#METABOLOMICS WORKBENCH bcdefelice_20220801_095951 DATATRACK_ID:3376 STUDY_ID:ST002263 ANALYSIS_ID:AN003696 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Intermittent fasting induces rapid hepatocyte proliferation to maintain the PR:PROJECT_TITLE hepatostat PR:PROJECT_SUMMARY Nutrient availability fluctuates in most natural populations, forcing organisms PR:PROJECT_SUMMARY to undergo periods of fasting and re-feeding. It is unknown how dietary change PR:PROJECT_SUMMARY influences liver homeostasis. Here, we show that a switch from ad libitum PR:PROJECT_SUMMARY feeding to intermittent fasting (IF) promotes rapid hepatocyte proliferation. PR:PROJECT_SUMMARY Mechanistically, IF- induced hepatocyte proliferation is driven by the combined PR:PROJECT_SUMMARY action of intestinally produced, systemic endocrine FGF15 and localized WNT PR:PROJECT_SUMMARY signaling. IF proliferation re-establishes a constant liver-to-body-mass ratio PR:PROJECT_SUMMARY during periods of fasting and re-feeding, a process termed the hepatostat. This PR:PROJECT_SUMMARY study provides the first example of dietary influence on adult hepatocyte PR:PROJECT_SUMMARY proliferation, and challenges the widely held view that liver tissue is mostly PR:PROJECT_SUMMARY quiescent unless chemically or mechanically injured. PR:INSTITUTE Stanford University PR:LAST_NAME DeFelice PR:FIRST_NAME Brian PR:ADDRESS 1291 Welch Rd., Rm. G0821 (SIM1), Stanford CA, California, 94305, USA PR:EMAIL bcdefelice@ucdavis.edu PR:PHONE 5303564485 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8Z119 #STUDY ST:STUDY_TITLE Intermittent fasting induces rapid hepatocyte proliferation to maintain the ST:STUDY_TITLE hepatostat ST:STUDY_SUMMARY Nutrient availability fluctuates in most natural populations, forcing organisms ST:STUDY_SUMMARY to undergo periods of fasting and re-feeding. It is unknown how dietary change ST:STUDY_SUMMARY influences liver homeostasis. Here, we show that a switch from ad libitum ST:STUDY_SUMMARY feeding to intermittent fasting (IF) promotes rapid hepatocyte proliferation. ST:STUDY_SUMMARY Mechanistically, IF- induced hepatocyte proliferation is driven by the combined ST:STUDY_SUMMARY action of intestinally produced, systemic endocrine FGF15 and localized WNT ST:STUDY_SUMMARY signaling. IF proliferation re-establishes a constant liver-to-body-mass ratio ST:STUDY_SUMMARY during periods of fasting and re-feeding, a process termed the hepatostat. This ST:STUDY_SUMMARY study provides the first example of dietary influence on adult hepatocyte ST:STUDY_SUMMARY proliferation, and challenges the widely held view that liver tissue is mostly ST:STUDY_SUMMARY quiescent unless chemically or mechanically injured. ST:INSTITUTE Stanford University ST:LAST_NAME DeFelice ST:FIRST_NAME Brian ST:ADDRESS 1291 Welch Rd. ST:EMAIL bcdefelice@ucdavis.edu ST:PHONE 5303564485 ST:SUBMIT_DATE 2022-08-01 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Klb_KO_AL_2 Klb_KO_AL_2 Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Batch=1; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Neg_1_MSA0006.raw; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Pos_1_MSA0006.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Klb_KO_AL_3 Klb_KO_AL_3 Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Batch=1; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Neg_1_MSA0018.raw; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Pos_1_MSA0018.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Klb_KO_AL_4 Klb_KO_AL_4 Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Batch=1; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Neg_1_MSA0014.raw; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Pos_1_MSA0014.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Klb_KO_AL_5 Klb_KO_AL_5 Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Batch=1; 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Samples included Control, Klb KO and Tbx3 KO livers. CO:SAMPLE_TYPE Liver #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Liver samples were collected from mice 3 weeks after intermittent fasting or ad TR:TREATMENT_SUMMARY libitum feeding. Samples included Control, Klb KO and Tbx3 KO livers. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Liver specimens were harvested and immediately flash frozen in LN2 then stored SP:SAMPLEPREP_SUMMARY at -80°C. While kept on dry ice a 20 mg sample was removed from each liver SP:SAMPLEPREP_SUMMARY specimen, massed using an analytical balance, and placed in a 2 mL round bottom SP:SAMPLEPREP_SUMMARY polypropylene tube containing 4-6, 2.3 mm stainless steel beads. 500 µL of SP:SAMPLEPREP_SUMMARY -20°C extraction solution (methanol: acetonitrile: water, 2:2:1) containing SP:SAMPLEPREP_SUMMARY stable isotope labeled metabolite standards was added to each sample tube. Ratio SP:SAMPLEPREP_SUMMARY of 20 mg to 500 µL was retained when masses were not exactly 20 mg. All samples SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were homogenized at an amplitude of 20 Hz for 15 minutes and stored at -20°C SP:SAMPLEPREP_SUMMARY for one hour to maximize protein precipitation. Samples were then vortexed for SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 20 seconds and centrifuged at 4°C for 5 minutes, speed 14,000 rcf. 120 µL of SP:SAMPLEPREP_SUMMARY supernatant was removed from each tube and filtered using 0.2 µm polyvinylidene SP:SAMPLEPREP_SUMMARY fluoride filter (Agilent Technologies P/N: 203980-100) and collected via 6,000 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY rcf centrifuge for 4 minutes. An additional 50uL was removed from each sample SP:SAMPLEPREP_SUMMARY and combined into 5 pooled samples analyzed at equal intervals throughout the SP:SAMPLEPREP_SUMMARY analysis to ensure stable signal. Extracts, pools, and procedural blanks were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY sealed and stored at 4°C until prompt analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Untargeted metabolomics analysis was conducted as described previously CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://www.nature.com/articles/s41586-021-03707-9) with some modification. CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Liver extracts were analyzed via hydrophilic interaction liquid chromatography CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (HILIC) coupled to a Thermo Q-Exactive HF high resolution mass spectrometer. CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Each sample was analyzed in both positive and negative ionization modes (ESI+, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY ESI-) via subsequent injections. Full MS-ddMS2 data was collected, an inclusion CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY list was used to prioritize MS2 selection of metabolites from our in-house CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY ‘local’ library, when additional scan bandwidth was available MS2 was CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY collected in a data-dependent manner. Mass range was 60-900 mz, resolution was CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY 60k (MS1) and 15k (MS2), centroid data was collected, loop count was 4, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY isolation window was 1.5 Da. Metabolomics data was processed using MS-DIAL v4.60 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://www.nature.com/articles/s41587-020-0531-2) and queried against a CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY combination of our in-house MS2 library CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://www.nature.com/articles/s41586-021-03707-9) and MassBank of North CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY America, the largest freely available spectral repository CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://doi.org/10.1002/mas.21535). Annotations were scored using guidelines CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY from the metabolomics standards initiative CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://www.nature.com/articles/nbt0807-846b). Features were excluded from CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY analysis if peak height was not at least 5-fold greater in one or more samples CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY compared to the procedural blank average. Statistical analysis of annotated CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY features was implemented using MetaboAnalyst 5.0 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://doi.org/10.1093/nar/gkab382). Data visualization including principal CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY component analysis and volcano plots were generated using log10 transformed peak CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY heights. CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Vanquish CH:COLUMN_NAME Waters Acquity BEH Amide (150 x 2.1mm,1.7um) CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:ANALYSIS_PROTOCOL_FILE DeFelice_Methods.docx #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive HF hybrid Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Full MS-ddMS2 data was collected, an inclusion list was used to prioritize MS2 MS:MS_COMMENTS selection of metabolites from our in-house ‘local’ library, when additional MS:MS_COMMENTS scan bandwidth was available MS2 was collected in a data-dependent manner. Mass MS:MS_COMMENTS range was 60-900 mz, resolution was 60k (MS1) and 15k (MS2), centroid data was MS:MS_COMMENTS collected, loop count was 4, isolation window was 1.5 Da. Metabolomics data was MS:MS_COMMENTS processed using MS-DIAL v4.60. Features were excluded from analysis if peak MS:MS_COMMENTS height was not at least 5-fold greater in one or more samples compared to the MS:MS_COMMENTS procedural blank average. MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS relative counts MS_METABOLITE_DATA_START Samples Klb_KO_AL_2 Klb_KO_AL_3 Klb_KO_AL_4 Klb_KO_AL_5 Klb_KO_IF_2 Klb_KO_IF_3 Klb_KO_IF_4 Klb_KO_IF_5 Tbx3_KO_AL_1 Tbx3_KO_AL_2 Tbx3_KO_AL_3 Tbx3_KO_IF_1 Tbx3_KO_IF_2 Tbx3_KO_IF_3 Tbx3_KO_IF_4 AL_1 AL_2 Al_3 AL_4 IF_1 IF_2 IF_4 IF_5 Factors Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Klb Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Klb Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Klb Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Klb Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Wild-type | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Wild-type | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Wild-type | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Wild-type | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Wild-type | Treatment:intermittent fasting Genotype:Wild-type | Treatment:intermittent fasting Genotype:Wild-type | Treatment:intermittent fasting Genotype:Wild-type | Treatment:intermittent fasting 1-(1Z-Octadecenyl)-sn-glycero-3-phosphocholine 1100615.0000 830907.0000 467147.0000 318250.0000 309108.0000 292648.0000 340694.0000 422590.0000 363949.0000 669365.0000 189355.0000 191789.0000 181426.0000 186290.0000 131879.0000 344272.0000 370581.0000 404808.0000 667188.0000 269531.0000 231999.0000 212294.0000 159974.0000 1_2-Diarachidonoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 1811347.0000 1694366.0000 916528.0000 1911485.0000 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1_2-Dipalmitoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 1095086.0000 936843.0000 717971.0000 1334481.0000 762236.0000 1209104.0000 666406.0000 499489.0000 840782.0000 901199.0000 766607.0000 914098.0000 1001354.0000 1193442.0000 1329664.0000 839813.0000 1092916.0000 1107691.0000 1121625.0000 1435368.0000 1120903.0000 1024625.0000 1504600.0000 1_Acetylcarnitine_d3 496238592.0000 487586880.0000 501374400.0000 459278272.0000 492511008.0000 479814720.0000 545202496.0000 442389824.0000 486697920.0000 544298624.0000 479007744.0000 489120480.0000 504337952.0000 467076128.0000 485112320.0000 480904000.0000 460864896.0000 460827200.0000 493467712.0000 494545984.0000 511003936.0000 504225408.0000 459906752.0000 1_Carnitine_d3 528612064.0000 567811840.0000 544673280.0000 524207520.0000 505494240.0000 508804544.0000 556537600.0000 531828960.0000 522286080.0000 579762496.0000 535285408.0000 508459776.0000 526403808.0000 516171520.0000 536520480.0000 523617952.0000 533144512.0000 590285440.0000 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L-Arachidonoylcarnitine 491491.0000 628224.0000 234413.0000 584679.0000 615407.0000 559414.0000 435051.0000 990438.0000 616195.0000 294339.0000 621578.0000 150894.0000 363649.0000 307102.0000 426734.0000 296360.0000 263570.0000 612021.0000 253902.0000 234333.0000 277357.0000 131980.0000 213375.0000 Leucine 12878321.0000 12595926.0000 7541076.0000 9284335.0000 13675948.0000 11678535.0000 11816849.0000 11945573.0000 11472012.0000 10148809.0000 12225961.0000 11289551.0000 12113952.0000 11121958.0000 9667383.0000 11972692.0000 11877009.0000 13114115.0000 13838503.0000 9116590.0000 8116062.0000 9002912.0000 9774241.0000 L-Glutarylcarnitine 1204604.0000 2659286.0000 1456504.0000 858986.0000 881191.0000 849524.0000 2215359.0000 2811877.0000 981510.0000 1321547.0000 1085736.0000 666029.0000 816162.0000 763085.0000 742866.0000 909538.0000 815244.0000 888417.0000 708125.0000 671677.0000 664740.0000 746513.0000 1190899.0000 Linoleoylcarnitine 1015417.0000 1809507.0000 385954.0000 1192880.0000 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4253236.0000 4059266.0000 3717938.0000 4162876.0000 3812473.0000 3543468.0000 4609612.0000 3803325.0000 2943136.0000 3269298.0000 3209435.0000 Phosphocholine 217933552.0000 58286376.0000 135657824.0000 82700584.0000 19486972.0000 56710240.0000 15205409.0000 19609086.0000 161423648.0000 31524484.0000 129272920.0000 59356872.0000 122375832.0000 109674184.0000 63116036.0000 107067216.0000 156130720.0000 36668484.0000 53765616.0000 67799224.0000 27805968.0000 125285408.0000 198919744.0000 Pipecolic acid 160981.0000 191950.0000 267570.0000 221636.0000 212580.0000 214150.0000 169198.0000 120874.0000 185507.0000 143398.0000 227250.0000 225888.0000 203409.0000 204668.0000 237762.0000 169571.0000 180067.0000 225379.0000 266034.0000 180554.0000 230009.0000 282955.0000 205296.0000 Proline 7187374.0000 6785214.0000 5286596.0000 4387370.0000 5951790.0000 5690136.0000 5549456.0000 7705044.0000 5534513.0000 5802258.0000 5742394.0000 6045566.0000 5767648.0000 6448450.0000 5097754.0000 4840235.0000 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METABOLITES_START metabolite_name pubchem_id inchi_key kegg_id other_id other_id_type ri ri_type moverz_quant 1-(1Z-Octadecenyl)-sn-glycero-3-phosphocholine 5.534 508.37497 1,2-Diarachidonoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 4.371 830.56891 1,2-Dihexadecanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 4.649 734.56818 1,2-Dilinoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 4.459 782.56836 1,2-Dipalmitoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 4.596 730.53723 1_Acetylcarnitine_d3 7.109 207.14154 1_Carnitine_d3 7.735 165.13089 1_CUDA 1.115 341.27921 1_D3-1-Methylnicotinamide 6.146 140.08945 1_D9-Choline iSTD 5.046 113.16362 1_Glutamine_d5 8.586 152.10762 1-Heptadecanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 5.501 510.35474 1-Hexadecanoyl-2-sn-glycero-3-phosphate 5.654 393.23895 1-Hexadecyl-sn-glycero-3-phosphocholine 5.58 482.35971 1_HippuricAcid-d5 3.002 185.09669 1_Lysine-d8 9.54 155.16269 1_Methionine_d8 7.433 158.10834 1-Methyladenosine 7.382 282.11929 1-Methylhistamine 7.314 126.10265 1-Methyl-L-histidine 8.962 170.09229 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cation 1.12 332.33047 Betaine 7.158 118.08626 Betaine aldehyde cation 5.79 120.10201 C18+M160T67 7.413 160.03665 Carnitine 7.734 162.11229 Carnosine 9.569 227.11357 Choline [M]+ 5.061 104.1073 Citrulline 8.906 176.10286 Creatine 8.066 132.0766 Creatinine 4.823 114.06638 Cystathionine 9.87 223.07436 CYTIDINE 5'-DIPHOSPHOCHOLINE 9.847 489.11426 Cytidine-5'-monophosphate 9.528 324.05884 Cytosine 5.812 112.0508 Decanoyl-L-carnitine 4.192 316.24765 DEOXYCARNITINE 7.724 146.11743 Equol 1.134 243.10121 Ergothioneine 7.811 230.09537 Ethanolamine 7.251 62.06076 FAD 9.616 786.16455 gamma-Glutamyl-cysteine 9.088 251.06926 Gln-Ala 8.754 218.11324 Gln-Gly 9.097 204.09756 Gln-Thr 9.046 248.12354 Glucose-1-phosphate 9.675 261.03638 Glucose-6-phosphate 9.805 261.0365 Glutamic acid 8.761 148.0602 Glutamine 8.58 147.07626 Glutathione (oxidized) 10.183 613.15918 Glutathione (reduced) 9.061 308.0903 Glycocholic acid 6.186 466.31583 Guanidinosuccinic acid 8.768 176.06642 Guanosine 5'-monophosphate 9.581 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