#METABOLOMICS WORKBENCH cnoecker_20230317_144531 DATATRACK_ID:3792 STUDY_ID:ST002509 ANALYSIS_ID:AN004131
VERSION                          	1
CREATED_ON                       	02-08-2024
#PROJECT
PR:PROJECT_TITLE                 	Systems biology illuminates the alternative metabolic niche of the human gut
PR:PROJECT_TITLE                 	bacterium Eggerthella lenta
PR:PROJECT_TYPE                  	Untargeted LC-MS
PR:PROJECT_SUMMARY               	Human gut bacteria perform diverse metabolic functions with consequences for
PR:PROJECT_SUMMARY               	host health. The prevalent and disease-linked Actinobacterium Eggerthella lenta
PR:PROJECT_SUMMARY               	performs several unusual chemical transformations, but it does not metabolize
PR:PROJECT_SUMMARY               	sugars and its core growth strategy remains unclear. To obtain a comprehensive
PR:PROJECT_SUMMARY               	view of the metabolic network of E. lenta, we generated several complementary
PR:PROJECT_SUMMARY               	resources: defined culture media, metabolomics profiles of strain isolates, and
PR:PROJECT_SUMMARY               	a curated genome-scale metabolic reconstruction. Stable isotope-resolved
PR:PROJECT_SUMMARY               	metabolomics revealed that E. lenta uses acetate as a key carbon source while
PR:PROJECT_SUMMARY               	catabolizing arginine to generate ATP, traits which could be recapitulated in
PR:PROJECT_SUMMARY               	silico by our updated metabolic model. We compared these in vitro findings with
PR:PROJECT_SUMMARY               	metabolite shifts observed in E. lenta-colonized gnotobiotic mice, identifying
PR:PROJECT_SUMMARY               	shared signatures across environments and highlighting catabolism of the host
PR:PROJECT_SUMMARY               	signaling metabolite agmatine as an alternative energy pathway. Together, our
PR:PROJECT_SUMMARY               	results elucidate a distinctive metabolic niche filled by E. lenta in the gut
PR:PROJECT_SUMMARY               	ecosystem.
PR:INSTITUTE                     	University of California, San Francisco
PR:DEPARTMENT                    	Microbiology and Immunology
PR:LABORATORY                    	Peter Turnbaugh
PR:LAST_NAME                     	Noecker
PR:FIRST_NAME                    	Cecilia
PR:ADDRESS                       	513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143
PR:EMAIL                         	cecilia.noecker@ucsf.edu
PR:PHONE                         	415-502-3264
PR:FUNDING_SOURCE                	This work was supported by the National Institutes of Health (2R01HL122593;
PR:FUNDING_SOURCE                	1R01AT011117; 1R01DK114034 to P.J.T., F32GM140808 to C.N.). P.J.T. is a Chan
PR:FUNDING_SOURCE                	Zuckerberg Biohub Investigator and held an Investigators in the Pathogenesis of
PR:FUNDING_SOURCE                	Infectious Disease Award from the Burroughs Wellcome Fund.
PR:PUBLICATIONS                  	https://doi.org/10.1101/2022.09.19.508335
PR:DOI                           	http://dx.doi.org/10.21228/M89B04
#STUDY
ST:STUDY_TITLE                   	Time course 1: Growth of Eggerthella lenta in defined media
ST:STUDY_TYPE                    	Untargeted LC-MS
ST:STUDY_SUMMARY                 	This dataset contains untargeted metabolomics analysis of supernatants from 3
ST:STUDY_SUMMARY                 	strains of Eggerthella lenta grown in defined EDM1 media with varying acetate
ST:STUDY_SUMMARY                 	concentrations.
ST:INSTITUTE                     	University of California, San Francisco
ST:LAST_NAME                     	Noecker
ST:FIRST_NAME                    	Cecilia
ST:ADDRESS                       	513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143
ST:EMAIL                         	cecilia.noecker@ucsf.edu
ST:PHONE                         	415-502-3264
ST:SUBMIT_DATE                   	2023-03-17
#SUBJECT
SU:SUBJECT_TYPE                  	Bacteria
SU:SUBJECT_SPECIES               	Eggerthella lenta
SU:TAXONOMY_ID                   	84112
SU:GENOTYPE_STRAIN               	DSM 2243, Valencia, AB8n2
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	AB8_1_1_R1	AB8_1_TP4_1_R1	Strain:AB8 | AcetateConcentration_mM:1 | Time:30	Replicate=1; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP4_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP4_1_R1.mzML
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	AB8_1_1_R3	AB8_1_TP5_1_R3	Strain:AB8 | AcetateConcentration_mM:1 | Time:42	Replicate=3; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP5_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP5_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	AB8_1_1_R1	AB8_1_TP6_1_R1	Strain:AB8 | AcetateConcentration_mM:1 | Time:50	Replicate=1; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP6_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP6_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP6_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=-
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	AB8_1_1_R2	AB8_1_TP6_1_R2	Strain:AB8 | AcetateConcentration_mM:1 | Time:50	Replicate=2; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP6_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP6_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	AB8_1_1_R3	AB8_1_TP6_1_R3	Strain:AB8 | AcetateConcentration_mM:1 | Time:50	Replicate=3; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP6_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP6_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP6_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP6_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	2243_1_1_R3	2243_1_TP4_1_R3	Strain:- | AcetateConcentration_mM:- | Time:-	Replicate=-; SampleType=-; RAW_FILE_NAME=Neg_2243_1_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_2243_1_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_2243_1_TP4_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_2243_1_TP4_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	AB8_0_1_R3	AB8_0_TP3_1_R3	Strain:- | AcetateConcentration_mM:- | Time:-	Replicate=-; SampleType=-; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_0_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_0_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_0_TP3_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	AB8_1_1_R3	AB8_1_TP4_1_R3	Strain:- | AcetateConcentration_mM:- | Time:-	Replicate=-; SampleType=-; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_AB8_1_TP4_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_AB8_1_TP4_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	BK1	BK1	Strain:- | AcetateConcentration_mM:- | Time:-	Replicate=-; SampleType=-; RAW_FILE_NAME=Neg_BK1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_BK1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_BK1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_BK1.mzML
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_0_1_R2	c_0_TP6_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:0 | Time:50	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_0_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_0_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_0_TP6_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_0_TP6_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_0_1_R3	c_0_TP6_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:0 | Time:50	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_0_TP6_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_0_TP6_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_0_TP6_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=-
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R1	c_10Add_TP1_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:16.5	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP1_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP1_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP1_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP1_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R2	c_10Add_TP1_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:16.5	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP1_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP1_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP1_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP1_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_3_R3	c_10Add_TP1_3_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:16.5	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP1_3_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP1_3_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP1_3_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=-
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R1	c_10Add_TP2_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:21.5	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP2_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP2_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP2_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R2	c_10Add_TP2_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:21.5	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP2_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP2_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP2_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP2_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R3	c_10Add_TP2_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:21.5	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP2_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP2_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP2_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R1	c_10Add_TP3_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:26	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP3_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP3_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP3_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP3_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R2	c_10Add_TP3_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:26	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP3_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP3_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP3_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP3_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R3	c_10Add_TP3_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:26	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP3_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP3_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R1	c_10Add_TP4_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:30	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP4_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=-
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R2	c_10Add_TP4_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:30	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP4_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP4_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP4_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R3	c_10Add_TP4_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:30	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP4_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R1	c_10Add_TP5_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:42	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP5_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP5_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP5_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R2	c_10Add_TP5_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:42	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP5_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP5_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP5_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP5_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R3	c_10Add_TP5_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:42	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP5_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R1	c_10Add_TP6_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:50	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP6_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP6_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP6_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP6_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R2	c_10Add_TP6_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:50	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP6_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP6_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10Add_1_R3	c_10Add_TP6_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10Add | Time:50	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP6_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP6_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10Add_TP6_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10Add_TP6_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R1	c_10_TP1_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:16.5	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP1_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP1_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP1_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP1_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R2	c_10_TP1_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:16.5	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP1_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP1_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP1_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP1_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R3	c_10_TP1_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:16.5	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP1_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP1_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP1_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP1_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R1	c_10_TP2_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:21.5	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP2_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP2_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP2_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R2	c_10_TP2_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:21.5	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP2_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP2_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP2_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP2_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R3	c_10_TP2_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:21.5	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP2_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP2_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP2_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP2_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R1	c_10_TP3_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:26	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP3_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP3_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP3_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R2	c_10_TP3_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:26	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP3_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP3_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP3_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP3_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R3	c_10_TP3_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:26	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP3_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=-
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R1	c_10_TP4_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:30	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP4_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP4_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R2	c_10_TP4_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:30	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP4_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP4_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP4_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP4_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R3	c_10_TP4_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:30	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP4_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R1	c_10_TP5_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:42	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP5_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP5_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP5_1_R1.mzML
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R3	c_10_TP5_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:42	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP5_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=-
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R1	c_10_TP6_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:50	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP6_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP6_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP6_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP6_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_10_1_R2	c_10_TP6_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:10 | Time:50	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_10_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_10_TP6_1_R2.mzML
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R2	c_1_TP1_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:16.5	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP1_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP1_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP1_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP1_1_R2.mzML
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R1	c_1_TP2_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:21.5	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP2_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP2_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP2_1_R1.mzML
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R3	c_1_TP2_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:21.5	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP2_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP2_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP2_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R1	c_1_TP3_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:26	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP3_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP3_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP3_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP3_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R2	c_1_TP3_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:26	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP3_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP3_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP3_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=-
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R3	c_1_TP3_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:26	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP3_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP3_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R1	c_1_TP4_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:30	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP4_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP4_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R2	c_1_TP4_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:30	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP4_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP4_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP4_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP4_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R3	c_1_TP4_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:30	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP4_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R1	c_1_TP5_1_R1	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:42	Replicate=1; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP5_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP5_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP5_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP5_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R2	c_1_TP5_1_R2	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:42	Replicate=2; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP5_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP5_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP5_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP5_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	c_1_1_R3	c_1_TP5_1_R3	Strain:Ctrl | AcetateConcentration_mM:1 | Time:42	Replicate=3; SampleType=Ctrl; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_c_1_TP5_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_c_1_TP5_1_R3.mzML
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R3	Val_1_TP1_1_R3	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:16.5	Replicate=3; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP1_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP1_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP1_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP1_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R1	Val_1_TP2_1_R1	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:21.5	Replicate=1; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP2_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP2_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP2_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP2_1_R1.mzML
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SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R3	Val_1_TP3_1_R3	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:26	Replicate=3; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP3_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP3_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R1	Val_1_TP4_1_R1	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:30	Replicate=1; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP4_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP4_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP4_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R2	Val_1_TP4_1_R2	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:30	Replicate=2; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP4_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP4_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP4_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP4_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R3	Val_1_TP4_1_R3	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:30	Replicate=3; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP4_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=-
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R1	Val_1_TP5_1_R1	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:42	Replicate=1; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP5_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP5_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP5_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP5_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R2	Val_1_TP5_1_R2	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:42	Replicate=2; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP5_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP5_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=-; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP5_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R3	Val_1_TP5_1_R3	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:42	Replicate=3; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP5_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP5_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP5_1_R3.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R1	Val_1_TP6_1_R1	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:50	Replicate=1; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP6_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP6_1_R1.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP6_1_R1.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP6_1_R1.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R2	Val_1_TP6_1_R2	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:50	Replicate=2; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP6_1_R2.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP6_1_R2.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP6_1_R2.mzML
SUBJECT_SAMPLE_FACTORS           	Val_1_1_R3	Val_1_TP6_1_R3	Strain:Val | AcetateConcentration_mM:1 | Time:50	Replicate=3; SampleType=Culture; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP6_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP6_1_R3.raw; RAW_FILE_NAME=Neg_Val_1_TP6_1_R3.mzML; RAW_FILE_NAME=Pos_Val_1_TP6_1_R3.mzML
#COLLECTION
CO:COLLECTION_SUMMARY            	Time course experiments were conducted in tubes in the anaerobic chamber in a
CO:COLLECTION_SUMMARY            	37°C incubator. For all metabolomics experiments, three independent culture
CO:COLLECTION_SUMMARY            	replicates were included for each condition, with an equal number of
CO:COLLECTION_SUMMARY            	uninoculated control tubes. Starter cultures and inocula were prepared as
CO:COLLECTION_SUMMARY            	described above for growth assays. 5mLs of defined media was added to VWR glass
CO:COLLECTION_SUMMARY            	culture tubes (53283-800) with screw caps. The PBS-washed inoculum was added to
CO:COLLECTION_SUMMARY            	culture tubes to obtain an approximate starting OD600 of 0.001. A preliminary
CO:COLLECTION_SUMMARY            	growth assay was conducted to define time points spanning the exponential growth
CO:COLLECTION_SUMMARY            	phase in the tested conditions. At each time point, OD600 measurements of all
CO:COLLECTION_SUMMARY            	inoculated tubes were first measured using a Hach DR1900 spectrophotometer, with
CO:COLLECTION_SUMMARY            	a paired control tube to normalize for the background. 100 μL from each tube
CO:COLLECTION_SUMMARY            	were then transferred into a 96-well microplate, which was sealed and removed
CO:COLLECTION_SUMMARY            	from the anaerobic chamber. Plates were centrifuged at 1,928 rcf at 4°C for 8
CO:COLLECTION_SUMMARY            	minutes, after which supernatants were collected into fresh polypropylene tubes
CO:COLLECTION_SUMMARY            	or plates, sealed, and flash-frozen in liquid nitrogen.
CO:SAMPLE_TYPE                   	Bacterial culture supernatant
CO:COLLECTION_FREQUENCY          	at time points specified in study design table over 50 hours (full growth phase)
CO:STORAGE_CONDITIONS            	-80℃
#TREATMENT
TR:TREATMENT_SUMMARY             	For growth and metabolomics experiments, glycerol stocks of the 3 E. lenta
TR:TREATMENT_SUMMARY             	strains were first streaked on BHI+ agar plates and incubated at 37°C for 2-3
TR:TREATMENT_SUMMARY             	days. Individual colonies were inoculated into 3-4 mL liquid BHI+ and incubated
TR:TREATMENT_SUMMARY             	at 37°C for 40-48 hours, or until approximately early stationary phase. Culture
TR:TREATMENT_SUMMARY             	optical density (600 nm wavelength absorbance, OD600) was measured using a Hach
TR:TREATMENT_SUMMARY             	DR1900 spectrophotometer. 1 mL samples of BHI starter cultures were then
TR:TREATMENT_SUMMARY             	centrifuged at 1,568 rcf for 4 minutes in a microcentrifuge (ThermoScientific
TR:TREATMENT_SUMMARY             	mySpin 12) in the anaerobic chamber and resuspended in 1 mL sterile
TR:TREATMENT_SUMMARY             	phosphate-buffered saline (PBS). The resulting suspension was vortexed and
TR:TREATMENT_SUMMARY             	diluted to an approximate OD600 of 0.1, and used as inoculum into defined
TR:TREATMENT_SUMMARY             	experimental conditions. Varying media conditions were prepared separately and
TR:TREATMENT_SUMMARY             	all allowed to fully reduce in the anaerobic chamber prior to inoculation.
#SAMPLEPREP
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	Bacterial culture supernatant and sterile media, used in culture, were thawed on
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	wet ice. Once thawed, samples were homogenized by inversion five times.
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	Extracellular culture supernatant samples were prepared as follows: 20 μL of
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	culture supernatant were extracted using 80 μL of a chilled extraction solvent
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	at −20°C (1:1 acetonitrile:methanol, 5% water containing stable
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	isotope-labeled internal standards). Samples were homogenized via pipette
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	action, incubated for 1 hour at −20°C, centrifuged at 4°C at 6000 rcf for 5
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	min. The supernatant was transferred to a new plate and immediately sealed and
SP:SAMPLEPREP_SUMMARY            	kept at 4°C prior to prompt analysis via LC-MS/MS.
#CHROMATOGRAPHY
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	Samples, sterile media, pools, and blanks were promptly added to a Thermo
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	Vanquish Autosampler at 4°C in a Vanquish UHPLC (Thermo Fisher Scientific,
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	Waltham, MA). Chromatographic separation was performed using an ACQUITY Bridged
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	Ethylene Hybrid (BEH) Amide column 2.1 x 150 mm, 1.7-micron particle size,
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	(Waters Corp. Milford, MA), using chromatographic conditions published elsewhere
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	(HILIC method described in the Supplementary Methods of
CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY        	doi.org/10.1038/s41586-021-03707-9).
CH:INSTRUMENT_NAME               	Thermo Vanquish
CH:COLUMN_NAME                   	Waters ACQUITY UPLC BEH Amide (150 x 2.1mm,1.7um)
CH:COLUMN_TEMPERATURE            	40
CH:FLOW_GRADIENT                 	The gradient profile was held at 100% B for 2 minutes, from 100% B to 70% B in 5
CH:FLOW_GRADIENT                 	minutes, holding at 70% B for 0.7 minute, from 70% B to 40% B for 1.3 minutes,
CH:FLOW_GRADIENT                 	holding at 40% B for 0.5 minutes, from 40% B to 30% B for 0.75 minutes, before
CH:FLOW_GRADIENT                 	returning to 100% B for 2.5 minutes and holding at 100% B for 4 minutes.
CH:FLOW_RATE                     	400 μL per minute
CH:SOLVENT_A                     	100% water;  0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate, pH 3
CH:SOLVENT_B                     	95% acetonitrile/5% water; 0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate
CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE           	HILIC
#ANALYSIS
AN:ANALYSIS_TYPE                 	MS
#MS
MS:INSTRUMENT_NAME               	Thermo Q Exactive HF hybrid Orbitrap
MS:INSTRUMENT_TYPE               	Orbitrap
MS:MS_TYPE                       	ESI
MS:MS_COMMENTS                   	Full MS-ddMS2 data was collected, an inclusion list was used to prioritize MS2
MS:MS_COMMENTS                   	selection of metabolites from our in-house ‘local’ library, when additional
MS:MS_COMMENTS                   	scan bandwidth was available MS2 was collected in a data-dependent manner. Mass
MS:MS_COMMENTS                   	range was 60-900 mz, resolution was 60k (MS1) and 15k (MS2), centroid data was
MS:MS_COMMENTS                   	collected, loop count was 4, isolation window was 1.5 Da. Metabolomics data was
MS:MS_COMMENTS                   	processed using MS-DIAL v4.60. Features were excluded from analysis if peak
MS:MS_COMMENTS                   	height was not at least 5-fold greater in one or more samples compared to the
MS:MS_COMMENTS                   	procedural blank average.
MS:ION_MODE                      	POSITIVE
#MS_METABOLITE_DATA
MS_METABOLITE_DATA:UNITS         	relative ion counts
MS_METABOLITE_DATA_START
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MS_METABOLITE_DATA_END
#METABOLITES
METABOLITES_START
metabolite_name	pubchem_id	inchi_key	kegg_id	other_id	other_id_type	ri	ri_type	moverz_quant	
1,2-Dimethylimidazole								97.07624	
1-Hexadecylamine								242.28404	
3-Methylthiopropylamine								106.06867	
4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid								239.10562	
4-Guanidinobutanoic acid								146.09215	
5'-Methylthioadenosine								298.09659	
Adenine								136.06192	
Adenosine								268.10419	
Alanine								90.05523	
alpha-Ionone								193.15863	
Arginine								175.11842	
Arg-Leu								288.20273	
Arg-Phe								322.18713	
Biotin								245.09517	
Choline								104.10719	
Citrulline								176.10266	
Creatinine								114.0663	
Cyclohexylamine								100.11235	
Cystine								241.03085	
Deoxycytidine								228.0979	
Deoxyguanosine								268.10413	
Dimethylarginine								203.15005	
Edetic acid								293.09756	
Glu-Pro								245.1134	
Glutamic acid								148.06026	
Glutamine								147.0764	
Guanine								152.05757	
Histamine								112.08711	
Histidine								156.07666	
Homoarginine								189.13445	
Homocitrulline								190.11847	
Hypoxanthine								137.04582	
Ile-Arg								288.20279	
Imidazole								69.04515	
Imidazoleacetic acid								127.0503	
Indoleacetic acid								176.07048	
Inosine								269.08792	
Isoleucine								132.10172	
Isonicotinamide								123.05532	
Leu-Arg								288.20291	
Leucine								132.10165	
Lysine								147.1125	
Maltitol								367.12125	
Melamine								127.07264	
Methionine								150.05807	
Methionine sulfoxide								166.05318	
Methylguanidine								74.07173	
N(2)-Acetyllysine								189.12294	
N5-(1-Iminoethyl)-ornithine								174.12366	
N6-Acetyllysine								189.12135	
N-6-Trimethyllysine								189.15927	
N-Acetylmethionine								192.06926	
N-Acetylornithine								175.10759	
N-Acetyl-tryptophan								247.10718	
N-Ethylbenzylamin								136.11195	
Niacinamide								123.05544	
Nicotinamide riboside								255.09769	
Nicotine								163.12268	
N-Methylalanine								104.07095	
N-Methylisoleucine								146.11743	
N-Methyl-proline								130.08629	
N,N-Diethyl-2-aminoethanol								118.12263	
n-Octadecylamine								270.31531	
Ornithine								133.09703	
o-Tyrosine								182.08073	
P-Aminobenzoic acid								138.05492	
Pantothenic acid								220.11781	
Pelargonidin								217.12936	
Pentaethylene glycol								239.14854	
Phe-Arg								322.18677	
Phencyclidine								244.19083	
Phenylacetaldehyde								121.06493	
Phenylalanine								166.08592	
Phenylethylamine								122.09653	
Pro-Arg								272.17151	
Proline								116.07062	
Pyridoxamine								169.09711	
Pyridoxine								170.08093	
Riboflavin								377.14465	
Serine								106.04998	
sn-Glycero-3-phosphocholine								258.11011	
Spermine								203.22308	
Sucrose								365.10568	
Targinine								189.1346	
Thiamine								265.11206	
Threitol								123.05538	
Threonine								120.06541	
Thymine								127.05034	
Tributylamine								186.22145	
Triethanolamine								150.11235	
Trimethylamine N-oxide								76.07597	
Tri(propylene glycol) methyl ether								207.1588	
Tryptamine								161.10748	
Tryptophan								205.09711	
Tyrosine								182.08102	
Uracil								113.03482	
Urocanic acid								139.05025	
Val-Arg								274.18716	
Valine								118.08617	
METABOLITES_END
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