#METABOLOMICS WORKBENCH cnoecker_20230317_182722 DATATRACK_ID:3793 STUDY_ID:ST002510 ANALYSIS_ID:AN004134 VERSION 1 CREATED_ON 02-08-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE Systems biology illuminates the alternative metabolic niche of the human gut PR:PROJECT_TITLE bacterium Eggerthella lenta PR:PROJECT_TYPE Untargeted LC-MS PR:PROJECT_SUMMARY Human gut bacteria perform diverse metabolic functions with consequences for PR:PROJECT_SUMMARY host health. The prevalent and disease-linked Actinobacterium Eggerthella lenta PR:PROJECT_SUMMARY performs several unusual chemical transformations, but it does not metabolize PR:PROJECT_SUMMARY sugars and its core growth strategy remains unclear. To obtain a comprehensive PR:PROJECT_SUMMARY view of the metabolic network of E. lenta, we generated several complementary PR:PROJECT_SUMMARY resources: defined culture media, metabolomics profiles of strain isolates, and PR:PROJECT_SUMMARY a curated genome-scale metabolic reconstruction. Stable isotope-resolved PR:PROJECT_SUMMARY metabolomics revealed that E. lenta uses acetate as a key carbon source while PR:PROJECT_SUMMARY catabolizing arginine to generate ATP, traits which could be recapitulated in PR:PROJECT_SUMMARY silico by our updated metabolic model. We compared these in vitro findings with PR:PROJECT_SUMMARY metabolite shifts observed in E. lenta-colonized gnotobiotic mice, identifying PR:PROJECT_SUMMARY shared signatures across environments and highlighting catabolism of the host PR:PROJECT_SUMMARY signaling metabolite agmatine as an alternative energy pathway. Together, our PR:PROJECT_SUMMARY results elucidate a distinctive metabolic niche filled by E. lenta in the gut PR:PROJECT_SUMMARY ecosystem. PR:INSTITUTE University of California, San Francisco PR:DEPARTMENT Microbiology and Immunology PR:LABORATORY Peter Turnbaugh PR:LAST_NAME Noecker PR:FIRST_NAME Cecilia PR:ADDRESS 513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143 PR:EMAIL cecilia.noecker@ucsf.edu PR:PHONE 415-502-3264 PR:FUNDING_SOURCE This work was supported by the National Institutes of Health (2R01HL122593; PR:FUNDING_SOURCE 1R01AT011117; 1R01DK114034 to P.J.T., F32GM140808 to C.N.). P.J.T. is a Chan PR:FUNDING_SOURCE Zuckerberg Biohub Investigator and held an Investigators in the Pathogenesis of PR:FUNDING_SOURCE Infectious Disease Award from the Burroughs Wellcome Fund. PR:PUBLICATIONS https://doi.org/10.1101/2022.09.19.508335 PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M89B04 #STUDY ST:STUDY_TITLE Strain supernatants: Strain diversity of Eggerthella lenta metabolites in ST:STUDY_TITLE defined media ST:STUDY_TYPE Untargeted LC-MS ST:STUDY_SUMMARY This dataset contains untargeted metabolomics analysis of supernatants from ST:STUDY_SUMMARY stationary phase of a collection of 30 strains of Eggerthella lenta grown in ST:STUDY_SUMMARY defined EDM1 media. ST:INSTITUTE University of California, San Francisco ST:LAST_NAME Noecker ST:FIRST_NAME Cecilia ST:ADDRESS 513 Parnassus Ave HSW1501, San Francisco, CA 94143 ST:EMAIL cecilia.noecker@ucsf.edu ST:PHONE 415-502-3264 ST:SUBMIT_DATE 2023-03-17 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Bacteria SU:SUBJECT_SPECIES Eggerthella lenta SU:TAXONOMY_ID 84112 SU:GENOTYPE_STRAIN various (see sample table) #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Ctrl_B3 Ctrl_B3_1 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:1 Row=B; Column=3; Normalized final OD600=0.016; IsCtrl=Ctrl; BadSampOD=None; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_Ctrl_B3_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_Ctrl_B3_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_Ctrl_B3_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_Ctrl_B3_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS Ctrl_B3 Ctrl_B3_2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:2 Row=B; Column=3; Normalized final OD600=0.018; IsCtrl=Ctrl; 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Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0182_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0182_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0182_3.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0182_3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0183 PTJ0183_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0183 PTJ0183_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_2.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0183 PTJ0183_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0183_3.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0183_3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0185 PTJ0185_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0185 PTJ0185_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_2.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0185 PTJ0185_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0185_3.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0185_3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0234 PTJ0234_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0234 PTJ0234_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_2.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0234 PTJ0234_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0234_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0234_3.mzML; RAW_FILE_NAME=- SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0292 PTJ0292_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0292 PTJ0292_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_2.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_2.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0292 PTJ0292_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0292_3.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0292_3.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0293 PTJ0293_1 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0293_1.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_1.mzML; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0293_1.mzML SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0293 PTJ0293_2 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0293_2.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_2.mzML; RAW_FILE_NAME=- SUBJECT_SAMPLE_FACTORS PTJ0293 PTJ0293_3 Strain:- | Strain name:- | Condition:- | PlateNum:- Row=-; Column=-; Normalized final OD600=-; IsCtrl=-; BadSampOD=-; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_POS_PTJ0293_3.raw; RAW_FILE_NAME=GL_NEG_PTJ0293_3.mzML; RAW_FILE_NAME=- #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY For the comparative strain metabolomics experiment, 96-well polypropylene deep CO:COLLECTION_SUMMARY well plates were prepared with 800μL of fresh media in each well. Starter CO:COLLECTION_SUMMARY cultures and inocula for 29 isolates of Eggerthella lenta and 1 isolate of CO:COLLECTION_SUMMARY Eggerthella sinensis [26] were prepared as described above for growth assays, CO:COLLECTION_SUMMARY except without final dilution, and 80 μL was used to inoculate wells, leaving a CO:COLLECTION_SUMMARY blank well in between every culture well to prevent cross-contamination. After CO:COLLECTION_SUMMARY 72 hours, OD600 measurements were taken, plates were centrifuged, and CO:COLLECTION_SUMMARY supernatants were collected. Plates were centrifuged at 1,928 rcf at 4°C for 8 CO:COLLECTION_SUMMARY minutes, after which supernatants were collected into fresh polypropylene tubes CO:COLLECTION_SUMMARY or plates, sealed, and flash-frozen in liquid nitrogen. CO:SAMPLE_TYPE Bacterial culture supernatant CO:COLLECTION_FREQUENCY single time point (72 hours) CO:STORAGE_CONDITIONS -80℃ #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY For growth and metabolomics experiments, glycerol stocks of the 3 E. lenta TR:TREATMENT_SUMMARY strains were first streaked on BHI+ agar plates and incubated at 37°C for 2-3 TR:TREATMENT_SUMMARY days. Individual colonies were inoculated into 3-4 mL liquid BHI+ and incubated TR:TREATMENT_SUMMARY at 37°C for 40-48 hours, or until approximately early stationary phase. Culture TR:TREATMENT_SUMMARY optical density (600 nm wavelength absorbance, OD600) was measured using a Hach TR:TREATMENT_SUMMARY DR1900 spectrophotometer. 1 mL samples of BHI starter cultures were then TR:TREATMENT_SUMMARY centrifuged at 1,568 rcf for 4 minutes in a microcentrifuge (ThermoScientific TR:TREATMENT_SUMMARY mySpin 12) in the anaerobic chamber and resuspended in 1 mL sterile TR:TREATMENT_SUMMARY phosphate-buffered saline (PBS). The resulting suspension was vortexed and TR:TREATMENT_SUMMARY diluted to an approximate OD600 of 0.1, and used as inoculum into defined TR:TREATMENT_SUMMARY experimental conditions. Varying media conditions were prepared separately and TR:TREATMENT_SUMMARY all allowed to fully reduce in the anaerobic chamber prior to inoculation. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Bacterial culture supernatant and sterile media, used in culture, were thawed on SP:SAMPLEPREP_SUMMARY wet ice. Once thawed, samples were homogenized by inversion five times. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Extracellular culture supernatant samples were prepared as follows: 20 μL of SP:SAMPLEPREP_SUMMARY culture supernatant were extracted using 80 μL of a chilled extraction solvent SP:SAMPLEPREP_SUMMARY at −20°C (1:1 acetonitrile:methanol, 5% water containing stable SP:SAMPLEPREP_SUMMARY isotope-labeled internal standards). Samples were homogenized via pipette SP:SAMPLEPREP_SUMMARY action, incubated for 1 hour at −20°C, centrifuged at 4°C at 6000 rcf for 5 SP:SAMPLEPREP_SUMMARY min. The supernatant was transferred to a new plate and immediately sealed and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY kept at 4°C prior to prompt analysis via LC-MS/MS. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Samples, sterile media, pools, and blanks were promptly added to a Thermo CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Vanquish Autosampler at 4°C in a Vanquish UHPLC (Thermo Fisher Scientific, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Waltham, MA). Chromatographic separation was performed using an ACQUITY Bridged CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY Ethylene Hybrid (BEH) Amide column 2.1 x 150 mm, 1.7-micron particle size, CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (Waters Corp. Milford, MA), using chromatographic conditions published elsewhere CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY (HILIC method described in the Supplementary Methods of CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY doi.org/10.1038/s41586-021-03707-9). CH:INSTRUMENT_NAME Thermo Vanquish CH:COLUMN_NAME Waters ACQUITY UPLC BEH Amide (150 x 2.1mm,1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 40 CH:FLOW_GRADIENT The gradient profile was held at 100% B for 2 minutes, from 100% B to 70% B in 5 CH:FLOW_GRADIENT minutes, holding at 70% B for 0.7 minute, from 70% B to 40% B for 1.3 minutes, CH:FLOW_GRADIENT holding at 40% B for 0.5 minutes, from 40% B to 30% B for 0.75 minutes, before CH:FLOW_GRADIENT returning to 100% B for 2.5 minutes and holding at 100% B for 4 minutes. CH:FLOW_RATE 400 μL per minute CH:SOLVENT_A 100% water; 0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate, pH 3 CH:SOLVENT_B 95% acetonitrile/5% water; 0.125% formic acid; 10 mM ammonium formate CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive HF hybrid Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS Full MS-ddMS2 data was collected, an inclusion list was used to prioritize MS2 MS:MS_COMMENTS selection of metabolites from our in-house ‘local’ library, when additional MS:MS_COMMENTS scan bandwidth was available MS2 was collected in a data-dependent manner. Mass MS:MS_COMMENTS range was 60-900 mz, resolution was 60k (MS1) and 15k (MS2), centroid data was MS:MS_COMMENTS collected, loop count was 4, isolation window was 1.5 Da. Metabolomics data was MS:MS_COMMENTS processed using MS-DIAL v4.60. Features were excluded from analysis if peak MS:MS_COMMENTS height was not at least 5-fold greater in one or more samples compared to the MS:MS_COMMENTS procedural blank average. MS:ION_MODE NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS relative ion counts MS_METABOLITE_DATA_START Samples Ctrl_B3_1 Ctrl_B3_2 Ctrl_B3_3 Ctrl_D9_2 Ctrl_F5_1 Ctrl_F5_2 Ctrl_F5_3 Ctrl_G12_1 Ctrl_G12_2 Ctrl_G12_3 PTJ0086_1 PTJ0086_2 PTJ0086_3 PTJ0087_1 PTJ0087_2 PTJ0087_3 PTJ0089_1 PTJ0089_3 PTJ0090_1 PTJ0090_3 PTJ0092_1 PTJ0092_2 PTJ0092_3 PTJ0093_1 PTJ0093_2 PTJ0093_3 PTJ0109_1 PTJ0109_2 PTJ0109_3 PTJ0110_1 PTJ0110_2 PTJ0110_3 PTJ0111_1 PTJ0111_2 PTJ0111_3 PTJ0112_1 PTJ0112_2 PTJ0112_3 PTJ0166_1 PTJ0166_2 PTJ0166_3 PTJ0169_1 PTJ0169_2 PTJ0169_3 PTJ0170_1 PTJ0170_2 PTJ0170_3 PTJ0171_1 PTJ0171_2 PTJ0171_3 PTJ0173_2 PTJ0173_3 PTJ0174_1 PTJ0174_3 PTJ0175_1 PTJ0175_2 PTJ0175_3 PTJ0176_1 PTJ0176_2 PTJ0176_3 PTJ0177_1 PTJ0177_2 PTJ0177_3 PTJ0178_1 PTJ0178_2 PTJ0178_3 PTJ0179_1 PTJ0179_2 PTJ0179_3 PTJ0180_1 PTJ0180_2 PTJ0180_3 PTJ0237_1 PTJ0237_2 PTJ0237_3 PTJ0240_1 PTJ0240_2 PTJ0240_3 PTJ0261_1 PTJ0261_2 PTJ0261_3 PTJ0289_1 PTJ0289_2 PTJ0289_3 PTJ0290_1 PTJ0290_2 PTJ0290_3 PTJ0295_1 PTJ0295_2 PTJ0295_3 PTJ0296_1 PTJ0296_2 PTJ0296_3 PTJ0297_1 PTJ0297_2 PTJ0297_3 Factors Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:1 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_B3 | Condition:GL_Ctrl_B3 | PlateNum:3 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_D9 | Condition:GL_Ctrl_D9 | PlateNum:2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_F5 | Condition:GL_Ctrl_F5 | PlateNum:1 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_F5 | Condition:GL_Ctrl_F5 | PlateNum:2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_F5 | Condition:GL_Ctrl_F5 | PlateNum:3 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_G12 | Condition:GL_Ctrl_G12 | PlateNum:1 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_G12 | Condition:GL_Ctrl_G12 | PlateNum:2 Strain:Ctrl | Strain name:Ctrl_G12 | Condition:GL_Ctrl_G12 | PlateNum:3 Strain:PTJ0086 | Strain name:Eggerthella_lenta_1160AFAABroad | Condition:GL | PlateNum:1 Strain:PTJ0086 | Strain name:Eggerthella_lenta_1160AFAABroad | Condition:GL | PlateNum:2 Strain:PTJ0086 | 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1,3-Cyclohexanedicarboxylic acid 153.05473 1-Deoxy-D-xylulose 5-phosphate 213.0162 2,5-Furandicarboxylic acid 154.99747 2-Hydroxyglutaric acid 147.02873 2-Hydroxyisocaproic acid 131.0701 2-Hydroxy palmitic acid 271.22772 2-Hydroxyphenylacetic acid 151.03899 2-Hydroxyphenylacetic acid1 151.039 2-Hydroxyquinoline 144.04425 2-Hydroxyvaleric acid 117.0545 2-Isopropylmalic acid 157.04971 3-Amino-3-(4-hydroxyphenyl)propionic acid 180.06592 3-Hydroxybutyric acid 103.03893 3-Hydroxydodecanoic acid 215.16487 3-Hydroxyhippuric acid 194.04536 4-Hydroxy-6-methyl-2-pyrone 125.02325 4-Hydroxybenzoic acid 137.02325 4-Hydroxyvalproic acid 159.10181 4-Oxohexanoic acid 129.0544 5-Hydroxyindole 132.04431 6alpha-Mannobiose 455.1015 6-Hydroxycaproic acid 131.0703 8-Hydroxyquinoline-2-carbaldehyde 172.03937 Adenine 134.0461 Adenosine 5'/3'-monophosphate 346.05591 Ala-Ala 159.07634 Ala-Gln 216.0985 Alanine 88.03915 Arabitol 101.02311 Arginine 173.10332_131.08139_347.21561 Azelaic acid 187.09686 beta-Hydroxymyristic acid 243.19608 Biotin 243.08047 cis-4-Hydroxyproline 130.04994 Citraconic acid 85.02822_129.01802 Citrulline 349.18353_131.08147_174.08733 CMP 322.04425 Cysteic acid 167.99628 Cysteine-S-sulfate 199.9686 Cystine 239.01599 Decylbenzenesulfonic acid 297.15262 Deoxyuridine 227.06715 Dimethylarginine 201.13486 Dodecylbenzenesulfonic acid 325.18417 Glucose 179.05515 Glutamic acid 146.04471 Glutamine 127.05009_145.06073 Guanine 150.04109 Guanosine 282.0842 Histidine 110.07096_154.06104 Histidine1 154.06117_110.07122 Homoarginine 187.11928 Homocitrulline 188.10326_377.21463 Hydroxypropionic acid 89.02317 Hypoxanthine 135.03006 Ile-Arg 286.18863 Ile-Phe 277.15521 Indole-3-lactic acid 204.06596 Indoleacetic acid 174.05498_130.06497 Inosine 267.07339 Isoleucine 130.08609 L-Dehydroascorbic acid 142.9973_173.00818 Leu-Arg 286.18835 Leucine 130.08612 Leu-Leu 243.17094 Lipoic acid 205.03563 Lysine 145.09715 Malonic acid 103.00249 Maltitol 343.12378_379.10071 Mannose 179.05499 Methionine 148.04276 Methionine sulfoxide 164.03769 N5-(1-Iminoethyl)-ornithine 172.10823 N6-Acetyllysine 187.10794 N-Acetylcarnosine 154.06111 N-Acetylcysteine 162.02216 N-Acetyl-D-glucosamine 266.08783 N-Acetyl-galactosaminitol 222.09775 N-Acetyl-galactosaminitol1 268.10364_258.07474_222.09773 N-Acetylglutamic acid 188.05573 N-Acetylglycine 116.03422 N-Acetylhistidine 196.07208 N-Acetylleucine 172.09712 N-Acetyl-mannosamine 220.08203_266.08804 N-Acetylmethionine 190.05367 N-Acetylornithine 173.09233 N-Acetylphenylalanine 413.17148_206.08165 N-Acetylserine 146.04485 N-Acetyl-tryptophan 245.09294 N-Acetyltyrosine 222.07652 N-Acetylvaline 158.08125 N-Formylmethionine 176.03784 NG-Monomethylarginine 187.11937 N-Methylalanine 102.05476 N-Phenylacetylphenylalanine 282.11343 Ornithine 131.08128 Orotic acid 111.01882_155.0088 o-Tyrosine 180.06592_136.07578 Pantothenic acid 218.10303 Pelargonidin 215.11443 Phe-Leu 277.15527 Phenylalanine 164.07053_147.0439 Phenyllactic acid 165.0552 Phosphoenolpyruvic acid 166.97408 Phosphoric acid 96.95885 Phthalic acid 165.0184 Pimelic acid 159.06537 Pro-Arg 270.15698 Procysteine 145.9906 Proline 114.05474 rac-Glycerol 3-phosphoate 171.00563 Ribose 149.04446 Ribose 1-phosphate 229.01129 Ribothymidine 257.07788 S-Carboxymethyl-cysteine 178.01706 Sebacic acid 201.11246 Serine 104.03393 Sorbose 179.05544 Suberic acid 173.0811 Succinic acid 73.02821_117.01804 Threonic acid 135.02866 Threonine 118.04961 Thymidine 241.08276 Trehalose 387.11401 Tridecanedioic acid 243.16 Tryptophan 407.17169_203.08171 UMP 323.02808 Uracil 111.01868 Uridine 243.06197 Val-Arg 272.17294 Valine 116.07034 Val-Lys 244.16618 Vitamin C 175.02403 METABOLITES_END #END