#METABOLOMICS WORKBENCH ythzhang_20201119_165241 DATATRACK_ID:2278 STUDY_ID:ST001608 ANALYSIS_ID:AN002642 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Comparing gas chromatography with time-of-flight, quadrupole time-of-light and PR:PROJECT_TITLE quadrupole mass spectrometry for stable isotope tracing PR:PROJECT_SUMMARY Stable isotope tracers are applied in vivo and in vitro studies to reveal the PR:PROJECT_SUMMARY activity of enzymes and intracellular metabolic pathways. Most often, such PR:PROJECT_SUMMARY tracers are used with gas chromatography coupled to mass spectrometry (GC-MS) PR:PROJECT_SUMMARY due to its ease of operation and reproducible mass spectral databases. PR:PROJECT_SUMMARY Differences in isotope tracer performance of classic GC-quadrupole MS instrument PR:PROJECT_SUMMARY and newer time-of-flight instruments are not well-studied. Here, we used three PR:PROJECT_SUMMARY commercially available instruments for the analysis of identical samples from a PR:PROJECT_SUMMARY stable isotope labeling study that used [U-13C6] d-glucose to investigate the PR:PROJECT_SUMMARY metabolism of Rothia mucilaginosa with respect to 29 amino acids and hydroxyl PR:PROJECT_SUMMARY acids involved in primary metabolism. Overall, all three GC-MS instruments PR:PROJECT_SUMMARY (low-resolution GC-SQ-MS, low-resolution GC-TOF-MS, and high-resolution PR:PROJECT_SUMMARY GC-Q-TOF-MS) can be used to perform stable isotope tracing studies for PR:PROJECT_SUMMARY glycolytic intermediates, TCA metabolites and amino acids, yielding similar PR:PROJECT_SUMMARY biological results, with high-resolution GC-Q-TOF-MS offering additional PR:PROJECT_SUMMARY capabilities to identify chemical structures of unknown compounds that might PR:PROJECT_SUMMARY show significant isotope enrichments in biological studies. PR:INSTITUTE University of California, Davis PR:LABORATORY Oliver Fiehn PR:LAST_NAME Ying PR:FIRST_NAME Zhang PR:ADDRESS West Coast Metabolomics Center, University of California, Davis PR:EMAIL ythzhang@ucdavis.edu PR:PHONE +1-530-754-8258 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M85M45 #STUDY ST:STUDY_TITLE Comparing gas chromatography with time-of-flight, quadrupole time-of-flight and ST:STUDY_TITLE quadrupole mass spectrometry for stable isotope tracing (part-I) ST:STUDY_SUMMARY Stable isotope tracers are applied in vivo and in vitro studies to reveal the ST:STUDY_SUMMARY activity of enzymes and intracellular metabolic pathways. Most often, such ST:STUDY_SUMMARY tracers are used with gas chromatography coupled to mass spectrometry (GC-MS) ST:STUDY_SUMMARY due to its ease of operation and reproducible mass spectral databases. ST:STUDY_SUMMARY Differences in isotope tracer performance of classic GC-quadrupole MS instrument ST:STUDY_SUMMARY and newer time-of-flight instruments are not well-studied. Here, we used three ST:STUDY_SUMMARY commercially available instruments for the analysis of identical samples from a ST:STUDY_SUMMARY stable isotope labeling study that used [U-13C6] d-glucose to investigate the ST:STUDY_SUMMARY metabolism of Rothia mucilaginosa with respect to 29 amino acids and hydroxyl ST:STUDY_SUMMARY acids involved in primary metabolism. Overall, all three GC-MS instruments ST:STUDY_SUMMARY (low-resolution GC-SQ-MS, low-resolution GC-TOF-MS, and high-resolution ST:STUDY_SUMMARY GC-Q-TOF-MS) can be used to perform stable isotope tracing studies for ST:STUDY_SUMMARY glycolytic intermediates, TCA metabolites and amino acids, yielding similar ST:STUDY_SUMMARY biological results, with high-resolution GC-Q-TOF-MS offering additional ST:STUDY_SUMMARY capabilities to identify chemical structures of unknown compounds that might ST:STUDY_SUMMARY show significant isotope enrichments in biological studies. ST:INSTITUTE University of California, Davis ST:LABORATORY Oliver Fiehn ST:LAST_NAME Zhang ST:FIRST_NAME Ying ST:ADDRESS West Coast Metabolomics Center, University of California, Davis, 95616, CA, USA ST:EMAIL ythzhang@ucdavis.edu ST:PHONE +1-530-754-8258 ST:SUBMIT_DATE 2020-11-19 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Bacteria SU:SUBJECT_SPECIES Rothia mucilaginosa SU:TAXONOMY_ID 43675 SU:GENOTYPE_STRAIN RmFLR01 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Rothia40_01 Condition:Ambient | Collection time:12h Technical replicate=Rothia40; RAW_FILE_NAME=170827_QTOFBG_Rothia40_5Hz_501050_001.D; RAW_FILE_NAME=170827_SQBG_Rothia40_1_5Hz_501050_001.D; RAW_FILE_NAME=170827_QTOFBG_Rothia40_5Hz_501050_001.D 170827_SQBG_Rothia40_1_5Hz_501050_001.D SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Rothia40_02 Condition:Ambient | Collection time:12h Technical replicate=Rothia40; RAW_FILE_NAME=170827_QTOFBG_Rothia40_5Hz_501050_002.D; 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Then, the mixture was diluted to reach a final CO:COLLECTION_SUMMARY concentration of 50 µg/mL working solution. Rothia mucilaginosa strain RmFLR01 CO:COLLECTION_SUMMARY was isolated from a cystic fibrosis (CF) patient at the UC San Diego Adult CF CO:COLLECTION_SUMMARY Clinic. R. mucilaginosa cultures were grown in triplicates in artificial-sputum CO:COLLECTION_SUMMARY medium spiked with 100 mM [U-13C6] d-glucose (Cambridge Isotope Laboratory, CO:COLLECTION_SUMMARY Tewksbury, MA, USA) under anaerobic and aerobic conditions (5% CO2) at 37°C and CO:COLLECTION_SUMMARY harvested at 4, 8, 12 and 24 h for isotope tracer analyses. CO:SAMPLE_TYPE Bacterial cells #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY For the 29 unlabeled standards mixture, 10 µL of the final solution was dried TR:TREATMENT_SUMMARY down for GC-MS measurement. Derivatization and data acquisition of mixture TR:TREATMENT_SUMMARY aliquots by GC-MS were reproduced on three days for inter-day precision. Dried TR:TREATMENT_SUMMARY mixtures were derivatized by adding 10 µL of 40 mg/mL methoxyamine TR:TREATMENT_SUMMARY hydrochloride (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) in pyridine (Sigma-Aldrich, TR:TREATMENT_SUMMARY St. Louis, MO, USA) and shaking at 30°C for 1.5 h. Subsequently, 90 µL MTBSTFA TR:TREATMENT_SUMMARY (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) was added with 13 fatty acid methyl esters TR:TREATMENT_SUMMARY (FAMEs) as retention index markers and shaken at 80°C for 30 min. Samples were TR:TREATMENT_SUMMARY immediately transferred to crimp top vials and injected onto each GC-MS TR:TREATMENT_SUMMARY instrument. Same samples of R. mucilaginosa cultures were extracted using TR:TREATMENT_SUMMARY published methods [19]. Samples were added 1 mL pre-chilled, degassed TR:TREATMENT_SUMMARY acetonitrile: isopropanol: water (v/v/v 3:3:2, Fisher Scientific) followed by TR:TREATMENT_SUMMARY vortexing 30 s and shaking at 4°C for 5 min. Samples were centrifuged for 2 min TR:TREATMENT_SUMMARY at 12,210 × g to precipitate debris from extracts. Supernatants were collected TR:TREATMENT_SUMMARY and split into two equal portions. One aliquot was dried to completeness in a TR:TREATMENT_SUMMARY Labconco cold trap centrifuge evaporator and then resuspended in 0.5 mL degassed TR:TREATMENT_SUMMARY acetonitrile: water (v/v 1:1, Fisher Scientific) to remove triacylglycerides. TR:TREATMENT_SUMMARY Resuspension solutions were vortexed for 30s and centrifuged for 2 min. TR:TREATMENT_SUMMARY Supernatants were transferred into clean Eppendorf tubes and dried down TR:TREATMENT_SUMMARY completely. Dried extracts were derivatized as given above. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY For the 29 unlabeled standards mixture, 10 µL of the final solution was dried SP:SAMPLEPREP_SUMMARY down for GC-MS measurement. Derivatization and data acquisition of mixture SP:SAMPLEPREP_SUMMARY aliquots by GC-MS were reproduced on three days for inter-day precision. Dried SP:SAMPLEPREP_SUMMARY mixtures were derivatized by adding 10 µL of 40 mg/mL methoxyamine SP:SAMPLEPREP_SUMMARY hydrochloride (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) in pyridine (Sigma-Aldrich, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY St. Louis, MO, USA) and shaking at 30°C for 1.5 h. Subsequently, 90 µL MTBSTFA SP:SAMPLEPREP_SUMMARY (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) was added with 13 fatty acid methyl esters SP:SAMPLEPREP_SUMMARY (FAMEs) as retention index markers and shaken at 80°C for 30 min. Samples were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY immediately transferred to crimp top vials and injected onto each GC-MS SP:SAMPLEPREP_SUMMARY instrument. Same samples of R. mucilaginosa cultures were extracted using SP:SAMPLEPREP_SUMMARY published methods [19]. Samples were added 1 mL pre-chilled, degassed SP:SAMPLEPREP_SUMMARY acetonitrile: isopropanol: water (v/v/v 3:3:2, Fisher Scientific) followed by SP:SAMPLEPREP_SUMMARY vortexing 30 s and shaking at 4°C for 5 min. Samples were centrifuged for 2 min SP:SAMPLEPREP_SUMMARY at 12,210 × g to precipitate debris from extracts. Supernatants were collected SP:SAMPLEPREP_SUMMARY and split into two equal portions. One aliquot was dried to completeness in a SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Labconco cold trap centrifuge evaporator and then resuspended in 0.5 mL degassed SP:SAMPLEPREP_SUMMARY acetonitrile: water (v/v 1:1, Fisher Scientific) to remove triacylglycerides. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Resuspension solutions were vortexed for 30s and centrifuged for 2 min. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Supernatants were transferred into clean Eppendorf tubes and dried down SP:SAMPLEPREP_SUMMARY completely. Dried extracts were derivatized as given above. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY an Agilent 7890 GC system installed with a Restek RTX-5Sil MS column (30m CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY length, 0.25 mm i.d, 0.25 μM df, 95% dimethyl/5%diphenyl polysiloxane film) CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY with an additional 10m guard column. For Q-TOF-MS analyses,GC parameters were CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY used by injecting 1 µL of derivatized sample into the GC in splitless mode at CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY an injection temperature of 250°C and a constant flow of 1 mL/min. The initial CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY oven temperature was held at 60°C for 0.5 min, and ramped at a rate of CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY 10°C/min to 325°C that was maintained for 10 min for a total run time of 37 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY min. CH:INSTRUMENT_NAME Agilent 7890A CH:COLUMN_NAME Restek Rtx-5Sil (30m x 0.25mm,0.25um) CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE GC #ANALYSIS AN:LABORATORY_NAME Oliver Fiehn AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:OPERATOR_NAME Ying Zhang #MS MS:INSTRUMENT_NAME Agilent 5977 MS:INSTRUMENT_TYPE Single quadrupole MS:MS_TYPE EI MS:MS_COMMENTS MassHunter Quantitative Analysis B.07.00 version was used to process the data MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Peak height MS_METABOLITE_DATA_START Samples Rothia40_01 Rothia40_02 Rothia40_03 Rothia40_04 Rothia40_05 Rothia40_06 Rothia40_07 Rothia40_08 Rothia40_09 Rothia40_10 Rothia41_01 Rothia41_02 Rothia41_03 Rothia41_04 Rothia41_05 Rothia41_06 Rothia41_07 Rothia41_08 Rothia41_09 Rothia41_10 Rothia42_01 Rothia42_02 Rothia42_03 Rothia42_04 Rothia42_05 Rothia42_06 Rothia42_07 Rothia42_08 Rothia42_09 Rothia42_10 Rothia43_01 Rothia43_02 Rothia43_03 Rothia43_04 Rothia43_05 Rothia43_06 Rothia43_07 Rothia43_08 Rothia43_09 Rothia43_10 Rothia44_01 Rothia44_02 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