital system CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS the Normal Breast Study (IRB #09-1436). Normal breast tissue from patients with CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS mammoplasty, DCIS and invasive breast cancer were analyzed in this study. CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS samples 2-4 cm away from the tumor were collected and stored at -80°C after CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS Samples were cut on dry ice to yield a metabolomics sample comprising 50-120 mg CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS The tissue was placed in a tissue homogenization tube with ceramic beads and CO:COLLECTION_PROTOCOL_COMMENTS at -80°C. The samples were delivered to the RTI RCMRC and stored at -80°C. CO:SAMPLE_TYPE tissue CO:COLLECTION_METHOD tissue collected during surgery CO:COLLECTION_LOCATION breast microenvironment CO:COLLECTION_FREQUENCY one time collection CO:VOLUMEORAMOUNT_COLLECTED 50 - 120mg CO:STORAGE_CONDITIONS -80 C CO:TISSUE_CELL_IDENTIFICATION breast CO:TISSUE_CELL_QUANTITY_TAKEN 50mg #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Stages of breast cancer progression and different subtypes compared to a TR:TREATMENT_SUMMARY control TR:TREATMENT_PROTOCOL_COMMENTS DCIS, Luminal A, Luminal B, HER2, Basal, Reduction, Total Pool1 (equal mix of TR:TREATMENT_PROTOCOL_COMMENTS HER2, LumA, LumB, Reduction, and Basal pool samples),Total Pool2 (unequal mix TR:TREATMENT_PROTOCOL_COMMENTS DCIS, HER2, LumA, LumB, Reduction, and Basal pool samples) #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Breast tissue samples were homogenized in 3:3:2 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY at a concentration of 100 mg/mL. Samples dried and extracted into 50% SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Sample dried and aliquot taken for NMR. Sample returned and extract processed SP:SAMPLEPREP_SUMMARY GC/MS analysis. Samples were derivatized using 2 step derivatization method SP:SAMPLEPREP_SUMMARY with methoxy amine followed by TMS derivatization with MSTFA). SP:SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME RTI_MT_Breast_Tissue_Procedures_GC-TOF-MS.docx SP:PROCESSING_METHOD Homogenization and Solvent Removal with SpeedVac SP:PROCESSING_STORAGE_CONDITIONS 4°C SP:EXTRACTION_METHOD 3:3:2 (acetonitrile:isopropanol:water) and then 50% Acetonitrile SP:EXTRACT_STORAGE -80°C SP:SAMPLE_RESUSPENSION resuspended in D2O + Chenomix ISTD solution SP:SAMPLE_DERIVATIZATION Methoximation with methoxy amine at 40 mg/ml in pyridine followed by TMS SP:SAMPLE_DERIVATIZATION with MSTFA SP:SAMPLE_SPIKING FAMES (C8-C30) added to MSTFA as retention time markers #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY GC/MS analysis is based on Oliver Fiehn methods CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE GC CH:INSTRUMENT_NAME Leco Pegasus 4D GC CH:COLUMN_NAME Restek Rtx-5Sil MS (30 x 0.25mm, 0.25um) CH:COLUMN_PRESSURE 10.4 psi CH:COLUMN_TEMPERATURE 50C(0.5 min)-330C(@20C/min)-330C(5 min) CH:FLOW_GRADIENT constant flow CH:FLOW_RATE 1.0 mL/min CH:INJECTION_TEMPERATURE 250C CH:RETENTION_INDEX FAMEs markers (C8-C30) CH:RETENTION_TIME FAMEs markers (C8-C30) CH:ANALYTICAL_TIME 20 minutes CH:OVEN_TEMPERATURE 50C(0.5 min)-330C(@20C/min)-330C(5 min) CH:TRANSFERLINE_TEMPERATURE 280C CH:SAMPLE_SYRINGE_SIZE 10 L #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:LABORATORY_NAME Eastern RCMRC (RTI) AN:ACQUISITION_DATE 02/11/14-02/19/2014 AN:SOFTWARE_VERSION Chromatof 4.50.8.0 AN:OPERATOR_NAME James Carlson AN:DETECTOR_TYPE TOF (+ ion mode) AN:DATA_FORMAT netcdf #MS MS:MS_COMMENTS - MS:INSTRUMENT_NAME Leco Pegasus 4D GCxGC TOF MS:INSTRUMENT_TYPE GC x GC-TOF MS:MS_TYPE EI MS:ION_MODE POSITIVE MS:CAPILLARY_TEMPERATURE 280C (transfer line) MS:HELIUM_FLOW 1.0 ml/min MS:ION_SOURCE_TEMPERATURE 250C MS:IONIZATION_ENERGY 70 eV MS:SOURCE_TEMPERATURE 250C MS:DATAFORMAT netcdf MS:RESOLUTION_SETTING 1200 MS:SCAN_RANGE_MOVERZ 50-800 MS:SCANNING 20 spectra/sec #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak height MS_METABOLITE_DATA_START Samples 1402110jcsa12_1 1402110jcsa19_1 1402110jcsa35_1 1402110jcsa37_1 1402110jcsa42_1 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140219ajcsa05_1 Factors treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:no treatment:Basal | pool aliquot:yes treatment:Basal | pool aliquot:yes treatment:Basal | pool aliquot:yes treatment:Basal | pool aliquot:yes treatment:DCIS | pool aliquot:no treatment:DCIS | pool aliquot:no treatment:DCIS | pool aliquot:no treatment:DCIS | pool 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pool aliquot:yes treatment:Reduction | pool aliquot:yes treatment:Reduction | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool1 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes treatment:Total Pool2 | pool aliquot:yes 1-monopalmitin 115.0000 806.0000 194.0000 96.0000 176.0000 106.0000 75.0000 323.0000 180.0000 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