#METABOLOMICS WORKBENCH bcdefelice_20220801_095951 DATATRACK_ID:3376 STUDY_ID:ST002263 ANALYSIS_ID:AN003697 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Intermittent fasting induces rapid hepatocyte proliferation to maintain the PR:PROJECT_TITLE hepatostat PR:PROJECT_SUMMARY Nutrient availability fluctuates in most natural populations, forcing organisms PR:PROJECT_SUMMARY to undergo periods of fasting and re-feeding. It is unknown how dietary change PR:PROJECT_SUMMARY influences liver homeostasis. Here, we show that a switch from ad libitum PR:PROJECT_SUMMARY feeding to intermittent fasting (IF) promotes rapid hepatocyte proliferation. PR:PROJECT_SUMMARY Mechanistically, IF- induced hepatocyte proliferation is driven by the combined PR:PROJECT_SUMMARY action of intestinally produced, systemic endocrine FGF15 and localized WNT PR:PROJECT_SUMMARY signaling. IF proliferation re-establishes a constant liver-to-body-mass ratio PR:PROJECT_SUMMARY during periods of fasting and re-feeding, a process termed the hepatostat. This PR:PROJECT_SUMMARY study provides the first example of dietary influence on adult hepatocyte PR:PROJECT_SUMMARY proliferation, and challenges the widely held view that liver tissue is mostly PR:PROJECT_SUMMARY quiescent unless chemically or mechanically injured. PR:INSTITUTE Stanford University PR:LAST_NAME DeFelice PR:FIRST_NAME Brian PR:ADDRESS 1291 Welch Rd., Rm. G0821 (SIM1), Stanford CA, California, 94305, USA PR:EMAIL bcdefelice@ucdavis.edu PR:PHONE 5303564485 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M8Z119 #STUDY ST:STUDY_TITLE Intermittent fasting induces rapid hepatocyte proliferation to maintain the ST:STUDY_TITLE hepatostat ST:STUDY_SUMMARY Nutrient availability fluctuates in most natural populations, forcing organisms ST:STUDY_SUMMARY to undergo periods of fasting and re-feeding. It is unknown how dietary change ST:STUDY_SUMMARY influences liver homeostasis. Here, we show that a switch from ad libitum ST:STUDY_SUMMARY feeding to intermittent fasting (IF) promotes rapid hepatocyte proliferation. ST:STUDY_SUMMARY Mechanistically, IF- induced hepatocyte proliferation is driven by the combined ST:STUDY_SUMMARY action of intestinally produced, systemic endocrine FGF15 and localized WNT ST:STUDY_SUMMARY signaling. IF proliferation re-establishes a constant liver-to-body-mass ratio ST:STUDY_SUMMARY during periods of fasting and re-feeding, a process termed the hepatostat. This ST:STUDY_SUMMARY study provides the first example of dietary influence on adult hepatocyte ST:STUDY_SUMMARY proliferation, and challenges the widely held view that liver tissue is mostly ST:STUDY_SUMMARY quiescent unless chemically or mechanically injured. ST:INSTITUTE Stanford University ST:LAST_NAME DeFelice ST:FIRST_NAME Brian ST:ADDRESS 1291 Welch Rd. ST:EMAIL bcdefelice@ucdavis.edu ST:PHONE 5303564485 ST:SUBMIT_DATE 2022-08-01 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Klb_KO_AL_2 Klb_KO_AL_2 Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Batch=1; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Neg_1_MSA0006.raw; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Pos_1_MSA0006.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Klb_KO_AL_3 Klb_KO_AL_3 Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Batch=1; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Neg_1_MSA0018.raw; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Pos_1_MSA0018.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Klb_KO_AL_4 Klb_KO_AL_4 Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Batch=1; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Neg_1_MSA0014.raw; RAW_FILE_NAME=metaboproj_162_20211103_Pos_1_MSA0014.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Klb_KO_AL_5 Klb_KO_AL_5 Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Batch=1; 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Samples included Control, Klb KO and Tbx3 KO livers. CO:SAMPLE_TYPE Liver #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY Liver samples were collected from mice 3 weeks after intermittent fasting or ad TR:TREATMENT_SUMMARY libitum feeding. Samples included Control, Klb KO and Tbx3 KO livers. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Liver specimens were harvested and immediately flash frozen in LN2 then stored SP:SAMPLEPREP_SUMMARY at -80°C. While kept on dry ice a 20 mg sample was removed from each liver SP:SAMPLEPREP_SUMMARY specimen, massed using an analytical balance, and placed in a 2 mL round bottom SP:SAMPLEPREP_SUMMARY polypropylene tube containing 4-6, 2.3 mm stainless steel beads. 500 µL of SP:SAMPLEPREP_SUMMARY -20°C extraction solution (methanol: acetonitrile: water, 2:2:1) containing SP:SAMPLEPREP_SUMMARY stable isotope labeled metabolite standards was added to each sample tube. Ratio SP:SAMPLEPREP_SUMMARY of 20 mg to 500 µL was retained when masses were not exactly 20 mg. All samples SP:SAMPLEPREP_SUMMARY were homogenized at an amplitude of 20 Hz for 15 minutes and stored at -20°C SP:SAMPLEPREP_SUMMARY for one hour to maximize protein precipitation. Samples were then vortexed for SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 20 seconds and centrifuged at 4°C for 5 minutes, speed 14,000 rcf. 120 µL of SP:SAMPLEPREP_SUMMARY supernatant was removed from each tube and filtered using 0.2 µm polyvinylidene SP:SAMPLEPREP_SUMMARY fluoride filter (Agilent Technologies P/N: 203980-100) and collected via 6,000 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY rcf centrifuge for 4 minutes. An additional 50uL was removed from each sample SP:SAMPLEPREP_SUMMARY and combined into 5 pooled samples analyzed at equal intervals throughout the SP:SAMPLEPREP_SUMMARY analysis to ensure stable signal. Extracts, pools, and procedural blanks were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY sealed and stored at 4°C until prompt analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Untargeted metabolomics analysis was conducted as described previously CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://www.nature.com/articles/s41586-021-03707-9) with some modification. CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Liver extracts were analyzed via hydrophilic interaction liquid chromatography CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (HILIC) coupled to a Thermo Q-Exactive HF high resolution mass spectrometer. CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Each sample was analyzed in both positive and negative ionization modes (ESI+, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY ESI-) via subsequent injections. Full MS-ddMS2 data was collected, an inclusion CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY list was used to prioritize MS2 selection of metabolites from our in-house CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY ‘local’ library, when additional scan bandwidth was available MS2 was CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY collected in a data-dependent manner. Mass range was 60-900 mz, resolution was CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY 60k (MS1) and 15k (MS2), centroid data was collected, loop count was 4, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY isolation window was 1.5 Da. Metabolomics data was processed using MS-DIAL v4.60 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://www.nature.com/articles/s41587-020-0531-2) and queried against a CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY combination of our in-house MS2 library CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://www.nature.com/articles/s41586-021-03707-9) and MassBank of North CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY America, the largest freely available spectral repository CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://doi.org/10.1002/mas.21535). Annotations were scored using guidelines CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY from the metabolomics standards initiative CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://www.nature.com/articles/nbt0807-846b). Features were excluded from CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY analysis if peak height was not at least 5-fold greater in one or more samples CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY compared to the procedural blank average. Statistical analysis of annotated CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY features was implemented using MetaboAnalyst 5.0 CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (https://doi.org/10.1093/nar/gkab382). Data visualization including principal CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY component analysis and volcano plots were generated using log10 transformed peak CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY heights. CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Vanquish CH:COLUMN_NAME Waters Acquity BEH Amide (150 x 2.1mm,1.7um) CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS AN:ANALYSIS_PROTOCOL_FILE DeFelice_Methods.docx #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive HF hybrid Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Full MS-ddMS2 data was collected, an inclusion list was used to prioritize MS2 MS:MS_COMMENTS selection of metabolites from our in-house ‘local’ library, when additional MS:MS_COMMENTS scan bandwidth was available MS2 was collected in a data-dependent manner. Mass MS:MS_COMMENTS range was 60-900 mz, resolution was 60k (MS1) and 15k (MS2), centroid data was MS:MS_COMMENTS collected, loop count was 4, isolation window was 1.5 Da. Metabolomics data was MS:MS_COMMENTS processed using MS-DIAL v4.60. Features were excluded from analysis if peak MS:MS_COMMENTS height was not at least 5-fold greater in one or more samples compared to the MS:MS_COMMENTS procedural blank average. MS:ION_MODE NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS relative counts MS_METABOLITE_DATA_START Samples Klb_KO_AL_2 Klb_KO_AL_3 Klb_KO_AL_4 Klb_KO_AL_5 Klb_KO_IF_2 Klb_KO_IF_3 Klb_KO_IF_4 Klb_KO_IF_5 Tbx3_KO_AL_1 Tbx3_KO_AL_2 Tbx3_KO_AL_3 Tbx3_KO_IF_1 Tbx3_KO_IF_2 Tbx3_KO_IF_3 Tbx3_KO_IF_4 AL_1 AL_2 Al_3 AL_4 IF_1 IF_2 IF_4 IF_5 Factors Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Klb Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Klb Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Klb Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Klb Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Klb Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Tbx3 Knockout | Treatment:intermittent fasting Genotype:Wild-type | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Wild-type | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Wild-type | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Wild-type | Treatment:ad libitum feeding Genotype:Wild-type | Treatment:intermittent fasting Genotype:Wild-type | Treatment:intermittent fasting Genotype:Wild-type | Treatment:intermittent fasting Genotype:Wild-type | Treatment:intermittent fasting 1_CUDA 4744450.0000 4777504.0000 4292456.0000 4446519.0000 4461484.0000 4864968.0000 4646661.0000 6277389.0000 4864886.0000 4961780.0000 4574200.0000 3986020.0000 3925365.0000 4446971.0000 3976846.0000 5107079.0000 4510357.0000 2876089.0000 4500835.0000 4285878.0000 4200344.0000 4582791.0000 4108513.0000 1_Glutamine_d5 4429755.0000 4562573.0000 4514158.0000 4598428.0000 4622300.0000 4206393.0000 4588530.0000 4719656.0000 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adenine dinucleotide 9.615 784.15009 Fructose-1-phosphate 9.532 259.02216 .gamma.-Glu-Cys 9.088 249.05482 gamma-Glutamylleucine 8.012 259.1301 Glucose 7.783 179.0549 Glucose-1-phosphate 9.673 259.02222 Glucose-6-phosphate 9.807 259.02219 Glucuronic acid 9.153 193.03464 Glutamic acid 8.76 146.04459 Glutamine 8.58 145.06039 Glutathione (oxidized) 10.183 611.14441 Glutathione (reduced) 9.06 306.07632 Glyceraldehyde 7.784 89.02311 GLYCOCHOLATE 6.184 464.3009 Gly-Met 7.905 205.06447 Guanidinosuccinic acid 8.771 174.0511 Guanosine 5'-diphosphate-D-mannose 10.28 604.06952 Guanosine-5'-monophosphate 9.582 362.05032 Hexanoylglycine 2.313 172.09694 Histidine 9.378 154.06102 Hypotaurine 8.06 108.01124 Hypoxanthine 4.909 135.03003 Indolelactic acid 2.091 204.06606 Indoxyl sulfate 1.353 212.00183 Inosine 6.265 267.07333 Inosine-5-monophosphate 9.257 347.03949 Isoleucine 7.177 130.08609 Isomer of Taurocholic acid 5.916 514.28375 Itaconic acid 3.346 129.01801 lactic acid 3.46 89.02306 Leucine 6.996 130.08621 L-Gulono-1,4-lactone 4.265 177.03969 L-Saccharopine 9.81 275.12479 Lysine 9.546 145.09708 lysoPC 16:0 5.531 540.33032 lysoPC 16:1 5.552 538.31494 lysoPC 18:2 5.514 564.33038 lysoPC 20:4 5.35 588.33026 lysoPC 22:6 5.332 612.33051 lysoPE 16:1 5.827 450.26224 lysoPE 18:1 5.759 478.29297 lysoPE 18:2 5.787 476.27762 lysoPE 20:4 5.629 500.27771 lysoPE 22:6 5.614 524.27759 Maleic acid 1.731 115.00253 Maltose 8.866 341.10858 Maltotetraose 9.953 665.21478 Maltotriose 9.615 503.16187 Mannitol 7.758 181.07074 Mannose 8.083 179.05524 Methylmalonic acid 3.16 117.01809 Methylsuccinic acid 2.751 131.03381 N-Acetylalanine 4.707 130.0498 N-Acetyl-D-galactosaminitol 7.615 222.09779 N-Acetyl-D-glucosaminitol 7.304 222.0977 N-ACETYL-DL-METHIONINE 3.084 190.05321 N-Acetylglucosaminylasparagine 9.589 334.12543 N-Acetylglutamic acid 7.752 188.05551 N-Acetylhistidine 8.102 196.07213 N-Acetylleucine 2.066 172.09668 N-Acetyl-L-phenylalanine 2.474 206.08151 N-Acetylneuraminic acid 8.965 308.09833 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