#METABOLOMICS WORKBENCH escoville_20170829_063021 DATATRACK_ID:1228 STUDY_ID:ST000899 ANALYSIS_ID:AN001462 PROJECT_ID:PR000625 VERSION 1 CREATED_ON November 14, 2017, 11:11 am #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Alterations in Lipid, Amino Acid, and Energy Metabolism Distinguish Crohn PR:PROJECT_TITLE Disease from Ulcerative Colitis and Control Subjects by Serum Metabolomic PR:PROJECT_TITLE Profiling PR:PROJECT_SUMMARY Non-invasive biomarkers are needed in inflammatory bowel disease (IBD) to help PR:PROJECT_SUMMARY define disease activity and identify underlying pathogenic mechanisms. We PR:PROJECT_SUMMARY hypothesized that serum metabolomics, which produces unique metabolite profiles, PR:PROJECT_SUMMARY can aid in this search. The aim of this study was to characterize serum PR:PROJECT_SUMMARY metabolomic profiles in patients with IBD, and to assess for differences between PR:PROJECT_SUMMARY patients with ulcerative colitis (UC), Crohn disease (CD), and non-IBD subjects. PR:PROJECT_SUMMARY Serum samples from 20 UC, 20 CD, and 20 non-IBD control subjects were obtained PR:PROJECT_SUMMARY along with patient characteristics, including medication use and clinical PR:PROJECT_SUMMARY disease activity. Non-targeted metabolomic profiling was performed using PR:PROJECT_SUMMARY ultra-high performance liquid chromatography/mass spectrometry (UPLC-MS/MS) PR:PROJECT_SUMMARY optimized for basic or acidic species and hydrophilic interaction liquid PR:PROJECT_SUMMARY chromatography (HILIC/UPLC-MS/MS). PR:INSTITUTE Vanderbilt University Medical Center PR:LAST_NAME Scoville PR:FIRST_NAME Elizabeth PR:ADDRESS 1030C MRB IV, 2215 Garland Avenue, Nashville, TN, 37232, USA PR:EMAIL elizabeth.a.scoville@vanderbilt.edu PR:PHONE 615-322-5200 #STUDY ST:STUDY_TITLE Alterations in Lipid, Amino Acid, and Energy Metabolism Distinguish Crohn ST:STUDY_TITLE Disease from Ulcerative Colitis and Control Subjects by Serum Metabolomic ST:STUDY_TITLE Profiling ST:STUDY_SUMMARY Non-invasive biomarkers are needed in inflammatory bowel disease (IBD) to help ST:STUDY_SUMMARY define disease activity and identify underlying pathogenic mechanisms. We ST:STUDY_SUMMARY hypothesized that serum metabolomics, which produces unique metabolite profiles, ST:STUDY_SUMMARY can aid in this search. The aim of this study was to characterize serum ST:STUDY_SUMMARY metabolomic profiles in patients with IBD, and to assess for differences between ST:STUDY_SUMMARY patients with ulcerative colitis (UC), Crohn disease (CD), and non-IBD subjects. ST:STUDY_SUMMARY Serum samples from 20 UC, 20 CD, and 20 non-IBD control subjects were obtained ST:STUDY_SUMMARY along with patient characteristics, including medication use and clinical ST:STUDY_SUMMARY disease activity. Non-targeted metabolomic profiling was performed using ST:STUDY_SUMMARY ultra-high performance liquid chromatography/mass spectrometry (UPLC-MS/MS) ST:STUDY_SUMMARY optimized for basic or acidic species and hydrophilic interaction liquid ST:STUDY_SUMMARY chromatography (HILIC/UPLC-MS/MS). ST:INSTITUTE Vanderbilt University Medical Center ST:LAST_NAME Elizabeth ST:FIRST_NAME Scoville ST:ADDRESS 1030C MRB IV, 2215 Garland Avenue, Nashville, TN, 37232, USA ST:EMAIL elizabeth.a.scoville@vanderbilt.edu ST:PHONE 615-322-5200 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Human serum SU:SUBJECT_SPECIES Homo sapiens SU:TAXONOMY_ID 9606 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 4 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 22 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 25 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 27 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 43 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 49 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 50 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 51 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 52 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 54 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 59 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 67 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 69 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 73 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 75 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 76 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 79 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 86 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 121 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 144 Type:Control SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 12 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 18 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 35 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 48 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 56 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 63 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 68 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 71 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 77 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 80 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 88 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 90 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 91 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 125 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 130 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 143 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 157 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 168 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 194 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 197 Type:Ulcerative Colitis SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 303 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 304 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 305 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 306 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 309 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 310 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 313 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 318 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 321 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 324 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 327 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 329 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 330 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 333 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 335 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 337 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 341 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 342 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 345 Type:Crohn disease SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 347 Type:Crohn disease #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Patients with confirmed UC (n = 20) were recruited from either the outpatient CO:COLLECTION_SUMMARY endoscopy unit or IBD clinic at Vanderbilt University Medical Center. Patients CO:COLLECTION_SUMMARY with confirmed CD (n = 20) were recruited from the IBD clinic at Vanderbilt CO:COLLECTION_SUMMARY University Medical Center. IBD diagnosis was determined by accepted clinical and CO:COLLECTION_SUMMARY histologic criteria by an IBD specialist. Non-IBD control subjects (n = 20) were CO:COLLECTION_SUMMARY recruited from patients undergoing colonoscopy for colorectal cancer screening CO:COLLECTION_SUMMARY or other non-IBD related indications. Individuals who were pregnant, had known CO:COLLECTION_SUMMARY coagulopathy or bleeding disorders, known renal or hepatic impairment, prior CO:COLLECTION_SUMMARY organ transplant, or were unable to give informed consent were excluded. Blood CO:COLLECTION_SUMMARY was collected in a vacutainer without additives and allowed to clot. The sample CO:COLLECTION_SUMMARY was centrifuged within an hour of collection and serum was aliquoted. Serum CO:COLLECTION_SUMMARY samples were snap frozen with dry ice and then stored at –80°C. #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Individuals were categorized as either having Crohn disease, Ulcerative colitis, TR:TREATMENT_SUMMARY or as non-IBD controls by accepted clinical and histologic criteria by an IBD TR:TREATMENT_SUMMARY specialist. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY : All samples were maintained at -80oC until processed. Samples were prepared SP:SAMPLEPREP_SUMMARY using the automated MicroLab STAR® system from Hamilton Company. Several SP:SAMPLEPREP_SUMMARY recovery standards were added prior to the first step in the extraction process SP:SAMPLEPREP_SUMMARY for QC purposes. To remove protein, dissociate small molecules bound to protein SP:SAMPLEPREP_SUMMARY or trapped in the precipitated protein matrix, and to recover chemically diverse SP:SAMPLEPREP_SUMMARY metabolites, proteins were precipitated with methanol under vigorous shaking for SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 2 min (Glen Mills GenoGrinder 2000) followed by centrifugation. The resulting SP:SAMPLEPREP_SUMMARY extract was divided into five fractions: two for analysis by two separate SP:SAMPLEPREP_SUMMARY reverse phase (RP)/UPLC-MS/MS methods with positive ion mode electrospray SP:SAMPLEPREP_SUMMARY ionization (ESI), one for analysis by RP/UPLC-MS/MS with negative ion mode ESI, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY one for analysis by HILIC/UPLC-MS/MS with negative ion mode ESI, and one sample SP:SAMPLEPREP_SUMMARY was reserved for backup. Samples were placed briefly on a TurboVap® (Zymark) to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY remove the organic solvent. The sample extracts were stored overnight under SP:SAMPLEPREP_SUMMARY nitrogen before preparation for analysis. SP:SAMPLEPREP_PROTOCOL_FILENAME SupplementalMaterial1.docx #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY One aliquot was analyzed using acidic positive ion conditions, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY chromatographically optimized for more hydrophilic compounds. In this method, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY the extract was gradient-eluted from a C18 column (Waters UPLC BEH C18-2.1x100 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY mm, 1.7 µm) using water and methanol, containing 0.05% perfluoropentanoic acid CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (PFPA) and 0.1% formic acid (FA). A 2nd aliquot was also analyzed using acidic CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY positive ion conditions, however it was chromatographically optimized for more CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY hydrophobic compounds. In this method, the extract was gradient eluted from the CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY same C18 column using methanol, acetonitrile, water, 0.05% PFPA, and 0.01% FA CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY and was operated at an overall higher organic content. A 3rd aliquot was CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY analyzed using basic negative ion optimized conditions using a separate CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY dedicated C18 column. The basic extracts were gradient eluted from the column CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY using methanol and water, however with 6.5mM ammonium bicarbonate at pH 8. CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase CH:INSTRUMENT_NAME Waters Acquity CH:COLUMN_NAME Waters Acquity BEH C18 (100 x 2.1mm, 1.7um) #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:ION_MODE POSITIVE MS:MS_COMMENTS Waters ACQUITY ultra-performance liquid chromatography (UPLC) Thermo Scientific MS:MS_COMMENTS Q-Exactive high resolution/accurate mass spectrometer interfaced with a heated MS:MS_COMMENTS electrospray ionization (HESI-II) source and Orbitrap mass analyzer operated at MS:MS_COMMENTS 35,000 mass resolution MS:RESOLUTION_SETTING 35,000 #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS raw area counts MS_METABOLITE_DATA_START Samples 4 22 25 27 43 49 50 51 52 54 59 67 69 73 75 76 79 86 121 144 12 18 35 48 56 63 68 71 77 80 88 90 91 125 130 143 157 168 194 197 303 304 305 306 309 310 313 318 321 324 327 329 330 333 335 337 341 342 345 347 Factors Type:Control Type:Control Type:Control Type:Control Type:Control 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