Metabolomics Workbench : NIH Data Repository

Clustering data with hclust algorithm for TCA Isotopmer metabolomics of H3K27M Cells grown in regular media, glutamine enriched regular media, and glucose encriched regular media (Part-III) (Study ST001025)

GC POSITIVE ION MODE (Analysis AN001682)

Metabolite	Structure	F1	F2	F3	F4	F5	F6	F7	F8	F9	F10	F11	F12	F13	F14	F15	F16	F17	F18	F19	F20
Aspartate M+5	ME250046	NA	NA	0.09	NA	0.06	0.04	NA	NA	NA	NA	0.08	0.20	0.32	0.09	0.14	0.93	8.68	0.50	3.11	2.19
Citrate M+7	ME250006	NA	3.00	0.08	1.28	8.63	NA	0.33	0.08	NA	0.08	1.17	0.46	0.22	0.96	0.19	0.12	0.33	0.43	0.34	0.38
Alanine M+2	ME250039	2.21	0.26	2.22	0.32	0.10	7.24	0.69	5.75	0.65	0.16	0.67	0.17	1.32	0.19	0.14	2.12	0.12	2.07	0.15	0.04
Lactate M+3	ME250035	0.07	0.12	0.09	0.12	0.01	6.19	0.17	5.74	0.19	0.03	0.05	0.02	0.10	0.03	NA	2.89	0.12	3.16	0.08	NA
2-Hydroxyglutarate M+7	ME250069	0.09	0.91	0.74	1.37	2.99	3.65	1.86	8.21	1.21	0.29	0.28	0.33	0.18	0.46	0.14	0.06	0.03	0.05	0.04	0.08
Ketoglutarate M+6	ME250013	NA	NA	NA	NA	0.06	5.64	NA	8.32	NA	1.28	2.26	0.07	0.42	0.12	0.15	0.14	0.80	0.14	0.90	0.53
Malate M+4	ME250030	NA	4.89	0.01	4.83	NA	NA	7.06	NA	6.03	NA	0.03	0.43	0.05	0.84	0.04	0.05	0.57	0.03	0.82	0.08
Citrate M+4	ME250003	0.07	4.87	0.14	4.63	NA	0.06	6.48	0.10	5.45	0.01	0.10	0.42	0.14	1.00	0.17	0.02	1.03	0.05	1.13	0.08
Succinate M+4	ME250018	0.05	4.76	0.07	4.64	0.02	NA	6.87	0.01	5.94	0.12	0.20	0.43	0.38	0.79	0.73	0.08	0.97	0.07	1.22	0.33
Citrate M+5	ME250004	NA	NA	0.22	0.80	NA	0.16	5.20	0.17	5.90	NA	0.42	0.37	0.63	0.49	0.09	0.17	0.86	0.38	1.91	0.19
Glutamine M+3	ME250057	NA	0.33	0.21	0.50	NA	NA	4.65	NA	5.20	NA	0.56	0.07	0.84	0.44	2.51	0.33	0.89	0.11	1.08	0.35
Fumarate M+1	ME250021	1.00	1.17	0.93	1.56	NA	0.67	1.98	0.63	1.69	0.51	0.62	NA	NA	NA	0.72	NA	NA	NA	NA	0.19
Ketoglutarate M+1	ME250008	0.84	1.74	1.31	1.77	0.57	1.05	2.44	1.22	2.25	0.37	1.45	0.92	1.95	0.79	0.64	0.13	0.76	0.19	0.67	0.59
Ketoglutarate M+4	ME250011	0.38	1.14	1.08	1.33	0.29	0.71	2.97	1.17	2.41	0.25	1.46	0.25	2.12	0.61	0.38	0.29	1.15	0.28	1.68	0.15
Aspartate M+1	ME250042	1.16	1.97	1.45	2.39	0.85	1.11	2.77	1.22	2.30	0.38	0.57	0.30	0.22	0.59	0.17	0.87	1.07	1.66	0.12	1.31
Fumarate M+2	ME250022	0.82	2.14	0.96	2.49	0.08	1.14	2.76	1.15	2.64	0.27	0.60	0.25	0.36	0.72	1.02	0.78	0.92	0.61	0.71	1.42
Fumarate M+3	ME250023	0.20	2.01	0.45	2.11	0.10	0.88	2.43	0.70	2.40	0.05	0.44	0.78	0.30	0.56	1.41	0.19	1.12	NA	1.13	1.38
Glutamate M+1	ME250048	2.51	1.43	2.13	1.80	0.29	1.53	2.54	1.71	2.31	0.81	0.53	0.56	0.70	0.52	NA	0.35	1.25	0.49	0.75	NA
Malate M+1	ME250027	1.18	2.13	1.31	2.63	0.28	1.22	4.10	1.40	3.36	0.46	0.12	0.14	0.08	0.56	NA	NA	0.33	NA	0.38	0.45
Citrate M+1	ME250000	1.40	1.98	1.87	2.50	0.25	1.50	2.86	1.74	2.44	NA	0.48	0.38	0.76	0.44	0.53	0.10	0.37	0.38	0.86	0.24
Aspartate M+2	ME250043	1.13	2.07	1.71	2.41	0.14	1.13	3.40	1.34	2.76	0.03	0.16	0.51	0.64	0.61	0.06	NA	0.69	NA	1.05	0.02
Malate M+2	ME250028	1.08	2.01	1.70	2.31	0.04	1.15	3.53	1.29	2.97	0.07	0.03	0.17	0.16	0.53	NA	0.06	0.44	0.16	0.75	NA
Malate M+3	ME250029	0.69	3.23	1.03	3.15	NA	1.41	5.41	1.75	4.45	NA	0.11	0.69	0.23	0.97	0.44	0.15	0.55	0.12	0.86	0.17
Succinate M+2	ME250016	1.20	2.85	2.11	3.22	0.07	2.29	4.99	2.28	4.08	0.13	0.40	0.64	0.34	0.81	0.92	0.16	0.56	0.29	0.76	0.24
2-Hydroxyglutarate M+3	ME250065	0.36	2.09	0.97	2.63	0.22	0.04	4.83	0.11	4.20	0.01	1.11	0.67	0.75	0.50	0.90	0.92	0.73	0.90	0.64	0.69
2-Hydroxyglutarate M+5	ME250067	0.32	1.74	0.25	2.04	0.04	0.00	3.92	0.00	3.51	0.13	0.55	0.63	1.19	0.46	0.90	1.60	0.70	1.55	0.66	0.60
Fumarate M+4	ME250024	0.01	3.20	0.02	3.26	0.02	0.01	3.41	0.01	3.41	0.18	0.07	0.82	0.14	0.87	1.74	0.11	1.41	0.06	1.16	1.66
Succinate M+3	ME250017	0.07	2.89	0.07	2.95	NA	0.07	3.36	0.47	3.33	0.15	0.56	0.64	1.32	0.99	1.20	0.33	0.81	0.26	1.06	0.50
Ketoglutarate M+5	ME250012	0.01	3.08	0.04	3.23	NA	0.01	4.50	0.02	3.99	0.02	0.09	1.35	0.01	1.18	0.01	0.00	1.20	0.00	1.50	0.02
Glutamate M+3	ME250050	NA	2.97	0.10	3.39	0.02	0.06	5.73	0.08	4.79	0.03	0.23	0.68	0.06	0.70	0.08	0.36	1.42	0.34	1.29	0.19
Ketoglutarate M+3	ME250010	0.36	2.85	0.61	3.27	0.12	0.08	5.39	0.10	4.55	0.04	0.15	0.43	0.17	0.78	0.17	0.07	2.64	0.09	1.56	1.02
Citrate M+3	ME250002	0.33	2.12	0.69	2.17	0.14	0.55	4.15	0.72	3.61	0.05	0.26	0.14	NA	0.86	NA	0.16	0.90	0.51	1.27	0.17
Glutamate M+4	ME250051	0.14	2.14	0.42	2.06	NA	0.14	4.22	0.27	3.31	0.17	0.12	0.58	0.17	0.95	0.29	0.48	3.08	0.21	1.71	NA
Aspartate M+4	ME250045	0.01	2.52	0.01	2.53	NA	NA	3.70	0.00	3.07	0.00	0.06	0.93	0.04	1.54	NA	0.11	2.14	0.03	1.05	0.31
Glutamate M+5	ME250052	0.00	2.46	0.00	2.40	0.00	NA	3.48	NA	3.01	NA	0.00	0.48	0.00	0.82	0.01	NA	1.53	NA	1.62	0.04
2-Hydroxyglutarate M+2	ME250064	1.47	0.23	2.67	0.49	NA	2.33	1.41	2.23	1.30	0.38	0.76	0.11	0.45	0.48	0.16	0.61	NA	0.35	NA	0.26
Citrate M+2	ME250001	2.35	1.51	3.16	1.75	0.01	2.41	2.29	2.68	1.96	0.06	0.19	0.02	0.50	0.31	0.15	0.48	0.31	0.56	0.36	0.07
Glutamate M+2	ME250049	2.66	0.92	3.41	1.15	0.04	2.52	1.57	2.89	1.30	NA	0.41	0.21	0.76	0.62	0.02	0.72	0.71	0.63	0.92	0.12
Ketoglutarate M+2	ME250009	2.56	0.91	3.89	1.23	0.02	2.89	1.90	3.29	1.59	0.02	0.58	0.37	1.24	0.51	0.15	0.45	0.37	0.61	0.37	0.03
Aspartate M+3	ME250044	0.12	0.74	0.18	0.72	NA	0.28	1.18	0.33	0.96	NA	0.30	0.31	0.35	0.29	0.07	0.23	3.55	0.25	3.98	1.17
Glutamine M+7	ME250061	NA	0.54	NA	NA	NA	NA	0.77	NA	0.41	NA	0.14	1.31	0.14	NA	0.14	NA	1.35	0.14	2.28	NA
Glutamine M+4	ME250058	0.02	1.26	NA	1.25	0.01	NA	1.79	0.01	1.36	0.02	0.05	1.13	0.01	1.23	0.04	0.01	2.08	0.03	1.64	0.01
Glutamine M+5	ME250059	0.00	2.07	0.00	2.07	0.00	0.00	2.64	0.00	2.16	0.00	0.00	1.50	0.00	1.47	0.00	0.00	1.91	0.00	1.58	0.01
Glutamine M+2	ME250056	0.78	0.26	0.49	0.41	0.30	3.36	0.86	2.55	1.00	0.25	1.32	1.35	0.73	1.54	1.22	0.47	0.48	0.70	0.53	0.56
Lactate M+2	ME250034	1.23	0.11	1.43	0.05	NA	3.12	0.41	3.34	0.71	NA	0.79	1.07	0.53	0.90	0.94	1.15	0.44	1.17	0.58	0.44
Alanine M+1	ME250038	0.78	0.55	NA	0.79	0.60	3.26	2.26	2.13	1.79	1.02	0.08	1.20	NA	0.72	0.72	NA	0.17	NA	0.41	0.23
Glutamine M+1	ME250055	0.61	0.86	NA	0.72	1.74	2.55	1.09	1.27	1.15	0.80	1.12	0.83	0.54	0.43	0.15	NA	NA	NA	1.02	NA
2-Hydroxyglutarate M+4	ME250066	0.45	0.14	0.53	0.17	0.04	0.25	1.36	0.35	1.00	NA	0.83	0.03	1.32	0.33	NA	2.39	0.68	2.22	0.67	0.56
Citrate M+6	ME250005	0.42	1.64	NA	1.78	0.42	0.14	1.92	0.14	1.82	NA	NA	1.12	1.38	1.23	1.40	0.62	0.94	0.28	0.51	0.42
Succinate M+1	ME250015	0.43	0.94	0.44	1.34	0.47	0.63	1.31	0.99	1.24	0.46	0.17	2.37	0.33	2.36	2.34	0.28	0.75	0.21	0.89	0.67
Malate M+5	ME250031	0.71	NA	0.42	NA	0.53	0.44	NA	0.79	NA	1.57	0.15	0.82	0.23	1.48	1.97	0.76	0.97	0.49	2.37	1.80
Lactate M+1	ME250033	1.89	0.36	1.93	0.18	0.21	0.64	0.31	0.63	0.49	NA	1.77	1.88	0.48	1.50	1.69	0.92	0.46	0.80	0.65	0.60
2-Hydroxyglutarate M+1	ME250063	0.35	0.44	1.20	0.49	NA	0.32	1.46	0.43	1.25	0.61	1.05	1.35	0.66	1.42	1.47	0.71	1.20	0.68	1.07	1.01
Alanine M0	ME250037	0.98	1.01	0.99	1.00	1.01	0.91	0.99	0.94	1.00	1.01	1.01	1.00	1.01	1.01	1.01	1.00	1.01	1.00	1.01	1.01
Lactate M0	ME250032	1.01	1.02	1.01	1.02	1.02	0.84	1.02	0.85	1.02	1.03	1.02	1.00	1.02	1.00	1.00	0.98	1.02	0.98	1.02	1.02
Glutamine M0	ME250054	1.14	0.76	1.15	0.76	1.12	1.09	0.63	1.11	0.71	1.14	1.14	0.86	1.14	0.87	1.14	1.15	0.79	1.15	0.85	1.15
2-Hydroxyglutarate M0	ME250062	1.05	0.96	1.01	0.92	1.05	1.00	0.72	0.90	0.77	1.09	1.04	1.03	1.02	1.03	1.01	0.98	1.03	0.98	1.04	1.04
Citrate M0	ME249999	0.95	0.82	0.90	0.81	1.05	0.94	0.70	0.92	0.75	1.06	1.05	1.05	1.03	1.04	1.05	1.05	1.02	1.04	1.01	1.06
Aspartate M0	ME250041	1.03	0.83	1.00	0.81	1.06	1.02	0.70	1.01	0.76	1.08	1.07	1.05	1.07	1.03	1.08	1.06	0.91	1.06	0.92	1.03
Malate M0	ME250026	1.00	0.80	0.98	0.79	1.05	0.99	0.66	0.98	0.72	1.04	1.05	1.03	1.05	1.01	1.05	1.05	1.02	1.05	1.01	1.04
Glutamate M0	ME250047	0.99	0.80	0.98	0.79	1.08	1.01	0.64	1.00	0.70	1.07	1.06	1.04	1.06	1.02	1.08	1.06	0.95	1.06	0.96	1.08
Ketoglutarate M0	ME250007	1.02	0.81	0.98	0.80	1.05	1.01	0.67	0.99	0.72	1.07	1.04	1.03	1.03	1.01	1.07	1.08	0.97	1.07	0.97	1.06
Fumarate M0	ME250020	1.03	0.85	1.02	0.83	1.07	1.02	0.80	1.02	0.81	1.04	1.05	1.03	1.06	1.02	0.95	1.05	0.98	1.05	1.00	0.96
Succinate M0	ME250014	1.06	0.83	1.04	0.80	1.08	1.03	0.69	1.01	0.74	1.07	1.08	0.95	1.07	0.94	0.93	1.08	1.02	1.08	1.00	1.05

Factors:

F1	Sample type:Cells \| Grouping:IV 12h GLC
F2	Sample type:Cells \| Grouping:IV 12h GLN
F3	Sample type:Cells \| Grouping:IV 24h GLC
F4	Sample type:Cells \| Grouping:IV 24h GLN
F5	Sample type:Cells \| Grouping:IV Basal
F6	Sample type:Cells \| Grouping:XVII 12h GLC
F7	Sample type:Cells \| Grouping:XVII 12h GLN
F8	Sample type:Cells \| Grouping:XVII 24h GLC
F9	Sample type:Cells \| Grouping:XVII 24h GLN
F10	Sample type:Cells \| Grouping:XVII Basal
F11	Sample type:Media \| Grouping:IV 12h GLC
F12	Sample type:Media \| Grouping:IV 12h GLN
F13	Sample type:Media \| Grouping:IV 24h GLC
F14	Sample type:Media \| Grouping:IV 24h GLN
F15	Sample type:Media \| Grouping:IV Basal
F16	Sample type:Media \| Grouping:XVII 12h GLC
F17	Sample type:Media \| Grouping:XVII 12h GLN
F18	Sample type:Media \| Grouping:XVII 24h GLC
F19	Sample type:Media \| Grouping:XVII 24h GLN
F20	Sample type:Media \| Grouping:XVII Basal

Data matrix