#METABOLOMICS WORKBENCH cclish_20231002_095918 DATATRACK_ID:4363 STUDY_ID:ST002903 ANALYSIS_ID:AN004762 VERSION 1 CREATED_ON 04-30-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE A metabolomics pipeline highlights microbial metabolism in bloodstream PR:PROJECT_TITLE infections PR:PROJECT_SUMMARY The growth of antimicrobial resistance (AMR) highlights an urgent need to PR:PROJECT_SUMMARY identify bacterial pathogenic functions that may be targets for clinical PR:PROJECT_SUMMARY intervention. Although severe infections profoundly alter host metabolism, prior PR:PROJECT_SUMMARY studies have largely ignored microbial metabolism in this context. Here we PR:PROJECT_SUMMARY describe an iterative, comparative metabolomics pipeline to uncover microbial PR:PROJECT_SUMMARY metabolic features in the complex setting of a host and apply it to investigate PR:PROJECT_SUMMARY gram-negative bloodstream infection (BSI) in patients. The data from each stage PR:PROJECT_SUMMARY of this analysis pipeline are included here. We find elevated levels of PR:PROJECT_SUMMARY bacterially-derived acetylated polyamines during BSI and discover the enzyme PR:PROJECT_SUMMARY responsible for their production (SpeG). Blocking SpeG activity reduces PR:PROJECT_SUMMARY bacterial proliferation and slows pathogenesis. Reduction of SpeG activity also PR:PROJECT_SUMMARY enhances bacterial membrane permeability and increases intracellular antibiotic PR:PROJECT_SUMMARY accumulation, allowing us to overcome AMR in culture and in vivo. This study PR:PROJECT_SUMMARY highlights how tools to study pathogen metabolism in the natural context of PR:PROJECT_SUMMARY infection can reveal and prioritize new therapeutic strategies for addressing PR:PROJECT_SUMMARY challenging infections. PR:INSTITUTE Broad Institute of MIT and Harvard PR:DEPARTMENT Metabolomics Platform PR:LAST_NAME Clish PR:FIRST_NAME Clary PR:ADDRESS 415 Main Street, Cambridge, MA, 02142, USA PR:EMAIL clary@broadinstitute.org PR:PHONE 617-714-7654 PR:PUBLICATIONS submitted PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M84Q6N PR:CONTRIBUTORS Courtney Beaulieu, Amy Deik, Kerry Pierce, Clary B. Clish, Jared R. Mayers, Jack PR:CONTRIBUTORS Varon, Ruixuan R. Zhao, Martin Daniel-Ivad, , Amrisha Bholse, Nathanial R. PR:CONTRIBUTORS Glasser, Franziska M. Lichtenauer, Julie Ng, Mayra Pinilla Vera, Curtis PR:CONTRIBUTORS Huttenhower, Mark A. Perrella, Sihai D. Zhao, Rebecca M. Baron, Emily P. Balskus #STUDY ST:STUDY_TITLE Identification and targeting of microbial putrescine acetylation in bloodstream ST:STUDY_TITLE infections ST:STUDY_TYPE comparison of septic shock versus control plasma ST:STUDY_SUMMARY To identify bacterial metabolites elevated in human plasma during infection, we ST:STUDY_SUMMARY performed metabolomics on an existing cohort of patient plasma samples from 21 ST:STUDY_SUMMARY septic shock patients admitted to the intensive care unit (ICU) with culture ST:STUDY_SUMMARY positive gram-negative BSIs (Escherichia coli, Klebsiella spp., Pseudomonas ST:STUDY_SUMMARY spp.) who had banked blood samples drawn contemporaneously or ST:STUDY_SUMMARY near-contemporaneously with their positive blood cultures as well from 22 ST:STUDY_SUMMARY controls admitted to the ICU for other reasons. ST:INSTITUTE Broad Institute of MIT and Harvard ST:DEPARTMENT Metabolomics Platform ST:LAST_NAME Clish ST:FIRST_NAME Clary ST:ADDRESS 415 Main Street, Cambridge, MA, 02142, USA ST:EMAIL clary@broadinstitute.org ST:PHONE 617-714-7654 ST:SUBMIT_DATE 2023-10-02 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Human SU:SUBJECT_SPECIES Homo sapiens SU:TAXONOMY_ID 9606 SU:AGE_OR_AGE_RANGE 22-93 SU:GENDER Male and female #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 392 Group:Control Age=26; Gender=M; Control diagnosis=Crohn's, desens adm; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=9; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0007_MAY_RoCI-StEM_CP-392.raw; RAW_FILE_NAME=0007_MAY_ROCI-StEM_HN_392.raw; RAW_FILE_NAME=0007_MAY_ROCI-StEM_HP-392.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 419 Group:Control Age=68; Gender=F; Control diagnosis=ASA desense; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=9; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0010_MAY_RoCI-StEM_CP-419.raw; RAW_FILE_NAME=0010_MAY_ROCI-StEM_HN_419.raw; RAW_FILE_NAME=0010_MAY_ROCI-StEM_HP-419.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 561 Group:Control Age=43; Gender=M; Control diagnosis=volume overload, ?PNA; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=34; Baseline SOFA=8; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0019_MAY_RoCI-StEM_CP-561.raw; RAW_FILE_NAME=0019_MAY_ROCI-StEM_HN_561.raw; RAW_FILE_NAME=0019_MAY_ROCI-StEM_HP-561.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 594 Group:Control Age=58; Gender=F; Control diagnosis=angioedema; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=15; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0022_MAY_RoCI-StEM_CP-594.raw; RAW_FILE_NAME=0022_MAY_ROCI-StEM_HN_594.raw; RAW_FILE_NAME=0022_MAY_ROCI-StEM_HP-594.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 596 Group:Control Age=61; Gender=F; Control diagnosis=ALS; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=14; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0023_MAY_RoCI-StEM_CP-596.raw; 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RAW_FILE_NAME=0026_MAY_ROCI-StEM_HP-600.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 650 Group:Control Age=79; Gender=M; Control diagnosis=mouth bleeding; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=15; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0030_MAY_RoCI-StEM_CP-650.raw; RAW_FILE_NAME=0030_MAY_ROCI-StEM_HN_650.raw; RAW_FILE_NAME=0030_MAY_ROCI-StEM_HP-650.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 658 Group:Control Age=58; Gender=M; Control diagnosis=s/p cardiac arrest; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=7; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0031_MAY_RoCI-StEM_CP-658.raw; RAW_FILE_NAME=0031_MAY_ROCI-StEM_HN_658.raw; RAW_FILE_NAME=0031_MAY_ROCI-StEM_HP-658.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 694 Group:Control Age=57; Gender=F; Control diagnosis=resp failure, flu (neg cx); Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=17; Baseline SOFA=1; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0034_MAY_RoCI-StEM_CP-694.raw; RAW_FILE_NAME=0034_MAY_ROCI-StEM_HN_694.raw; RAW_FILE_NAME=0034_MAY_ROCI-StEM_HP-694.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 698 Group:Control Age=66; Gender=F; Control diagnosis=COPD; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=27; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0037_MAY_RoCI-StEM_CP-698.raw; RAW_FILE_NAME=0037_MAY_ROCI-StEM_HN_698.raw; RAW_FILE_NAME=0037_MAY_ROCI-StEM_HP-698.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 700 Group:Control Age=57; Gender=M; Control diagnosis=Pneumonitis; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=28; Baseline SOFA=11; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0039_MAY_RoCI-StEM_CP-700.raw; RAW_FILE_NAME=0039_MAY_ROCI-StEM_HN_700.raw; RAW_FILE_NAME=0039_MAY_ROCI-StEM_HP-700.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 701 Group:Control Age=42; Gender=F; Control diagnosis=HypoNa (PCP PNA); Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=19; Baseline SOFA=5; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0040_MAY_RoCI-StEM_CP-701.raw; RAW_FILE_NAME=0040_MAY_ROCI-StEM_HN_701.raw; RAW_FILE_NAME=0040_MAY_ROCI-StEM_HP-701.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 704 Group:Control Age=75; Gender=F; Control diagnosis=Tumor impinging on trachea; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=18; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0042_MAY_RoCI-StEM_CP-704.raw; RAW_FILE_NAME=0042_MAY_ROCI-StEM_HN_704.raw; RAW_FILE_NAME=0042_MAY_ROCI-StEM_HP-704.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 705 Group:Control Age=68; Gender=F; Control diagnosis=RF, ILD -> transplant eval; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=17; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0043_MAY_RoCI-StEM_CP-705.raw; RAW_FILE_NAME=0043_MAY_ROCI-StEM_HN_705.raw; RAW_FILE_NAME=0043_MAY_ROCI-StEM_HP-705.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 710 Group:Control Age=22; Gender=F; Control diagnosis=Asthma exacerbation; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=12; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0046_MAY_RoCI-StEM_CP-710.raw; RAW_FILE_NAME=0046_MAY_ROCI-StEM_HN_710.raw; RAW_FILE_NAME=0046_MAY_ROCI-StEM_HP-710.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 712 Group:Control Age=68; Gender=F; Control diagnosis=RF 2/2 SCLC; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=19; Baseline SOFA=0; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0047_MAY_RoCI-StEM_CP-712.raw; RAW_FILE_NAME=0047_MAY_ROCI-StEM_HN_712.raw; RAW_FILE_NAME=0047_MAY_ROCI-StEM_HP-712.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 718 Group:Control Age=30; Gender=F; Control diagnosis=Flu B c/b ARDS; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=23; Baseline SOFA=10; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0050_MAY_RoCI-StEM_CP-718.raw; RAW_FILE_NAME=0050_MAY_ROCI-StEM_HN_718.raw; RAW_FILE_NAME=0050_MAY_ROCI-StEM_HP-718.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 719 Group:Control Age=31; Gender=F; Control diagnosis=Pancreatitis 2/2 hyperTG; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=9; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0051_MAY_RoCI-StEM_CP-719.raw; RAW_FILE_NAME=0051_MAY_ROCI-StEM_HN_719.raw; RAW_FILE_NAME=0051_MAY_ROCI-StEM_HP-719.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 720 Group:Control Age=76; Gender=M; Control diagnosis=CAP, MERS r/o; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=19; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0052_MAY_RoCI-StEM_CP-720.raw; RAW_FILE_NAME=0052_MAY_ROCI-StEM_HN_720.raw; RAW_FILE_NAME=0052_MAY_ROCI-StEM_HP-720.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 721 Group:Control Age=61; Gender=F; Control diagnosis=pulmonary hypertension; Microorganism 1=NA; Source=NA; Baseline APACHE II=NA; Baseline SOFA=NA; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0053_MAY_RoCI-StEM_CP-721.raw; RAW_FILE_NAME=0053_MAY_ROCI-StEM_HN_721.raw; RAW_FILE_NAME=0053_MAY_ROCI-StEM_HP-721.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 287 Group:Septic Shock Age=64; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=GU; Baseline APACHE II=28; Baseline SOFA=6; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0001_MAY_RoCI-StEM_CP-287.raw; RAW_FILE_NAME=0001_MAY_ROCI-StEM_HN_287.raw; RAW_FILE_NAME=0001_MAY_ROCI-StEM_HP-287.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 289 Group:Septic Shock Age=93; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=GU; Baseline APACHE II=28; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0002_MAY_RoCI-StEM_CP-289.raw; RAW_FILE_NAME=0002_MAY_ROCI-StEM_HN_289.raw; RAW_FILE_NAME=0002_MAY_ROCI-StEM_HP-289.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 328 Group:Septic Shock Age=87; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Klebsiella species; Source=unknown; Baseline APACHE II=30; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0003_MAY_RoCI-StEM_CP-328.raw; RAW_FILE_NAME=0003_MAY_ROCI-StEM_HN_328.raw; RAW_FILE_NAME=0003_MAY_ROCI-StEM_HP-328.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 348 Group:Septic Shock Age=44; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=unknown; Baseline APACHE II=28; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0004_MAY_RoCI-StEM_CP-348.raw; RAW_FILE_NAME=0004_MAY_ROCI-StEM_HN_348.raw; RAW_FILE_NAME=0004_MAY_ROCI-StEM_HP-348.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 372 Group:Septic Shock Age=53; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=Lung; Baseline APACHE II=24; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0005_MAY_RoCI-StEM_CP-372.raw; RAW_FILE_NAME=0005_MAY_ROCI-StEM_HN_372.raw; RAW_FILE_NAME=0005_MAY_ROCI-StEM_HP-372.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 383 Group:Septic Shock Age=60; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Klebsiella species; Source=unknown; Baseline APACHE II=18; Baseline SOFA=5; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0006_MAY_RoCI-StEM_CP-383.raw; RAW_FILE_NAME=0006_MAY_ROCI-StEM_HN_383.raw; RAW_FILE_NAME=0006_MAY_ROCI-StEM_HP-383.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 399 Group:Septic Shock Age=73; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=GU; Baseline APACHE II=36; Baseline SOFA=7; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0008_MAY_RoCI-StEM_CP-399.raw; RAW_FILE_NAME=0008_MAY_ROCI-StEM_HN_399.raw; RAW_FILE_NAME=0008_MAY_ROCI-StEM_HP-399.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 405 Group:Septic Shock Age=72; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=Lung and GU; Baseline APACHE II=26; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0009_MAY_RoCI-StEM_CP-405.raw; RAW_FILE_NAME=0009_MAY_ROCI-StEM_HN_405.raw; RAW_FILE_NAME=0009_MAY_ROCI-StEM_HP-405.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 422 Group:Septic Shock Age=62; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=Lung; Baseline APACHE II=42; Baseline SOFA=9; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0011_MAY_RoCI-StEM_CP-422.raw; RAW_FILE_NAME=0011_MAY_ROCI-StEM_HN_422.raw; RAW_FILE_NAME=0011_MAY_ROCI-StEM_HP-422.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 435 Group:Septic Shock Age=56; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=unknown; Baseline APACHE II=27; Baseline SOFA=2; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0012_MAY_RoCI-StEM_CP-435.raw; RAW_FILE_NAME=0012_MAY_ROCI-StEM_HN_435.raw; RAW_FILE_NAME=0012_MAY_ROCI-StEM_HP-435.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 443 Group:Septic Shock Age=45; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=GU; Baseline APACHE II=35; Baseline SOFA=9; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0013_MAY_RoCI-StEM_CP-443.raw; RAW_FILE_NAME=0013_MAY_ROCI-StEM_HN_443.raw; RAW_FILE_NAME=0013_MAY_ROCI-StEM_HP-443.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 464 Group:Septic Shock Age=85; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=unknown; Baseline APACHE II=33; Baseline SOFA=6; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0014_MAY_RoCI-StEM_CP-464.raw; RAW_FILE_NAME=0014_MAY_ROCI-StEM_HN_464.raw; RAW_FILE_NAME=0014_MAY_ROCI-StEM_HP-464.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 473 Group:Septic Shock Age=58; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Pseudomonas species; Source=GU; Baseline APACHE II=19; Baseline SOFA=3; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0015_MAY_RoCI-StEM_CP-473.raw; RAW_FILE_NAME=0015_MAY_ROCI-StEM_HN_473.raw; RAW_FILE_NAME=0015_MAY_ROCI-StEM_HP-473.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 488 Group:Septic Shock Age=42; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Klebsiella species; Source=GU; Baseline APACHE II=27; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0016_MAY_RoCI-StEM_CP-488.raw; RAW_FILE_NAME=0016_MAY_ROCI-StEM_HN_488.raw; RAW_FILE_NAME=0016_MAY_ROCI-StEM_HP-488.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 539 Group:Septic Shock Age=57; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=unknown; Baseline APACHE II=27; Baseline SOFA=12; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0017_MAY_RoCI-StEM_CP-539.raw; RAW_FILE_NAME=0017_MAY_ROCI-StEM_HN_539.raw; RAW_FILE_NAME=0017_MAY_ROCI-StEM_HP-539.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 541 Group:Septic Shock Age=58; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=GU; Baseline APACHE II=31; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=Y; RAW_FILE_NAME=0018_MAY_RoCI-StEM_CP-541.raw; RAW_FILE_NAME=0018_MAY_ROCI-StEM_HN_541.raw; RAW_FILE_NAME=0018_MAY_ROCI-StEM_HP-541.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 565 Group:Septic Shock Age=22; Gender=F; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Klebsiella species; Source=GI; Baseline APACHE II=21; Baseline SOFA=4; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0020_MAY_RoCI-StEM_CP-565.raw; 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RAW_FILE_NAME=0029_MAY_ROCI-StEM_HP-633.raw SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - 716 Group:Septic Shock Age=91; Gender=M; Control diagnosis=NA; Microorganism 1=Escherichia coli; Source=GI; Baseline APACHE II=22; Baseline SOFA=9; In hosp mortality?=N; RAW_FILE_NAME=0049_MAY_RoCI-StEM_CP-716.raw; RAW_FILE_NAME=0049_MAY_ROCI-StEM_HN_716.raw; RAW_FILE_NAME=0049_MAY_ROCI-StEM_HP-716.raw #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Patient samples were selected from the pre-existing Registry of Critical Illness CO:COLLECTION_SUMMARY (RoCI) cohort, housed at Brigham and Women’s Hospital (BWH) in Boston, MA, CO:COLLECTION_SUMMARY USA. RoCI is approved by the Partners Human Research Committee. Informed consent CO:COLLECTION_SUMMARY was obtained for blood collection. Curation of the database identified 21 CO:COLLECTION_SUMMARY patients with positive blood cultures growing either Escherichia coli, CO:COLLECTION_SUMMARY Klebsiella pneumoniae, or Pseudomonas aeruginosa with contemporaneous or near CO:COLLECTION_SUMMARY contemporaneous plasma samples banked and available for metabolomic analysis. CO:COLLECTION_SUMMARY Twenty-two controls admitted to the intensive care unit for reasons other than CO:COLLECTION_SUMMARY septic shock were identified for use as controls. CO:SAMPLE_TYPE Blood (plasma) CO:STORAGE_CONDITIONS -80℃ #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY No treatment was used in the study #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Plasma samples were thawed on ice and aliquoted to prepare extracts for three SP:SAMPLEPREP_SUMMARY different LC-MS methods: HILIC-pos: 10 µL of plasma sample was extracted using SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 90 µL of acetonitrile/methanol/formic acid (74.9:24.9:0.2 v/v/v) containing SP:SAMPLEPREP_SUMMARY stable isotope-labeled internal standards (valine-d8, Sigma-Aldrich; St. Louis, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY MO; and phenylalanine-d8, Cambridge Isotope Laboratories; Andover, MA). The SP:SAMPLEPREP_SUMMARY samples were centrifuged (10 min, 9,000 x g, 4°C), and the supernatants were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY transferred to autosampler vials containing deactivated glass inserts. SP:SAMPLEPREP_SUMMARY HILIC-neg: 30 µL of each plasma sample was extracted using 120 µL of 80% SP:SAMPLEPREP_SUMMARY methanol containing inosine-15N4, thymine-d4 and glycocholate-d4 internal SP:SAMPLEPREP_SUMMARY standards (Cambridge Isotope Laboratories; Andover, MA). The samples were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY centrifuged (10 min, 9,000 x g, 4°C), and the supernatants were transferred to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY autosampler vials containing deactivated glass inserts. C8-pos: 10 µL of plasma SP:SAMPLEPREP_SUMMARY sample was extracted using 190 µL of isopropanol containing SP:SAMPLEPREP_SUMMARY 1,2-didodecanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (Avanti Polar Lipids; Alabaster, SP:SAMPLEPREP_SUMMARY AL). The samples were centrifuged (10 min, 9,000 x g, ambient temperature), and SP:SAMPLEPREP_SUMMARY the supernatants were transferred to autosampler vials containing deactivated SP:SAMPLEPREP_SUMMARY glass inserts. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY HILIC-pos: Hydrophilic interaction liquid chromatography (HILIC) analysis of CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY water soluble metabolites in the positive ionization mode CH:INSTRUMENT_NAME Shimadzu Nexera X2 CH:COLUMN_NAME Waters Atlantis HILIC (150 x 2.1mm,3um,100Å) CH:COLUMN_TEMPERATURE 30 CH:FLOW_GRADIENT 0-0.5 min, isocratic 95% B; 0.5-10.5 min, gradient to 40% B; 10.5-15 min, CH:FLOW_GRADIENT isocratic 40% B; 15-17 min, gradient to 95% B CH:FLOW_RATE 250 uL/min CH:SOLVENT_A 100% water; 0.1% formic acid; 10 mM ammonium formate CH:SOLVENT_B 100% acetonitrile; 0.1% formic acid CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE HILIC #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE ESI MS:MS_COMMENTS MS analyses were carried out using electrospray ionization in the positive ion MS:MS_COMMENTS mode using full scan analysis over 70-800 m/z at 70,000 resolution and 3 Hz data MS:MS_COMMENTS acquisition rate. Other MS settings were: sheath gas 40, sweep gas 2, spray MS:MS_COMMENTS voltage 3.5 kV, capillary temperature 350°C, S-lens RF 40, heater temperature MS:MS_COMMENTS 300°C, microscans 1, automatic gain control target 1e6, and maximum ion time MS:MS_COMMENTS 250 ms. Raw data were processed using TraceFinder 3.3 software (Thermo Fisher MS:MS_COMMENTS Scientific; Waltham, MA) and Progenesis QI (Nonlinear Dynamics; Newcastle upon MS:MS_COMMENTS Tyne, UK). Metabolite identities were confirmed using authentic reference MS:MS_COMMENTS standards. MS:ION_MODE POSITIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS integrated peak area MS_METABOLITE_DATA_START Samples 392 419 561 594 596 597 598 600 650 658 694 698 700 701 704 705 710 712 718 719 720 721 287 289 328 348 372 383 399 405 422 435 443 464 473 488 539 541 565 575 602 633 716 Factors Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Control Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock Group:Septic Shock 1_7-dimethyluric acid 45318.0000 39463.0000 54053.0000 57678.0000 3845.0000 51.0000 6239.0000 48646.0000 43.0000 37117.0000 27490.0000 222578.0000 21833.0000 10204.0000 46048.0000 646.0000 35464.0000 11925.0000 11051.0000 161789.0000 16117.0000 1138.0000 169508.0000 157267.0000 4118.0000 43.0000 205.0000 10034.0000 16326.0000 21018.0000 3671.0000 869.0000 8039.0000 67.0000 4271.0000 3773.0000 8584.0000 643.0000 10.0000 4748.0000 13673.0000 20363.0000 1-carboxymethylmetronidazole 3262.0000 2733.0000 5306.0000 10462.0000 1-methyladenosine 14592.0000 12329.0000 30329.0000 17938.0000 14914.0000 52304.0000 14635.0000 50296.0000 15668.0000 13372.0000 7802.0000 25911.0000 21768.0000 16692.0000 14496.0000 11632.0000 7003.0000 18176.0000 13326.0000 13730.0000 24511.0000 11424.0000 44890.0000 29095.0000 55610.0000 11689.0000 44388.0000 43445.0000 29910.0000 41199.0000 27242.0000 92091.0000 53457.0000 70973.0000 12218.0000 19781.0000 62895.0000 57897.0000 27628.0000 27590.0000 37736.0000 35694.0000 35980.0000 1-methylguanine 8247.0000 10716.0000 22196.0000 1728.0000 4588.0000 14714.0000 5564.0000 5455.0000 10282.0000 2932.0000 4589.0000 23213.0000 11156.0000 6162.0000 11995.0000 4778.0000 9190.0000 5923.0000 11391.0000 6350.0000 8462.0000 7043.0000 14760.0000 12779.0000 11292.0000 4620.0000 11303.0000 5692.0000 7568.0000 13691.0000 3900.0000 30986.0000 20235.0000 6079.0000 7255.0000 7489.0000 23371.0000 20195.0000 3688.0000 8233.0000 7025.0000 14334.0000 17778.0000 1-methylguanosine 13505.0000 13365.0000 39063.0000 11329.0000 14463.0000 22186.0000 22454.0000 15520.0000 23110.0000 20359.0000 17777.0000 23610.0000 44551.0000 37147.0000 26138.0000 15270.0000 16648.0000 26192.0000 20538.0000 11252.0000 14788.0000 12343.0000 14241.0000 15736.0000 46390.0000 12131.0000 29768.0000 32048.0000 18875.0000 16994.0000 22402.0000 45849.0000 55322.0000 17896.0000 21601.0000 15430.0000 20030.0000 23769.0000 13392.0000 14065.0000 17148.0000 33649.0000 21531.0000 2-aminoisobutyric acid 613774.0000 508285.0000 903483.0000 336212.0000 615271.0000 28970546.0000 1233769.0000 3242196.0000 860768.0000 1145970.0000 429962.0000 839755.0000 648955.0000 232460.0000 495465.0000 600763.0000 996253.0000 2090851.0000 903829.0000 146184.0000 1339507.0000 350612.0000 662056.0000 1100334.0000 3933430.0000 180386.0000 575246.0000 987315.0000 228815.0000 94013.0000 916139.0000 928531.0000 325567.0000 593975.0000 841747.0000 151723.0000 1431532.0000 2749372.0000 103781.0000 343896.0000 367555.0000 1211791.0000 1602841.0000 2-deoxyuridine 12554.0000 15322.0000 39434.0000 10319.0000 12072.0000 70724.0000 7563.0000 113570.0000 10598.0000 6019.0000 3062.0000 41219.0000 13953.0000 9068.0000 14302.0000 2656.0000 6723.0000 9220.0000 21367.0000 5320.0000 15496.0000 16951.0000 24725.0000 39700.0000 32753.0000 8281.0000 12439.0000 36426.0000 23423.0000 26715.0000 9921.0000 51530.0000 42060.0000 36245.0000 7156.0000 7105.0000 31424.0000 38664.0000 4990.0000 16907.0000 17140.0000 17033.0000 24169.0000 3-hydroxyhippurate 1001081.0000 168457.0000 7045472.0000 960591.0000 63928.0000 117723.0000 117855.0000 9329518.0000 135562.0000 1569245.0000 1321881.0000 56542118.0000 167070.0000 1368629.0000 4165292.0000 49730.0000 2315547.0000 8542.0000 510494.0000 25347.0000 408021.0000 1052187.0000 3595768.0000 11181599.0000 11027732.0000 267644.0000 17531.0000 1603691.0000 2085278.0000 4897065.0000 15697117.0000 5789.0000 1330242.0000 2777043.0000 135065.0000 56603.0000 1267937.0000 924376.0000 56780.0000 622840.0000 98594.0000 1244221.0000 4797940.0000 3-methoxytyramine 150.0000 48.0000 107.0000 68.0000 1444.0000 552.0000 63.0000 21768.0000 53.0000 105.0000 56.0000 10631.0000 522.0000 95.0000 49.0000 77.0000 63.0000 63.0000 68.0000 34.0000 40.0000 13.0000 4455.0000 37.0000 108.0000 142.0000 77.0000 9398.0000 4218.0000 92.0000 18518.0000 71.0000 86.0000 137.0000 77.0000 32.0000 603.0000 69.0000 43.0000 88.0000 131.0000 108380.0000 65.0000 3-methylhistidine 385271.0000 99224.0000 305960.0000 59577.0000 69128.0000 248054.0000 41493.0000 660279.0000 86594.0000 219989.0000 104276.0000 228617.0000 170606.0000 129908.0000 103487.0000 24077.0000 211573.0000 46047.0000 100580.0000 34286.0000 66281.0000 441602.0000 112912.0000 406913.0000 463046.0000 41531.0000 45409.0000 62490.0000 88598.0000 155057.0000 33379.0000 84399.0000 123567.0000 372333.0000 75195.0000 20006.0000 166583.0000 670971.0000 48376.0000 49410.0000 154075.0000 211896.0000 134543.0000 3-methylxanthine 49344.0000 25871.0000 10974.0000 10866.0000 2889.0000 634.0000 2096.0000 10828.0000 40.0000 5762.0000 23258.0000 343685.0000 12260.0000 5420.0000 12137.0000 14682.0000 20666.0000 129.0000 7882.0000 5542.0000 28862.0000 19845.0000 3227.0000 46633.0000 343513.0000 2770.0000 1078.0000 4752.0000 2843.0000 8580.0000 8320.0000 367.0000 1173.0000 6448.0000 655.0000 2145.0000 3625.0000 3933.0000 83.0000 92.0000 1087.0000 24761.0000 43854.0000 3-(N-acetyl-L-cystein-S-yl) acetaminophen 950745.0000 2337.0000 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carnitine 5623.0000 15960.0000 5781.0000 5587.0000 13714.0000 40221.0000 9228.0000 16331.0000 4706.0000 16562.0000 6555.0000 15141.0000 6946.0000 13028.0000 10528.0000 7206.0000 5950.0000 8611.0000 4528.0000 4611.0000 7366.0000 4979.0000 5891.0000 8811.0000 172066.0000 1859.0000 8659.0000 15281.0000 8846.0000 5514.0000 7185.0000 15653.0000 5422.0000 6456.0000 10540.0000 5108.0000 7796.0000 7925.0000 1130.0000 6318.0000 4423.0000 11147.0000 7784.0000 C16:0 ceramide (d18:1) 25726.0000 47101.0000 55685.0000 29865.0000 38815.0000 53724.0000 28681.0000 92806.0000 23269.0000 28441.0000 64299.0000 43335.0000 111260.0000 54466.0000 36633.0000 50936.0000 23593.0000 106641.0000 147983.0000 133243.0000 96769.0000 42834.0000 158792.0000 35746.0000 78790.0000 71577.0000 79407.0000 137558.0000 47864.0000 98515.0000 39460.0000 99594.0000 93790.0000 54588.0000 60123.0000 60006.0000 92227.0000 72068.0000 65340.0000 23813.0000 66446.0000 49827.0000 47293.0000 C16:0 LPC 15777438.0000 16026565.0000 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