#METABOLOMICS WORKBENCH sjleigh_20240319_040753 DATATRACK_ID:4727 STUDY_ID:ST003132 ANALYSIS_ID:AN005141 VERSION 1 CREATED_ON 03-22-2024 #PROJECT PR:PROJECT_TITLE The microbiota drives diurnal rhythms in tryptophan metabolism in the stressed PR:PROJECT_TITLE gut PR:PROJECT_TYPE Untargeted metabolomics by Metabolon PR:PROJECT_SUMMARY Adult male C57Bl/6 conventional, germ-free and colonized germ-free mice PR:PROJECT_SUMMARY underwent a 15-minute restraint stress exposure. Caecal contents and colonic PR:PROJECT_SUMMARY mucosal scrapings were collected from naïve mice and stressed mice, either PR:PROJECT_SUMMARY immediately or 45 minutes following stress. Caecal contents and colonic mucosal PR:PROJECT_SUMMARY scrapings underwent untargeted metabolomics analysis. PR:INSTITUTE University College Cork PR:DEPARTMENT Psychiatry PR:LABORATORY Microbiota-Gut-Brain Axis Group PR:LAST_NAME Clarke PR:FIRST_NAME Gerard PR:ADDRESS Gaol Walk, Cork PR:EMAIL G.Clarke@ucc.ie PR:PHONE +353-21-4901408 PR:FUNDING_SOURCE The research was conducted in the APC Microbiome Ireland which is funded by PR:FUNDING_SOURCE Science Foundation Ireland (SFI/12/RC/2273). This project in part is a PR:FUNDING_SOURCE collaborative agreement (FA9550-17-1-0016) funded by European Office of PR:FUNDING_SOURCE Aerospace Research and Development, Air Force Office of Scientific Research and PR:FUNDING_SOURCE 711 Human Performance Wing, Air Force Research Laboratory. PR:DOI http://dx.doi.org/10.21228/M89M7J #STUDY ST:STUDY_TITLE Untargeted Metabolomics on Mouse colonic mucosa ST:STUDY_TYPE Mouse ST:STUDY_SUMMARY While there is strong evidence for interactions between the microbiota-gut-brain ST:STUDY_SUMMARY axis and host physiology in the context of chronic stress, limited research has ST:STUDY_SUMMARY investigated the role of the microbiome in host response to acute stress. ST:STUDY_SUMMARY Determining the underlying mechanisms by which stress-induced microbiota changes ST:STUDY_SUMMARY may provoke functional changes in the gut and brain is critical for developing ST:STUDY_SUMMARY future therapeutics to alleviate the adverse consequences of traumatic stress. ST:STUDY_SUMMARY Here, we aimed to identify a biological signature of gut metabolites that are ST:STUDY_SUMMARY significantly altered following exposure to acute restraint stress. Adult male ST:STUDY_SUMMARY C57Bl/6 conventional, germ-free and colonized germ-free mice underwent a ST:STUDY_SUMMARY 15-minute restraint stress exposure. Caecal contents were collected from naïve ST:STUDY_SUMMARY mice and stressed mice, either immediately or 45 minutes following stress. ST:STUDY_SUMMARY Colonic mucosa underwent untargeted metabolomics analysis. ST:INSTITUTE University College Cork ST:DEPARTMENT Psychiatry ST:LABORATORY Microbiota-Gut-Brain Axis Group ST:LAST_NAME Clarke ST:FIRST_NAME Gerard ST:ADDRESS Gaol Walk, Cork ST:EMAIL G.Clarke@ucc.ie ST:PHONE +353-21-4901408 ST:SUBMIT_DATE 2024-03-19 #SUBJECT SU:SUBJECT_TYPE Mammal SU:SUBJECT_SPECIES Mus musculus SU:TAXONOMY_ID 10090 SU:GENOTYPE_STRAIN C57Bl/6J SU:AGE_OR_AGE_RANGE 8-10 weeks SU:WEIGHT_OR_WEIGHT_RANGE 20-29g SU:GENDER Male SU:ANIMAL_ANIMAL_SUPPLIER Taconic SU:ANIMAL_HOUSING Gnotobiotic isolators/conventional housing SU:ANIMAL_LIGHT_CYCLE 12/12 SU:ANIMAL_FEED RM1A (P) and RM3A (P) from Special Diet Services #SUBJECT_SAMPLE_FACTORS: SUBJECT(optional)[tab]SAMPLE[tab]FACTORS(NAME:VALUE pairs separated by |)[tab]Additional sample data SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF8.1 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF8.2 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF8.3 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF8.4 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF8.5 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF8.6 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF8.7 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF9.1 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF9.2 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF9.3 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF9.4 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF9.5 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF9.6 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF9.7 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF7.1 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF7.2 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF7.3 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF7.4 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF7.5 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF7.6 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - ColGF7.7 Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv5.1 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv5.2 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv5.3 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv5.4 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv5.5 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv5.6 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv5.7 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv6.1 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv6.2 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv6.3 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv6.4 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv6.5 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv6.6 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv6.7 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv4.1 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv4.2 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv4.3 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv4.4 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv4.5 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv4.6 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - Conv4.7 Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF2.1 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF2.2 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF2.3 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF2.4 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF2.5 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF2.6 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF2.7 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF3.1 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF3.2 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF3.3 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF3.4 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF3.5 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF3.6 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF3.7 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF1.1 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF1.2 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF1.3 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF1.4 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF1.5 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF1.6 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre SUBJECT_SAMPLE_FACTORS - GF1.7 Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre #COLLECTION CO:COLLECTION_SUMMARY Upon entering the cull room, mice were immediately decapitated, trunk blood CO:COLLECTION_SUMMARY collected, and tissues harvested. Caecal contents and intestinal samples were CO:COLLECTION_SUMMARY manually dissected and stored in PCR-grade microfuge tubes at -80°C until CO:COLLECTION_SUMMARY analyses. CO:SAMPLE_TYPE Colon CO:STORAGE_CONDITIONS -80? #TREATMENT TR:TREATMENT_SUMMARY All animal work carried was approved by the Animal Experimentation Ethics TR:TREATMENT_SUMMARY Committee of University College Cork and Health Products Regulatory Authority TR:TREATMENT_SUMMARY (HPRA) before beginning this study. All experimentation was carried out in TR:TREATMENT_SUMMARY accordance with European Directive 2010/63/EU and was approved by both the TR:TREATMENT_SUMMARY Animal Experimentation Ethics Committee of University College Cork (Project TR:TREATMENT_SUMMARY Authorization AE19130/P160) and United States Air Force Surgeon General's Office TR:TREATMENT_SUMMARY of Research Oversight and Compliance. C57/BL6 mice breeding pairs were acquired TR:TREATMENT_SUMMARY from Taconic Biosciences, and F1-generation male and female offspring were used TR:TREATMENT_SUMMARY in all experiments. Germ-free, ex-germ-free, and conventional mice were housed TR:TREATMENT_SUMMARY 2-4 mice/cage under a 12-hour light/dark cycle and maintained on ad libitum TR:TREATMENT_SUMMARY autoclaved water and autoclaved, pelleted diet (Special Diet Services). Housing TR:TREATMENT_SUMMARY conditions for germ-free, conventional, and colonized germ-free adhered to the TR:TREATMENT_SUMMARY same environmental conditions of temperature (21 ± 1°C) and humidity TR:TREATMENT_SUMMARY (55%-60%). Germ-free mice were housed in gnotobiotic flexible-film isolators. TR:TREATMENT_SUMMARY Colonized germ-free mice were born and maintained as germ-free mice in TR:TREATMENT_SUMMARY gnotobiotic flexible-film isolators until postnatal day 21 when they were TR:TREATMENT_SUMMARY removed from the isolators and, for the remaining duration of this study, TR:TREATMENT_SUMMARY re-located to the standard animal facility and housed in wire-top cages that TR:TREATMENT_SUMMARY contained used-bedding from age- and sex-matched conventional mice. The acute TR:TREATMENT_SUMMARY restraint stress procedure was performed using a clean perforated polypropylene TR:TREATMENT_SUMMARY screw-cap 50 mL conical tubes. Cages were randomly assigned to either non-stress TR:TREATMENT_SUMMARY or stress groups. Each mouse that underwent stress was placed into the 50 mL TR:TREATMENT_SUMMARY tube and restrained for 15 minutes. #SAMPLEPREP SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Samples were prepared using the automated MicroLab STAR® system from Hamilton SP:SAMPLEPREP_SUMMARY Company. Several recovery standards were added prior to the first step in the SP:SAMPLEPREP_SUMMARY extraction process for QC purposes. To remove protein, dissociate small SP:SAMPLEPREP_SUMMARY molecules bound to protein or trapped in the precipitated protein matrix, and to SP:SAMPLEPREP_SUMMARY recover chemically diverse metabolites, proteins were precipitated with methanol SP:SAMPLEPREP_SUMMARY under vigorous shaking for 2 min (Glen Mills GenoGrinder 2000) followed by SP:SAMPLEPREP_SUMMARY centrifugation. The resulting extract was divided into five fractions: two for SP:SAMPLEPREP_SUMMARY analysis by two separate reverse phase (RP)/UPLC-MS/MS methods with positive ion SP:SAMPLEPREP_SUMMARY mode electrospray ionization (ESI), one for analysis by RP/UPLC-MS/MS with SP:SAMPLEPREP_SUMMARY negative ion mode ESI, one for analysis by HILIC/UPLC-MS/MS with negative ion SP:SAMPLEPREP_SUMMARY mode ESI, and one sample was reserved for backup. Samples were placed briefly on SP:SAMPLEPREP_SUMMARY a TurboVap® (Zymark) to remove the organic solvent. The sample extracts were SP:SAMPLEPREP_SUMMARY stored overnight under nitrogen before preparation for analysis. #CHROMATOGRAPHY CH:CHROMATOGRAPHY_SUMMARY High pH (LC/MS Neg) CH:INSTRUMENT_NAME Waters Acquity CH:COLUMN_NAME Waters Acquity BEH C18 (100 x 2.1mm, 1.7um) CH:COLUMN_TEMPERATURE 40-50 CH:FLOW_GRADIENT Linear gradient from 0.5 to 70% B over 4.0 minutes, then rapid gradient to 99% B CH:FLOW_GRADIENT in 0.5 minutes. CH:FLOW_RATE 0.35 mL/min CH:SOLVENT_A 100% water; 6.5 mM ammonium bicarbonate, pH 8 CH:SOLVENT_B 95% methanol/5% water; 6.5 mM ammonium bicarbonate CH:CHROMATOGRAPHY_TYPE Reversed phase #ANALYSIS AN:ANALYSIS_TYPE MS #MS MS:INSTRUMENT_NAME Thermo Q Exactive Orbitrap MS:INSTRUMENT_TYPE Orbitrap MS:MS_TYPE Other MS:MS_COMMENTS Metabolon (LC/MS Neg) MS:ION_MODE NEGATIVE #MS_METABOLITE_DATA MS_METABOLITE_DATA:UNITS Raw Peak Area MS_METABOLITE_DATA_START Samples ColGF8.1 ColGF8.2 ColGF8.3 ColGF8.4 ColGF8.5 ColGF8.6 ColGF8.7 ColGF9.1 ColGF9.2 ColGF9.3 ColGF9.4 ColGF9.5 ColGF9.6 ColGF9.7 ColGF7.1 ColGF7.2 ColGF7.3 ColGF7.4 ColGF7.5 ColGF7.6 ColGF7.7 Conv5.1 Conv5.2 Conv5.3 Conv5.4 Conv5.5 Conv5.6 Conv5.7 Conv6.1 Conv6.2 Conv6.3 Conv6.4 Conv6.5 Conv6.6 Conv6.7 Conv4.1 Conv4.2 Conv4.3 Conv4.4 Conv4.5 Conv4.6 Conv4.7 GF2.1 GF2.2 GF2.3 GF2.4 GF2.5 GF2.6 GF2.7 GF3.1 GF3.2 GF3.3 GF3.4 GF3.5 GF3.6 GF3.7 GF1.1 GF1.2 GF1.3 GF1.4 GF1.5 GF1.6 GF1.7 Factors Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:ColGF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:Conv_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_0min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_45min Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre Sample source:Colonic mucosa | Factor:GF_Pre 10-heptadecenoate (17:1n7) 91153408.0000 122644304.0000 69364416.0000 24132320.0000 33159184.0000 247594624.0000 198177424.0000 73559144.0000 69748816.0000 64289584.0000 65221256.0000 69348336.0000 61697264.0000 71630904.0000 79047328.0000 54088312.0000 46821196.0000 64927488.0000 68229352.0000 122974784.0000 55922620.0000 41626452.0000 50270416.0000 26807856.0000 38592328.0000 30142500.0000 37922408.0000 51624292.0000 102232328.0000 22814120.0000 109470128.0000 85835352.0000 135619744.0000 26952716.0000 106067472.0000 51135104.0000 80926456.0000 151948528.0000 60739216.0000 158272592.0000 37570824.0000 193027328.0000 68055376.0000 49710980.0000 49731668.0000 48237060.0000 20814668.0000 26269220.0000 81477160.0000 38907112.0000 40095660.0000 57154388.0000 79614440.0000 112425352.0000 60351968.0000 25401040.0000 34980472.0000 89448552.0000 105092168.0000 62071304.0000 59973424.0000 55052624.0000 46555524.0000 10-hydroxystearate 82561272.0000 31115286.0000 18369596.0000 65881972.0000 59719584.0000 52553780.0000 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166775 1381 12,13-DiHOME 10236635 C14829 5137 1,2,3-benzenetriol sulfate (2) 1709 12-dehydrocholate 94235 4871 12-HHTrE 5283141 C20388 5175 12-ketolithocholate 3080612 5130 (12 or 13)-methylmyristate (a15:0 or i15:0) 151014 5499 13-HODE + 9-HODE 5275 (14 or 15)-methylpalmitate (a17:0 or i17:0) 5695 1,5-anhydroglucitol (1,5-AG) 64960 C07326 802 16-hydroxypalmitate 10466 C18218 5236.2 (16 or 17)-methylstearate (a19:0 or i19:0) 3083779 5993 18-methylnonadecanoate (i20:0) 4383090 6170 1-arachidonoyl-GPI (20:4)* 5482 1-arachidonylglycerol (20:4) 5282281 C13857 6250 1-carboxyethylisoleucine 2628 1-carboxyethylleucine 2663 1-carboxyethylphenylalanine 2844 1-carboxyethyltyrosine 1846 1-carboxyethylvaline 2008 1-dihomo-linolenylglycerol (20:3) 6400 1-docosahexaenoylglycerol (22:6) 6150 1-eicosapentaenoylglycerol (20:5)* 6088 1-heptadecenoylglycerol (17:1)* 6390 1-kestose 440080 C03661 1054 1-linolenoylglycerol (18:3) 53480978 6214 1-linoleoylglycerol (18:2) 5283469 6477 1-linoleoyl-GPA (18:2)* 5483 1-linoleoyl-GPG (18:2)* 5516 1-linoleoyl-GPI (18:2)* 5494 1-linoleoyl-GPS (18:2)* 5500 1-margaroylglycerol (17:0) 107036 6571 1-meadoylglycerol (20:3n9)* 6450 1-myristoylglycerol (14:0) 79050 C01885 6353.3 1-oleoylglycerol (18:1) 5283468 6650 1-oleoyl-GPG (18:1)* 5610 1-oleoyl-GPI (18:1) 5599 1-oleoyl-GPS (18:1) 9547099 5607 1-palmitoleoylglycerol (16:1)* 6094 1-palmitoylglycerol (16:0) 14900 6550 1-palmitoyl-GPA (16:0) 6419701 C04036 5600 1-palmitoyl-GPG (16:0)* 3300276 5570 1-palmitoyl-GPI (16:0) 5564 1-palmitoyl-GPS (16:0)* 9547100 5572 1-pentadecanoylglycerol (15:0) 190750 6200 1-stearoyl-GPA (18:0) 89567 5829 1-stearoyl-GPG (18:0) 5816 1-stearoyl-GPI (18:0) 5794 1-stearoyl-GPS (18:0)* 9547101 5800 25-hydroxycholesterol sulfate 11705729 5409 2,6-dihydroxybenzoic acid 9338 2575 2-aminophenol sulfate 181670 1677 2-arachidonoylglycerol (20:4) 5282280 C13856 6170 2'-deoxyadenosine 5'-monophosphate 12599 C00360 1315 2'-deoxyguanosine 187790 C00330 1700 2'-deoxyinosine 65058 C05512 1688 2'-deoxyuridine 13712 C00526 1586 2-docosahexaenoylglycerol (22:6)* 6050 2-eicosapentaenoylglycerol (20:5)* 11660820 5943 2-heptadecenoylglycerol (17:1)* 6284 2-hydroxy-3-methylvalerate 164623 1800 2-hydroxyarachidate* 5225199 5990 2-hydroxybehenate 193484 6384 2-hydroxydecanoate 21488 4840 2-hydroxynervonate* 5312783 6345 2-hydroxypalmitate 92836 5511.2 2-hydroxysebacate 128458 1324 2-hydroxystearate 69417 C03045 5695 2-linoleoylglycerol (18:2) 5365676 6250 2-methylcitrate/homocitrate 575 2-myristoylglycerol (14:0) 137938 6230 2-oleoylglycerol (18:1) 5319879 6500 2'-O-methyluridine 102212 1831 (2 or 3)-decenoate (10:1n7 or n8) 4990 2-oxindole-3-acetate 3080590 2076 2-palmitoleoylglycerol (16:1)* 6016 2-palmitoleoyl-GPC (16:1)* 5720 2-palmitoylglycerol (16:0) 123409 6400 2-palmitoyl-GPC (16:0)* 15061532 6215 2-stearoyl-GPE (18:0)* 6350 3-(3-hydroxyphenyl)propionate 91 C11457 1980 3-(3-hydroxyphenyl)propionate sulfate 187488 1294 3-(4-hydroxyphenyl)lactate 9378 C03672 1379 3-(4-hydroxyphenyl)propionate 10394 C01744 1670 (3'-5')-adenylyladenosine* 94231 2173 (3'-5')-adenylylcytidine 10875494 1920 (3'-5')-adenylylguanosine* 444337 1980 (3'-5')-adenylyluridine 112074 2002 (3'-5')-cytidylyluridine* 1522 (3'-5')-GppC* 1075 (3'-5')-guanylylcytidine 107595 1670 (3'-5')-guanylyluridine 1772 (3'-5')-uridylylcytidine* 1591 (3'-5')-uridylyluridine 102258 1688 3-dehydrocholate 159655 5050 3-dehydrodeoxycholate 160738 5235 3'-dephospho-CoA-glutathione* 1690 3'-dephosphocoenzyme A 444485 C00882 2013 3-hydroxy-2-methylpyridine sulfate 1849 3-hydroxydecanoate 26612 4634.7 3-hydroxyhexanoate 151492 1725 3-hydroxyoctanoate 26613 3446 3-hydroxyoleate* 5508 3-hydroxypyridine sulfate 1595.5 3-hydroxysebacate 3017884 1282 3-hydroxystearate 5282907 5674 3-indoleglyoxylic acid 73863 2140 3-indoxyl sulfate 10258 2222.2 3-methyl-2-oxovalerate 47 C00671 2064.2 3-phenylpropionate (hydrocinnamate) 107 C05629 2860 3-phosphoglycerate 724 C00597 583 4-acetamidobenzoate 19266 D03836 1403 4-acetylcatechol sulfate (1) 1774 4-hydroxybenzoate 135 C00156 820 4-hydroxycinnamate sulfate 6070438 1000 4-hydroxyhippurate 151012 1475 4-hydroxy-nonenal-glutathione 3319.2 4-hydroxyphenylacetate 127 C00642 1361 4-hydroxyphenylacetate sulfate 867 4-hydroxyphenylpyruvate 979 C01179 1690 4-methyl-2-oxopentanoate 70 C00233 2170 4-methylcatechol sulfate 2665 4-methylhexanoylglycine 3550 5,6-dihydrothymine 93556 C00906 1637.8 5,6-dihydrouracil 649 C00429 1120 5,6-dihydrouridine 94312 1119 5-dodecenoate (12:1n7) 5312378 5224 5-hydroxytryptophol 9061 2465 5-methyltetrahydrofolate (5MeTHF) 146 C00440 1820 5-methyluridine (ribothymidine) 445408 1778.1 5-oxoproline 7405 C01879 738.5 6-beta-hydroxylithocholate 5283821 C15515 4830 6-keto prostaglandin F1alpha 5280888 C05961 4190 6-oxolithocholate 164960 5033 6-oxopiperidine-2-carboxylate 3014237 965 7-alpha-hydroxy-3-oxo-4-cholestenoate (7-Hoca) 3081085 C17337 5288.1 7-ketodeoxycholate 188292 4821 8-hydroxyoctanoate 69820 2300 9,10-DiHOME 9966640 C14828 5180 aconitate [cis or trans] 580 adenosine 2'-monophosphate (2'-AMP) 94136 C00946 1497.7 adenosine 3',5'-diphosphate 159296 C00054 575 adenosine 3'-monophosphate (3'-AMP) 41211 C01367 1245 adenosine 5'-diphosphate (ADP) 6022 C00008 680 adenosine 5'-diphosphoribose (ADP-ribose) 192 C00301 920 adenylosuccinate 195 C03794 560 adrenate (22:4n6) 5497181 C16527 5678 alpha-muricholate 3083761 C17647 4765 ampicillin 3322 arachidate (20:0) 10467 C06425 6240 arachidonate (20:4n6) 444899 C00219 5535 azelate (C9-DC) 2266 C08261 1276 behenate (22:0)* 8215 C08281 6745 benzoate 243 C00180 1750 beta-citrylglutamate 72715786 C20775 530 beta-muricholate 5283853 C17726 4794 biopterin 445040 C06313 1398 butyrate/isobutyrate (4:0) 264 C00246 1062 butyrylglycine 88412 1470 caprate (10:0) 2969 C01571 5090.7 caproate (6:0) 8892 C01585 2713.7 caprylate (8:0) 379 C06423 4362 carnosine 439224 C00386 804 catechol glucuronide 75124209 1742 catechol sulfate 3083879 1906 C-glycosyltryptophan 10981970 1777 chenodeoxycholic acid sulfate (1) 4531 chlorogenate 5315832 1732 cholate 221493 C00695 5165 cholate sulfate 4557 cinnamoylglycine 709625 3127 citrate 311 C00158 582 CoA-glutathione* 11953788 C00920 1326 coenzyme A 317 C00010 1448 cytidine 2',3'-cyclic monophosphate 417654 C02354 937 daidzein 5281708 C10208 3566 daidzein 7-O-glucuronide 11316354 2580 daidzein sulfate (2) 3330 dehydroascorbate 440667 C05422 739.6 dehydrolithocholate 159623 5360 deoxycholate 222528 C04483 5294 digalactosylglycerol* 781 dihomo-linoleate (20:2n6) 6439848 C16525 5730 dihomo-linolenate (20:3n3 or n6) 5280581 C03242 5596 dihydroferulate 14340 1928 dihydroferulic acid sulfate 187489 1310 docosadienoate (22:2n6) 5282807 C16533 6034 docosahexaenoate (DHA; 22:6n3) 445580 C06429 5525 docosapentaenoate (n3 DPA; 22:5n3) 6441454 C16513 5571 docosapentaenoate (n6 DPA; 22:5n6) 6441454 C16513 5624.5 docosatrienoate (22:3n6)* 5850 dodecadienoate (12:2)* 5146 dodecenedioate (C12:1-DC)* 2700 eicosapentaenoate (EPA; 20:5n3) 446284 C06428 5450 eicosenoate (20:1) 5282768 C16526 5950 enterodiol 123725 4327 enterolactone 10685477 4515 enterolactone sulfate 3746 equol 91469 C14131 4565 equol glucuronide 3215 equol sulfate 3630 erucate (22:1n9) 5281116 C08316 6355.6 ethyl alpha-glucopyranoside 428040 1576 ethyl beta-glucopyranoside 121667 1519 ethyl glucuronide 152226 793 ferulate 445858 C01494 1755 ferulic acid 4-sulfate 6305574 1200 ferulylglycine (1) 2239 ferulylglycine (2) 2172 flavin adenine dinucleotide (FAD) 643975 C00016 2425 flavin mononucleotide (FMN) 710 C00061 2390 Flavone derivative C26H28O14 (1)* 2186 Flavone derivative C26H28O14 (2)* 2234 Flavone derivative C26H28O14 (3)* 2289 Flavone derivative C26H28O14 (4)* 2397 Flavone derivative C26H28O14 (5)* 2457 folate 6037 C00504 1467 fructose 1,6-diphosphate/glucose 1,6-diphosphate/myo-inositol diphosphates 551 genistein 5280961 C06563 3754 genistein glucuronide* 2895 genistein sulfate* 3616 gentisate 3469 C00628 1459.8 glycerol 753 C00116 758 glycitein glucuronide (2)* 2733 glycitein sulfate (2) 3400 glyco-beta-muricholate** 4762 glycocholate 10140 C01921 5163 guanosine 6802 C00387 1662 guanosine-2',3'-cyclic monophosphate 92823 C06194 1480 guanosine 2'-monophosphate (2'-GMP)* 444571 1150 guanosine 3'-monophosphate (3'-GMP) 3522 773.9 guanosine 5'-diphospho-fucose 755 heptanoate (7:0) 8094 C17714 3670 hexadecadienoate (16:2n6) 13932172 5398 hexadecanedioate (C16-DC) 10459 C19615 4615 hexadecenedioate (C16:1-DC)* 4380 hexanoylglycine 99463 2900 hippurate 464 C01586 2106.9 histidine 6274 C00135 755.9 hydroquinone sulfate 161220 C00530 1395 hyocholate 92805 C17649 5046 hypoxanthine 790 C00262 1291.2 indole-3-carboxylate 69867 C19837 1710 indoleacetate 802 C00954 2200 indoleacetylglycine 446640 2610 indolepropionate 3744 2795 inosine 6021 C00294 1602.1 isobutyrylglycine 10855600 1420 isoleucylglycine 342532 1992 isovalerate (i5:0) 10430 C08262 1564 isovalerylglycine 546304 1950 I-urobilinogen 26818 C05790 4190 kynurenate 3845 C01717 2224 laurate (12:0) 3893 C02679 5300 linoleate (18:2n6) 5280450 C01595 5535 linolenate [alpha or gamma; (18:3n3 or 6)] 5280934 C06426 5450 linoleoyl ethanolamide 5283446 6150 lithocholate 9903 C03990 5372 malate 525 C00149 615.6 maltol sulfate 1503 margarate (17:0) 10465 5731 methyl-4-hydroxybenzoate sulfate 2873 myristate (14:0) 11005 C06424 5440 myristoleate (14:1n5) 5281119 C08322 5346.9 N6-carbamoylthreonyladenosine 161466 2164 N6-succinyladenosine 165243 940 N-acetylisoleucine 306109 2325 N-acetylleucine 70912 C02710 2400 N-acetylmethionine 448580 C02712 1787 N-acetylphenylalanine 74839 C03519 2597 N-acetylpyrraline 2545 N-acetyltaurine 159864 800 N-acetylthreonine 152204 821.6 N-acetyltryptophan 700653 C03137 2630 N-acetyltyrosine 68310 1680 N-acetylvaline 66789 1704 N-arachidonoyltaurine 5481 naringenin 932 C00509 3437 N-butyryl-leucine 3470 N-butyryl-phenylalanine 3645 N-delta-acetylornithine 9920500 858 nervonate (24:1n9)* 5281120 C08323 6804 N-formylmethionine 439750 C03145 1543.8 N-formylphenylalanine 759256 2360 nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 5893 C00003 1434 nisinate (24:6n3) 11792612 5657 N-linoleoylglycine 6433346 5510 N-linoleoyltaurine* 5505 N-oleoylserine 5600 N-oleoyltaurine 6437033 5610 nonadecanoate (19:0) 12591 C16535 6068 N-palmitoylglycine 151008 5580 N-palmitoyltaurine 5560 N-stearoyltaurine 168274 5782 octadecadienedioate (C18:2-DC)* 4676 octadecenedioate (C18:1-DC) 4875 oleate/vaccenate (18:1) 5655 O-sulfo-L-tyrosine 514186 990 oxalate (ethanedioate) 971 C00209 603 palmitate (16:0) 985 C00249 5618 palmitoleate (16:1n7) 445638 C08362 5475 palmitoyl ethanolamide 4671 C16512 6300 p-cresol glucuronide* 154035 2420 p-cresol sulfate 4615423 2890 pentadecanoate (15:0) 13849 C16537 5521 phenol glucuronide 87235 1800 phenol sulfate 74426 C02180 2156 phenylacetate 999 C07086 2150 phenylacetylglycine 68144 C05598 2375 phenyllactate (PLA) 3848 C05607 2208 phosphoenolpyruvate (PEP) 1005 C00074 587.3 phosphoethanolamine 1015 C00346 638 phosphopantetheine 987 C01134 1597 prostaglandin D2 448457 C00696 4650 prostaglandin E2 5280360 C00584 4573 prostaglandin F2alpha 5280363 C00639 4658 pseudouridine 15047 C02067 1100 pterin 73000 C00715 1370 pyridoxal phosphate 1051 C00018 943 pyridoxate 6723 C00847 2185 pyrraline 122228 2304 raffinose 10542 C00492 978 S-(1,2-dicarboxyethyl)glutathione 9802383 543 S-adenosylhomocysteine (SAH) 439155 C00021 1832.4 sedoheptulose-7-phosphate 616 C05382 599.6 S-methylglutathione 3605667 C11347 1075 soyasaponin I 122097 C08983 5163 soyasaponin II 171435 C12081 5175 soyasaponin III 5176 stachyose 439531 C01613 920 stearate (18:0) 5281 C01530 5872 stearidonate (18:4n3) 5312508 C16300 5395 suberate (C8-DC) 10457 C08278 804.3 sulfate* 1118 C00059 616 tartronate (hydroxymalonate) 45 C02287 610 taurine 1123 C00245 690 tauro-beta-muricholate 168408 4774 taurochenodeoxycholate 387316 C05465 5250 taurochenodeoxycholic acid (7 or 27)-sulfate 4928 taurocholate 6675 C05122 5150 taurocholenate sulfate* 4750 taurocyamine 68340 C01959 734 taurodeoxycholate 2733768 C05463 5257.4 taurohyodeoxycholic acid 119046 5073 tauroursodeoxycholate 9848818 5025 tetradecadienoate (14:2)* 5312409 5292 threonylphenylalanine 4099799 2322 thymidine 5789 C00214 1963.7 thymidine 5'-monophosphate 9700 C00364 883 thymine 1135 C00178 1654 tyrosylglycine 259323 1635 UDP-glucuronate 17473 C00167 588 undecanoate (11:0) 8180 C17715 5219.2 urate 1175 C00366 757.1 uridine 6029 C00299 1457.6 uridine-2',3'-cyclic monophosphate 439715 C02355 1090 uridine 2'-monophosphate (2'-UMP)* 824 uridine 3'-monophosphate (3'-UMP) 101543 C01368 750 uridine 5'-diphosphate (UDP) 6031 C00015 599.5 uridine 5'-monophosphate (UMP) 6030 C00105 627 ursocholate 4648 valerate (5:0) 7991 C00803 1718 valine 6287 C00183 909.4 valylglycine 136487 1506 vanillic acid glycine 3083688 1682 vanillin sulfate 2242 xanthosine 64959 C01762 1075 METABOLITES_END #END